T、低クオリティリードなどが含まれている場合がある。そのため、解析を行う前に、データのクオリティなどを一度チェックして、必要に応じてクリーニングしていく必要がある。このような作業をクオリティコントロールなどと呼んだりする。思われる部分を除去し、低クオリティのリードをフィルタリングしていく。クオリティをもう一度チェックし、必要に応じて再クリーニングする。クオリティが十分に信頼できるようになるまでこれを続ける。このようにクオリティのチェックやクリーニングには様々なプログラムが用意されている。形式が利用されている。スコアからは以下のことが言える。