このなかでは水鳥をはじめ生き物や自然環境の保護が優先され、ひとの利用は必要最小限にとどめられています。​ふだんは保護区の中に入ることはできません。水鳥の保護に欠かせないのが水。海水だけでなく、淡水の池や湿地が必要です。そこで、人工池や棚田などを造成し、雨水や生活排水を水源とする淡水を引き込んでいます。​生活排水は汚れていますが、そのほとんどは有機物で、微生物にとっては栄養源となります。酸素さえあれば、水中の食物連鎖により、汚れは消化されていき、水鳥たちのエサとなる小魚や虫などの生き物が育つのです。そこで当会では、浅い池にポンプアップした生活排水を日光や空気にあて微生物や小動物・植物による浄化を進めながら、水鳥誘致のための湿地環境作りを行っています。ポンプアップした水は池や棚田を通り水路で海へと流れ込みます。淡水~汽水~海水と連続した環境ができたことにより、魚やエビ・カニなど多様な生物も生息するようになりました。水鳥をはじめ生き物が棲みよい保護区とするためには、ひとによる管理作業が必要です。人工池には、アシやガマなどの植物が全体を覆うほど生育します。そのような池は、水鳥の利用に適していません。そこで、開けた水面を確保するため、定期的に草刈りを行なっています。​このほかにも、田植えや観察路の保全など、さまざまな作業を行なっています。管理作業の一部は、ボランティアとしてどなたでもご体験いただけます。