「スーパーロボット大戦Z」での編隊システムは、3編隊となっています。過去のシリーズにあった1編隊に対するコスト制限などはなく、3体までであれば好きなように編成が可能です。編成が面倒な人のための自動編成機能も搭載。ベーシックオーダーとバランスオーダーの2種類から選べます。ベーシックオーダーはパイロットを基本の機体に乗り換えさせて原作での組み合わせを重視した編隊をします。バランスオーダーでは、あらゆる状況に対応するバランスのいい編隊になります。