「生体刺激を与えて、まだ生きていると錯覚させましょう。」ショウたちは頭部の神経に直接電流を流して一時的に蘇生させ、対話を試みようとします。電流を加えると頭が少し動きました。成功か?と一同が思った次の瞬間。エンジニアの頭部は突如、苦悶の表情を浮かべ苦しみだします。頭部がうようよとふくらみ始めました。電流の調整がうまくいかず、一同は急いで頭部から離れます。隔離用のガラスが閉まると同時に頭部は破裂しました。その後DNAを解析すると、エンジニアの検体は人間のDNAと合致していました。エンジニアが人間の祖先にあたる生命体であることを知ったショウは感動します。そのころ、デヴィッドはかげで誰かと通信し、回収していた黒い液体を調べていました。「エンジニアに生きて会うことができなかった。デヴィッドはコップにお酒らしきものをつぎ、ホロウェイをなぐさめます。「今回のプロジェクトで博士はどこまで覚悟しておられるのですか?」デヴィッドが質問します。「成功のためならなんだってするさ。」ホロウェイは答えました。デヴィッドはホロウェイにコップを差し出し乾杯します。そのコップにはデヴィッドの手によって先ほどの黒い液体が混入されていました・・・。洞窟では探査がおこなわれていました。迷った2人は朝まで待機する間、周辺の安全確認と地質の調査をすることにしました。無数の遺体がありました。なにかから逃げていたのでしょうか。「体内から破裂しているぞ。大量虐殺されたみたいだ。「こいつらを殺したやつはもういないよな・・・。船から通信が入りました。「近くに生体反応があるぞ。」センサーから生体反応の動きが消えました。プロメテウス号では、ホロウェイがショウの部屋へ向かっていました。ホロウェイはショウに会うと、隠していたバラを渡します。ショウは、エンジニアと人間のDNAが完全に一致したと知らせました。自分たちの仮説が正しかったと喜ぶショウとホロウェイ。ホロウェイとショウはキスをしました。「じゃあ十字架のネックレスをはずせよ。エンジニアが人類の祖先であるならば、キリスト教の教えは真実ではないことの証明になります。それは人類史をくつがえす世紀の発見です。ムードが高まりベッドインしようとする2人。「でも私は子供を産めないのよ。・・エリーそういうつもりで言ったんじゃないよ。2人はショウたちが調査していた部屋にたどりつきました。ショウたちがいた時とは違い、床には黒い水が溜まっています。黒い水の中から乳白色の巨大なミミズのようなものが2匹現れました。ミルバーンはその形状から害はないだろうと近づいていきます。プロメテウス号と通信を取ろうとするファイフィールド。嵐のせいか通信ができません。巨大ミミズに手を差しのべ触れようとするミルバーン。ミミズの頭部はバリっと左右に割れ、ミルバーンの差しのべた手に喰らいつきました。それを見たファイフィールドは急いで巨大ミミズの胴体を切断します。切断された胴体から強酸性の血液が噴き出し、ファイフィールドのヘルメットにかかってしまいました。ヘルメットは溶けだし、倒れたファイフィールドの顔面に張りついていきます。ミルバーンは宇宙服のなかに入り込んだ巨大ミミズをおさえようとするが、口の中に入りこまれ死亡しました。あらすじ6/9「プロメテウス号、翌朝・・・」ホロウェイは体調を崩していました。顔を洗い、鏡を見ると目に違和感があります。外の嵐はおさまった様子でした。探査用の装甲車両で通信が途絶えている洞窟内の2人を迎えに行くクルーたち。デヴィッドはセンサーを修理するので車に残ると言いました。」ホロウェイをみてデヴィッドは言いました。デヴィッドはショウたちが出発すると単独で行動して別の遺跡を発見しました。デヴィッドはヴィッカーズとの通信をわざと切り、内部を調査していきます。ホロウェイはどんどん体調を崩しているようでした。ショウたちが昨日調査した部屋にはいると円筒型のつぼにあった黒い液体は消えていました。その付近でミルバーンの遺体を発見しました。ミルバーンの口から細長い何かが飛びだします。ショウがホロウェイの異常に気付きました。具合がかなり悪そうです。顔が黒ずんていて様子がおかしい。ショウたちはいったんプロメテウスに戻るため、撤退しました。デヴィッドは遺跡の調査を進め、そこが遺跡ではなくエンジニアの宇宙船であることが判明します。スイッチを押して椅子に座るデヴィッド。ホログラムが作動し、白い巨人(エンジニア)たちが宇宙船を操縦する映像がうつされます。エンジニアが操縦する動きを観察するデヴィッド。エンジニアは笛のような楽器を吹いています。何かの操作をしているようです。デヴィッドは学習した操作をまねて機械を動かしてみます。すると別のホログラムによって天体があらわれました。その天体には宇宙空間が立体で映し出されており、その中にはマーキングされた惑星がありました。デヴィッドがその星に手をかざし手元に持ってくると、それは地球でした。ホログラムが消え、あたりをみるとコールドスリープ装置がありました。近づいてみると中には冷凍睡眠状態のエンジニアの姿がありました。耳を近づけ鼓動を聞くとデヴィッドは微笑みました。ホロウェイの異変ショウたちはプロメテウス号に戻ると、急いでホロウェイを中に入れ、治療しようとします。ホロウェイの顔はどんどん黒ずみ、変化していきます。プロメテウス号にはいろうとすると、ヴィッカーズによって阻まれました。火炎放射器で脅すヴィッカーズ。感染を恐れたヴィッカーズは、ホロウェイを焼却しようとします。ホロウェイは死期を悟り、「いいんだ。」と告げてヴィッカーズに近づいていきました。生きたまま焼かれてしまうのでした。その光景を目の当たりにしたショウはその場で意識を失い気絶しました。ショウにも異変が・・・ショウが目を覚ますとデヴィッドがいました。「感染の危険性があるのではずします。恋人を失い、もうろうとするショウにデヴィッドが訪ねる。「あなたは妊娠しています。