EXODUSSTORY彗たち島のパイロット全員に未知の現象が現れた。ファフナーの新しいコアの影響である事は明白だが、千鶴らアルヴィスの医療チームには治す方法はおろか、それが命に関わる状況なのかすら分からなかった。織姫はこの事について何かを知っているようだったが......?その頃、シュリーナガルの人々は次のキャンプ地に向け順調に移動していた。司令部はヒマラヤ山脈沿いの廃墟に次の宿営地を決め、空戦型ファフナーを偵察に出す。部隊に合流した真矢がそこで見たものとは......!?。