本当に信じる者の心さらわれたヘンリーを追い、フック船長のジョリー・ロジャー号に乗り込んだエマたちは、無事にネバーランドに到着。ところが間もなくして、いきなりゴールドが「君は親を信じてない。自分自身も」「強敵と戦うには足手まといだ」とエマに突きつけ、ひとりでヘンリーを捜すと告げると、こつ然と姿を消してしまう。その頃、ピーター・パンの部下ロスト・ボーイズに追われ、森の中に逃げ込んだヘンリーは“ある少年”に助けられる。2人はネバーランドで唯一の隠れ場所という“こだまの洞穴”に向かっていくが...。伝説の剣ヘンリーを捜し求め、森の中を突き進むエマたち。ある晩、怪しい声で目覚めたエマの前に、ピーター・パンが現れる。彼は、ヘンリーの居場所がわかるという白紙の地図を手渡し「地図を見るためには、本当の自分を認めないと」とだけ伝え、去って行く。地図を見つめ「私は救世主」と念じるように口にするエマ。そんな姿を見かねたレジーナは、地図に魔法をかけてしまい...。ピーター・パンに“ある取引”を持ち掛けられたゴールドは、幻のベルを呼び出し「恐れている」と激しい葛藤に苛まれる胸中を打ち明けていた。ある妖精のおはなしエマたちはヘンリーが捕らわれているピーター・パンの“アジト”に近づくが、彼が移動し始めたことに気づき、途方に暮れる。するとフック船長が、かつてネバーランドにいた妖精“ティンカー・ベル”のことを思い出し、「まだ島にいれば、奴らの“アジト”に手引きしてくれるはず」と提案。ところが、彼女と複雑な関係にあるレジーナは「絶対に私たちを助けてくれない」と呟く。その矢先、怒りを露わにしたティンカー・ベルがレジーナの前に現れる。悪い癖ピーター・パンの“アジト”への侵入方法を練るエマたちに、ティンカー・ベルが「島からの脱出方法がない限り手伝えない」と言い出す。ピーター・パンの許可なくネバーランドから脱出できた者はニールしかいないと知ったエマたちは、フック船長の案内のもと彼が子供の頃に住んでいた家を訪ね、脱出の手掛かりを探し始める。死をも覚悟し、ヘンリーを救い出そうと決めたゴールドは“アジト”へ向かう途中、息子ニールと奇跡の再会を果たす。2人はヘンリー奪還作戦を立て、強敵ピーター・パンに挑むが...。正義の男ロスト・ボーイズの前でヘンリーを“ヒーロー”のように祭り上げ、彼の心を巧みに操り始めたピーター・パン。そんな中、ヘンリーを案じ続けるエマたちは、彼が希望を失うことのないよう、自分たちのメッセージを送ることはできないかと考え始める。猛毒“ドリームシェード”が塗られた矢に刺され、傷を負ったデヴィッドの症状は悪化の一途を辿っていた。「毒は数時間で心臓に達する」と予測したフック船長は、デヴィッドの命を救うため“ある隠密作戦”を決行。デヴィッドと、“死人の頂”へ向かった彼は...。恋するマーメイドニールがネバーランドで生きていると知ったエマたちは、早速彼の行方を追い始める。レジーナだけは「ピーターに振り回されている」と疑い、エマたちの話に耳を貸そうとはしなかった。ひとりでヘンリーを救出すると決めたレジーナは、森の中で幻のベルを見つめるゴールドに遭遇すると...。過去の“魔法の森”では、悪い女王に追われ海に飛び込んだ白雪姫が、人魚アリエルに助けられ一命を取り留める。アリエルが王子エリックに恋をしていると知った白雪姫は、“運命の再会”を応援すると約束する。英雄になる覚悟ネバーランドを脱出するためには“ピーター・パンの影”を使い、飛んで逃げるしかないというニールは、エマとフック船長と共に影の居場所“闇の窪地”へ向かっていた。その頃、ストーリーブルックに辿り着いたアリエルは、ゴールドから託された“スカシカシパン”を渡すためベルを訪ねる。すると、魔法で姿を現したゴールドは“危険な男2人”が町に向かっていると告げた後、ピーター・パンを倒すために“必要な物”を探して欲しいと依頼。ピーター・パンの正体ティンカー・ベルの案内のもとピーター・パンの“アジト”へ向かうエマたちは、ついにヘンリー救出作戦を始動。ところが、森の中でレジーナとゴールドの2人組と鉢合わせしてしまう。彼らはエマたちへ、“パンドラの箱”にピーター・パンを閉じ込める作戦に出ると報告するが、父ゴールドを信用していないニールは剣を向ける。必死に弁明するゴールドは、ニールに“パンドラの箱”を渡し、彼にだけ「ピーター・パンは私から父親を奪った」と、隠し続けてきた過去を明かす。渡した心臓ヘンリーの心臓を手に入れ力を増したピーター・パンは、“パンドラの箱”にゴールドが入ったことをエマたちに告げると、空高く飛び立っていった。倒れたヘンリーに寄り添い“保存の魔法”をかけるレジーナは、この時、ピーター・パン殺害の決意を固めていた。ロスト・ボーイズにピーター・パンの居場所を聞き出したエマ、レジーナ、メアリーは“瞑想の木”へと急ぐが、そこには既に“ピーター・パンの罠”が仕掛けられてあり...。11年前のストーリーブルック。養子を切望していたレジーナがヘンリーと出会う。