1986-FJ1100で言った通り不遇な立場なFJですが、ヤマハも見捨てたわけでなく排気量を1188ccに上げて130馬力となりました。1188ccは当時の空冷エンジンとしては国内最大排気量です。ビルドインウィンカーを始めとしたエアロフォルムを取り入れて空力性能も向上。このFJ1200はFJとしては最後のモデルであり、FJRの礎となるモデルでもあります。フルモデルチェンジしたFJ1200ですが空冷エンジンに大人しい見た目だった事もあり馬力を上げただけでは当然ながら人気は出ず。そこでヤマハが取った行動はマイナーチェンジ毎にカウルを大型化するなどしてメガスポーツ路線からツアラー路線へジワジワと方向転換することでした。ちなみに国産車初のABS装着車でもあります。この方向転換が功を奏し後にFJR1300となって花開くことになるわけです。FJシリーズがツアラーの代名詞とまで呼ばれる様になると誰が想像できたでしょうか。あとこのエンジンはXJRへと受け継がれる事になってます。これは日本での話で、欧州ではこの頃すでにツアラーとして非常に人気モデルでした。系譜図1984年FJ1100(36Y)1986年FJ1200/A(4CC)2001年FJR1300/A(5JW/5VS)2006年FJR1300A/AS(3P6/2D2)2010年FJR1300A/AS(1CY/1DA)2013年FJR1300A/AS(1MC/1MD)2016年FJR1300A/AS(B88/B95)。