license.SummaryCTスキャンから得たCTデータを、RoiPaintを用いて処理する方法です。いずれのソフトウェアもWindows対応です。STL)への変換を主に行うソフトです。何もない空間上でホイール回転orホイールでドラッグ:ビューの拡大縮小CommentsDICOMデータの取り込み0DICOMデータとは、X線CTやMRIによって撮影された多数の「断面画像」のこと。全てのDICOMデータを全選択して開きます。※データ量にもよりますが、読み込みには時間がかかります。Comments伝達関数による透明度変更0画像読み込み直後、対象物(昆虫)は可視化できていません(画像参照)。対象物を可視化するためには、対象物のみを不透明にする必要があります。transFunc2]のグラフを変更します。※ダイアログ上部のチェックボックスから背景色やxyz平面の表示非表示などの変更ができます。function)とは、画素値から透明度や画素値から擬似色へ変換する関数の総称です。Comments伝達関数による透明度変更(続)0transfunc1は、横軸が輝度値、縦軸が不透明度を表します。transfunc2は、横軸が画像勾配、縦軸が不透明度を表します。グラフをマウスでなぞるようにすると、グラフの形を変更できます。対象物の周りの空間は輝度値が低く、対象物自体は輝度値が高いため、参考画像のグラフのように輝度値が低い部分の不透明度を0にすることで、周りの空間が表示されなくなり対象物が浮かび上がります。右図の場合、対象物の乗っている地面も輝度値が高く、厳密には対象物「だけ」を浮かび上がらせることはできません。Growing法を用いて連続する領域を抽出する作業を行います。Information]ダイアログ上部の、[XY][YZ][ZX]のチェックマークを入れると、それぞれの平面が表示され、断面図を見ることができます。断面図上のなるべく明るいところを、ダブルクリックし赤い点を付けます。Growing]ダイアログの[Thresholding]の最小値・最大値を変更します。この値に関しては、様々な値を試して見る他ありません。6]ボタンを押しすと対象物が選択されます。Information]ダイアログの[Volume]のチェックを外す、またはVボタンを押すと、緑色で表示されたボリュームが消え、CT画像上で選択されている範囲が赤く表示されます。Growingを行うと良いです。押すと、右図の通り、[1:region]として先ほど分割した領域が表示されます。Trimming]に移動します。ここでは、既に抽出した領域から不必要な部分を取り除く作業(トリミング)が可能です。今回は先に抽出した領域から地面の領域を取り除きます。この作業は時間も手間もかかる作業です作業です。輝度値の低い素材(「激落ちくん」など)を地面として用いると、CTで撮影した際に地面がうつらなくなるため好ましいです。Trimming]を選択後、編集したい領域を選択します。先ほど分割したregionが選択されていることを確認して、[OK]を押します。※backGrndは選択できません。Commentsストロークトリミング(続)0トリミングを行っていきます。Shitボタンを押しながら、トリミングを行いたい部分を左クリックでドラッグして選択します。Commentsトリミング(続)0このように選択した部分だけトリミングされます。※ドラッグで選択している部分をキャンセルしたい場合は、右クリック。※Zキーを押すとやり直す(Undoする)ことができますが、一回しか戻ることができません。Editing]を押して、トリミングの完了です。Editing]を押すと、トリミングで除去した領域が[2:region]として分割されていることがわかります。IDs]ダイアログで[2:region]を選択し、[Delete]ボタンを押せば削除できます。To]ボタンを押し、統合させたい領域を選択すれば、2つの領域を統合させることも可能です。穴埋め(試行中)0昆虫などの中に空洞のある物体は、空洞をそのままにすると、その後のデータの扱いがしづらくなります。(3Dプリンタでの出力が困難になるなど)RoiPaintの穴埋め機能を使い、メッシュファイルに変換する前に穴埋めを行いましょう。Mask]を選択します。選択した領域の穴埋め作業を行います。ZX平面を表示させて、断面図を確認しながら作業を行っていきます。先ほど領域分割をしてトリミングを行ったregionを選択してから行いましょう。[transparency](不透明度)を下げると、選択領域の不透明度が下がり断面が見えるので、作業が行いやすいです。[erode]ボタンを押して全体を痩せさせる(厚みを元に戻す)この手順を踏み、小さな穴を埋めていきます。場合に応じて、[dilate][erode]ボタンを複数回押しましょう。erodeの処理は、closingと呼ばれ、小さな中空領域が自動的に埋まる効果があります。Comments穴埋め(続)0このように、中空領域が埋まれば完成です。IDs]ダイアログ上でメッシュとして書き出したい領域を選択し、[export]欄の各拡張子のボタンを押し、名前をつけて保存してエクスポートが完了です。