おいて、2019年9月に沖縄防衛局が開催した環境監視等委員会の中で、以前より工事現場周辺で生息が確認されていたジュゴンについて、委員の一人から「絶滅してしまった可能性が高い」との見解が示されていたことが判明。・この他にも、絶滅したと判断する前に工事を中断し、工事との因果関係を調べるべきとの声や、広域調査を実施すべきとの声が上がったものの、防衛局はこれらについて否定的な考えを示しており、ネット上で波紋を呼んでいる。ジュゴンの餌となる広大な藻場が広がり、防衛局は3頭の調査を続けてきた。防衛局が公開した9月9日の環境監視等委の議事録によると、委員の1人は2頭が未確認の状態が続くことを踏まえ「生存する可能性がある周辺離島を含めて広域の調査をしてほしい」とした上で「私は絶滅してしまった可能性が高いと思うが、それを確認する意味でも広域調査ができないか」と発言していた。別の委員は「(現在の本島周辺の)航空調査で発見できないと考えると、ほかの所に行ったというのが合理的だ」との認識を示したが、実態を把握するために調査の拡大を求めた。防衛局は「(辺野古の工事の影響を調査する)事業の必要性の点から、現状の調査を継続したい」と調査の拡大に難色を示した。防衛局はこれまで、2頭のジュゴンが未確認になっている状況について「工事による影響で確認されなくなったとは考えられない」との考えを示している。防衛局の見解を科学的な根拠に欠けていると指摘。「工事の影響がないと断定できない限り、追加の事後調査や保全措置を検討すべきだ」と要求している。