ユージオは《セントラル・カセドラル》の90階にたどり着く。そこは熱い湯気が沸き立つ大浴場だった。困惑するユージオは、湯の中で長旅の疲れを癒している整合騎士ベルクーリ・シンセシス・ワンと邂逅する。落ち着いた佇まいながらも底知れぬ迫力を持つベルクーリに圧倒されながらも、単身戦いを挑むユージオ。キリトとアリスは《セントラル・カセドラル》の壁を上り続けていた。発動し、整合騎士ファナティオとの戦いは決着を迎える。《セントラル・カセドラル》の最上階を目指すキリトとユージオは、奇妙な昇降機の前にたどり着く。《昇降係》の少女の案内によって80階《雲上庭園》まで足を踏み入れた2人の前に現れたのは、ユージオが追い求める少女であり、神器《金木犀の剣》を持つ整合騎士アリス・シンセシス・サーティだった。《セントラル・カセドラル》の大図書室に隠遁する少女カーディナルに助けられたキリトとユージオ。彼女の正体は仮想世界《アンダーワールド》の秩序の維持を司る自律型プログラムだった。アドミニストレータの過去をはじめ、《公理教会》や《禁忌目録》の成り立ちをキリトに語り始めるカーディナル。驚きを隠せないキリトだが、更なる事実――《アンダーワールド》に迫る恐るべき危機を聞かされる。キリトとユージオが《セントラル・カセドラル》を上り続けていると、リネル、フィゼルと名乗る2人の少女と出会う。いぶかしむキリトとユージオは、とっさの隙をつかれ、整合騎士という素性を隠していたリネルとフィゼルの毒剣による麻痺攻撃を受けてしまう。ファナティオ・シンセシス・ツーが待ち構えていた。ぶつかり合った結果、破壊不可能であるはずの《セントラル・カセドラル》の壁が砕け、キリトとアリスは外へと放り出されてしまう。直後、キリトは外壁の隙間に剣を突き立て、落下するアリスも救ってみせる。敵同士の二人は、絶体絶命の状況下でもお互いの信念をぶつけ合う。キリトは、塔の内部に戻るまでの休戦をアリスに提案する。《ルーリッドの村》で育った少年・キリトは、幼馴染のユージオとともに巨大な黒樹・ギガスシダーを倒すという天職を背負っていた。今日も巨木を倒すべく斧を振るっていると、幼馴染のアリスが手作りのパイを差し入れにやってくる。昼食のさなか、3人はおとぎ話にでてきた《果ての山脈》の洞窟へと遠出することを決める。世界の掟である禁忌目録に違反しないか不安がるユージオに、キリトとアリスは大丈夫だと口々に言い、出発の日を迎える。キリトとユージオは、地下牢の脱獄に成功するも、アリスの命令により待ち伏せていたエルドリエ・シンセシス・サーティワンに行く手を阻まれる。キリトとユージオは先へ進むため、キリトがエルドリエの操る鞭を防ぎ、その間にユージオが撃ち込むという作戦でエルドリエに挑む。エルドリエの氷の鞭は蛇のようにうごめき、そして分裂して襲い掛かってくる。難敵に苦戦するキリトとユージオ。ユージオは、エルドリエの顔に見覚えがあることに気づく。カーディナルから世界の命運を託され、キリトとユージオは、《セントラル・カセドラル》の最上階を目指す。中途では武具保管庫に置かれた膨大な武器の中から奪われた愛剣を無事に見つけた2人だが、そこに整合騎士デュソルバート・シンセシス・セブンの弓矢が襲い掛かる。彼の操る神器《熾焔弓》から放たれる無数の矢を辛くも弾き切った2人だが、矢を使い切ったはずのデュソルバートの弓にとある変化が起きる。キリトがふとした会話の中で口にしたセルカという名前。それを聞いたアリスの様子が一変する。その様子を見たキリトは、整合騎士の真実を彼女に告げる。キリトから語られる言葉を受け入れることができないアリスは激しく動揺する。