TVアニメの劇場版第4作目。ムー大陸、アトランティス大陸の両者を冷戦時の2大超大国に見立てた物語に、バミューダトライアングルの要素や日本海溝、マリアナ海溝など海底に関する情報が盛り込まれた作品。夏休みにドラえもんとのび太たちは海の底でキャンプをすることに。のび太たちは海底キャンプを楽しむが、突然、大イカに襲われ、危ないところを海底人に助けられる。海の底には人間から隠れて暮らす海底人の国“ムー連邦”があったのだ。のび太たちは海底人に幽閉されるが、エルという海底人と友だちになる。そんなとき、バミューダ・トライアングルにある鬼岩城のコンピュータ“ポセイドン”が攻撃をしかけてくる。ポセイドンはとうの昔に滅んだ国“アトランティス”のコンピュータで、海底火山の噴火を敵の攻撃と勘違いして攻撃を始めたのだ。