新たなネバーランドネバーランドから脱出したエマたちは再びジョリー・ロジャー号に乗り、ストーリーブルックの町へ戻ってきた。間もなくすると、エマはヘンリーの異変に気づく。“絵本”を見せても無反応な上に、レジーナの家に泊まると言い出した彼の不自然な姿に「悪いことが起きそう」と心を揺らすエマ。すると、公園でブルーフェアリーの遺体が発見される。事件を目撃したというフック船長は、“影”が襲いかかったといい...。その頃、ヘンリーの体と入れ替わったピーター・パンは、レジーナに連れられ“あの蔵”へと向かっていた。故郷への道ピーター・パンは町を再び呪いにかける“呪文の巻物”を盗み出し、“新しいネバーランド”を作るため着々と準備を進めていた。呪いを止めることができるのは、かつてその巻物を使用したレジーナだけというゴールド。そのためには、魔法でピーター・パンとヘンリーの体を元に戻すことが先決と指示されたレジーナだったが、「そんな強い魔法はかけられない」と怖気づく。すると、ティンカー・ベルが闇の魔法を使用する最強の杖、“ブラックフェアリーの杖”をレジーナに薦める。その杖が修道院にあると知ったエマたちは...。ニューヨーク・シティ・セレナーデストーリーブルックの町を去ってから1年後。記憶を消されたエマとヘンリーは、NYで穏やかな毎日を過ごしていた。そんなある晩、エマの前に「君の両親が危ない」とフック船長が突然現れる。エマの記憶を取り戻そうと必死に説得を重ねる彼は、ついに失われた記憶を取り戻せるという“魔法の薬”を差し出すが...。“魔法の森”へ戻った白雪姫たちは、ひとまず皆で一緒に暮らす場所として悪い女王の城を目指していた。ところが、城を目前にしたその時、異変を察知した悪い女王が誰かに城を乗っ取られたことに気づく。消された1年ストーリーブルックの町が元に戻っていることに驚くエマ。デヴィッドとメアリーに事情を聞きに行った彼女は、皆の記憶が過去1年間分失われているばかりか、住人たちが次々と消えていく怪事件が発生していると知らされる。すると、町の境界線近くでロビン・フッドの相棒リトル・ジョンが、“翼の生えた獣”にさらわれたという。住人たちは、レジーナが再び呪いをかけたと疑うが、エマは彼女と共に真犯人捜しに動き出す。その頃、メアリーは助産師だったというゼリーナと出会い、出産に対する不安を打ち明けていた。約1年前の“魔法の森”。白雪姫から妊娠の報告を受けたチャーミング王子は、再び親になることへの不安を抱え、苦しんでいた。そんなある日、彼はロビン・フッドから、シャーウッドの森に恐怖心を消す植物“夜の根っ子”があることを教えられる。森へ向かった彼だったが、そこには“塔”に幽閉されたという“王女ラプンツェル”がいた。「魔女が現れた」という王女の話を聞いた彼は...。ストーリーブルックでは、メアリーの家に招かれたゼリーナが“ある魔法”を隠し持ち、デヴィッドとの対面を待ちわびていた。“西の悪い魔女”の行方を追い農家に辿り着いたエマたちは、そこにゴールドの痕跡を見つける。フック船長によれば“魔法の森”へ戻った時、ニールが「父親を復活させられるかも」と言っていたという。その翌朝、ニールが町に現れ、病院に運ばれたと連絡が入る。病院に駆けつけたエマは、彼の手に奇妙な記号の焼き印があることに気づく。ベルの調査で、その焼き印は“闇王の地下墓地の鍵”と判明。すると、間もなくして「親父の声がする。頭の中にいる」「助けてくれ」と突然苦しみ始めたニールが、エマの前で倒れてしまう。エメラルドの悲しみついに“西の悪い魔女”の正体を掴んだエマは「ゼリーナを片づけたい」と怒りに燃えていた。その矢先、ゼリーナがエマたちの前に姿を現し「私の邪魔をする者は闇王が相手よ」と脅し、レジーナを見据えると「あなたを倒す」と宣戦布告。日没に大通りへ来るよう命じた彼女は、決闘を行うと言い放つ。生まれて間もなくある若い夫婦に拾われたゼリーナは、大人になると「家族捜しを手伝ってくれるという“オズの魔法使い”に会う」と家を飛び出してしまう。そこで彼女は実母と妹の素性を知り...。誘拐されたヘンリーを追って、舞台はピーター・パンのネバーランドへ!ピーター・パン、ティンカー・ベル、アリエル、ラプンツェル、そして『アナと雪の女王』のエルサなど、新キャラクターが続々登場!ヘンリーが誘拐され、ネバーランドへ連れ去られた。エマとレジーナ、ゴールド、メアリー・マーガレット、デヴィッドら家族はヘンリーを助けるために一致団結して、フック船長の船で救出へ向かう。ヘンリーをネバーランドにさらった悪の黒幕はなんとピーター・パン!次々と襲いかかる危機をはねのけヘンリーを取り戻したエマたちはストーリーブルックへ戻る。なんと、ヘンリーに見えるその少年は、ヘンリーになりすましたピーター・パンだった。ヘンリーになりすましたピーター・パンは疑われることなく自由に行動し、ある計画の準備を着々と進めていた。ストーリーブルック全体を揺るがす、その恐ろしい計画とは...?一方、オズの国の西の悪い魔女が人々に新たな呪いをかける。