トレーラーパートナーバトルシステム『スーパーロボット大戦L』では、2機の機体を1つのパートナーユニットとして、移動や戦闘を行うことができる。パートナーとユニットを編成することにより、さまざまなメリット(デメリット)がある。今作では新たに、パートナーユニット同士の戦闘の際に、メイン機体同士&サブ機体同士の個別戦闘が可能。これにより、2対2の臨場感溢れる戦闘が可能。マップ上でもパートナーユニットを編成可能になった。「個別コマンド」の「編成」を選ぶと、隣接する味方ユニットから、機体を選んでパートナーユニットを編成することができる。パートナーの機体が撃墜されるなどして、シングルユニットになってしまった場合や、パートナーユニット同士で機体の交換をしたい場合などに対応できる。パートーナユニット「パートナーユニット」は、「メイン機体」と「サブ機体」によって成立されている。飛行タイプのメイン機体と、強力な武器を持つ移動力の低いサブ機体を組み合わせるといったことが可能。「交代」コマンドにより、状況に応じてメイン機体とサブ機体を入れ替えることが可能。攻撃に参加することができる。パートナーユニットは、隣接する味方ユニットからの援護行動を受けることができない。パートナーユニット援護防御パートナーユニット内では、次の条件を満たしていれば、援護防御をすることができる。「援護防御レベル」を持っていて、援護防御回数が残っていること。パートナー機体の入る地形に進入できること。パートナーの機体が「回避」に失敗した場合。防御しても破壊される恐れがない場合。シングルユニットユニットパートナーユニットを編成していない機体を「シングルユニット」と呼ぶ。パートナーユニット・シングルユニットにはそれぞれメリット・デメリットがあるので、状況に応じて使い分けるという戦略的な楽しみ方が可能。