(YAC)の整列化地図、6500個のEST塩基配列情報およびこれらESTをYAC整列化地図上に位置付けた発現遺伝子地図が公開されています。これらの情報を基に1998年に開始されたわが国のイネゲノム全塩基配列解読プロジェクトおよびわが国を中心とした国際共同体制での解読成果が、独自に開発したデータベース、INEによって日々更新掲載されています。イネ全塩基配列も、こちらで公開しています。Bank農林水産省のイネゲノム解析研究プロジェクト(RGP)、家畜ゲノム研究プロジェクト(AGP)及びカイコゲノム解析研究プロジェクトの研究成果として生み出されたcDNAクローン、RFLPマーカー、PAC&BACクローン及びYACクローン等の寄託を受け、保存・管理しています。これらの有益な研究材料を国内外の研究者に提供しています。「イネ・ゲノムリソースセンターの整備」プロジェクトイネゲノム研究プロジェクトで得られた多数の貴重なゲノム情報及び生物研究材料を、国内外の多くの研究者の方々に利用していただくためのイネ関連研究材料を提供するページです。linesなどのほかのイネゲノムのデータの参照することができます。RiceGAASイネの予測遺伝子データーベース遺伝子領域、スプライシングサイト、ホモロジーサーチ、t-RNA、シグナル配列等の情報が統合されています。Encyclopediaイネ完全長cDNAデータベースイネゲノムプロジェクトの一環として2000年1月から、2003年9月末までに遂行された「イネ完全長cDNAプロジェクト」で収集、マッピング、意味づけされた約28,000の完全長cDNAクローンの情報を公開しています。イネゲノムアノテーションデータベース(RAD)イネゲノムアノテーションデータベース(RAD)は、コンティグ指向型データベースです。RGPで蓄積されたイネゲノムアノテーション情報がコンティグ、染色体化されています。イネゲノム統合データベース(INE)染色体ごとに遺伝地図と物理地図とイネゲノムの塩基配列が統合されたデータベースです。6591個のEST座位を示した地図です。RGPイネcDNA(EST)情報RGPで取得された65312個のcDNAシーケンスのデータベースです。よる遺伝子破壊系統(5万系統)の表現型と破壊された遺伝子を整理したデータベースです。Database「遺伝子発現モニタリング手法を利用した単離及び機能解明」プロジェクト1999年4月から2003年3月までイネゲノムプロジェクトの一環として進められたマイクロアレイプロジェクトにおいて8987ESTアレイを用いて解析された遺伝子発現データを集約したページ。Site)「遺伝子発現モニタリング手法を利用した単離及び機能解明」プロジェクトイネゲノムプロジェクトの一環として1999.4-2003.3に遂行されたマイクロアレイプロジェクトで作製されたイネ・マイクロアレイに関する情報伝達、提供のために作成されたサイトです。同プロジェクトで解析された遺伝子発現データも格納されています。発現しているタンパク質のデータベースを公開しています。イネタンパク質構造データベース植物のタンパク質の立体構造のデータベースです。ゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたGTOPデータベースへリンクしています。イネ遺伝子機能予測データベース(試験公開)「イネ・ゲノムシミュレーターの開発」プロジェクト公的データベースの中のイネゲノムデータより遺伝子機能に関する予測情報を抽出し、それらをもとに各種ゲノム解析ツールを用いて得られた遺伝子機能情報を比較・選抜し、最終的に1つの遺伝子予測結果を決定する予測プログラムです。と平行して、インディカ品種カサラスのBACライブラリーを作成しました。カサラスはRGPの遺伝地図作成に用いた片方の親であり、多くの形質が日本晴-カサラス間の多型を利用してマップされています。今回、このBACライブラリーの全クローンの両端の配列解析を行った結果をBLASTによる検索サイトとして公表しました。tools/検索サイトへ進み、自分の好きな配列を用いてBLAST検索が可能です。sequenceはダウンロードも可能です。elementsのデータベースです。運営する複数のイネ関連データベースと、公共のイネ関連データベースのデータを統合し、1つの入り口から多くのデータベースへの検索を可能とした統合的なツールです。PIPELINEは公的に利用できる多くのイネデータを蓄積し、配列の相同性や、クローン名、アクセッション番号、キーワード等の様々な手段で遺伝子及びその機能の検索の実行を可能にすることにより、イネ遺伝子研究を促進するリソースを提供することを目的としています。SNPs)は、染色体DNAの塩基配列上に存在する一塩基の差異を指します。W1943)について、全染色体を網羅するSNP情報を格納しています。このデータベースは研究目的に限りご自由に利用できます。(イネSNPsデータベースは農林水産省イネゲノムプロジェクト(平成14〜16年度、DM-2201)の中で作成されました。)生物研ジーンバンクこれまでに収集されたイネなどの植物遺伝資源の来歴、特性情報を公開するとともに、それら遺伝資源の配布を行っています。