とったポリープは顕微鏡の検査に供するため、鉗子でつまみ回収します。問題がない、と判断すればそのまま内視鏡を抜き取ります。腸管の粘膜側は痛みを感じる神経に乏しいので、これらの過程で痛みを感じることは、まずありません。最近は平坦で幅広い病変について、内視鏡で粘膜下層を剥離して一括して病変を切除する方法が注目されています(ESD)。大腸がんの内視鏡治療の項を参照してください。大腸粘膜を電気メスで焼いてとっていますので、やはり手術を受けたのと同じで注意が必要です。確率は非常に低いですが、このポリープ切除術でとくに用心する合併症は、後出血と穿孔です。大きなポリープをとった後は、血がでていないかどうか、潰瘍が深くないかどうか、のチェックが肝心ですが、切除後1,2週間たってあらわれることもあります。切除後出血ほとんどはとったすぐ後におきます。便に赤い(赤黒い)血が混じります。ほとんどはこの出血は自然に収まりますが、まれに多量に出血して急いで内視鏡下に止血しなければなりません。まれに、1,2週間たってから出血することもあります。