そのころ、ベルクーリとの死闘の最中に意識を失ったユージオは、元老長・チュデルキンの手によって最上階へと連行されていた。そこでユージオを待っていたのは......。右目の封印を打ち破ったアリスと共に90階の大浴場にたどり着いたキリト。そこには、チュデルキンの手によって石化された整合騎士長・ベルクーリの姿が――。アリスは師の悲惨なさまに涙するが、意識を取り戻したベルクーリは朦朧とした中で力を振り絞り、2人にユージオの行方を告げる。それを聞いたキリトは捨て置かれた青薔薇の剣を背負い、チュデルキンの後を追う。向かった先の元老院で、キリトは驚くべきものを目にする。キリトとアリスの前に立ちふさがったのは、《シンセサイズの秘儀》を受け入れ整合騎士となったユージオだった。動揺するキリトだが、アリスの叱咤を受けてどうにか彼と全力で戦うことを決意する。互いにアインクラッド流の剣技を繰り出しながら、キリトとユージオの斬り合いは激化していく。戦いの中でも、キリトはユージオに懸命に語り掛けるが......。《セントラル・カセドラル》の最上階。キリトとユージオとアリスは、ついにアドミニストレータの許へたどり着く。神聖術によって巨大なピエロへと姿を変貌させたチュデルキンが三人に襲い掛かる。アリスは《金木犀の剣》でチュデルキンの放つ炎を防ぎ、その隙にキリトとユージオは連携し斬りかかる。そんな様子を、アドミニストレータはつぶさに観察しながら、キリトたちに問いかける。数百年にも及ぶ因縁の相手・アドミニストレータと決着をつけるべく《セントラル・カセドラル》の最上階に現れたカーディナル。秩序の維持を司るプログラムである彼女の本懐、アドミニストレータの抹消を果たさんと動き出すが、倒したはずのソードゴーレムが起き上がり行く手を阻む。アドミニストレータの言葉を聞いたカーディナルは、ソードゴーレムに隠された真実に気付き激昂する。整合騎士アリスの放った強大な術式によって闇の軍勢は大損害を受け、起死回生の策は成功した。人界軍が勝利に沸く中、アリスは敵の敗残兵に遭遇、皇帝ベクタの目的が《光の巫女》を探し出すことであると知る。《光の巫女》の存在を察知した皇帝ベクタことガブリエルは、自軍の犠牲を顧みない非情な作戦を展開する。ダークテリトリーの軍勢がルーリッド村を襲撃した。飛竜《雨縁》に乗り、村に駆け付けるアリス。そこには、《禁忌目録》によって衛士長の命令に逆らえず、ゴブリンたちから逃げることができない村人たちがいた。《オーシャン・タートル》を襲撃した謎の組織――それはアメリカ国家安全保障局の極秘任務を受けた特殊工作部隊だった。部隊を率いるリーダーのガブリエルは、過去にキリトやシノンと交戦したことがあり...。《ソウル・トランスレーション・テクノロジー》で造られた人工の魂《A.L.I.C.E》=アリス強奪を狙うガブリエルは、《アンダーワールド》内にいるアリスを探し出すため、ある秘策を試みる。ダークテリトリーの暗黒騎士団を率いる騎士団長シャスターは、アドミニストレータが死んだことを機に、人界へ和平を持ち掛けようとしていた。その試みは皇帝ベクタの暗黒界帰還によって打ち砕かれる。ベクタのアカウントを使って《アンダーワールド》にログインしたガブリエル。彼は《A.L.I.C.E》を見つけ出すため、闇の軍勢たちに向かって人界との全面戦争を指示する。人界とダークテリトリーを隔てる《東の大門》。そのすぐそばまで、闇の軍勢が迫ってきた。人々のために戦うことを決意したアリスは、キリトを連れて人界軍に合流する。圧倒的なダークテリトリー軍の兵力に比べ、人界軍で戦闘可能な整合騎士は、わずか十三人しかいなかった。絶対的劣勢の中、前線でも廃人同様のキリトを帯同するかどうか迷うアリスだったが......。