Risk:林岳彦の研究メモ自らの研究に関連するエトセトラについてのメモ的ブログです。リスク学と統計学を扱っています。オソブサ*1でおなじみの林です。JOVI聞いています*2。論文はまだ書けていませんけど何か。さいきんTokyo.Rの和田計也さんという方のちょう素晴らしいプレゼンファイルを拝見いたしました。RStudioの話でもしてみようと思うそこでRStudioからレポートを自動作成できるknitrというツールが紹介されていたので、自分でも少しいじってみました。今回はその自習のまとめも兼ねてここにも書いてみたいと思います。そもそも:Rの結果をどうやって保存してます?ええと。そもそもの問題意識なのですが、みなさまはRでの計算結果ってどう保存してますか?これって結構メンドクサイ問題で、いままで私は基本的に:テキスト系のアウトプットはテキストファイルへ書き出し(またはコンソールからコピペ)画像系のアウトプットはpng/PDFなどへ書き出ししていました。このときに「なんかうまい方法ないかなぁ」と常々思っていたのが、「書きだした結果のファイル」と「その結果を算出した際に用いたパラメータやソースコード」の対応付けの問題です。Rで行った計算の結果が、どのようなパラメータやソースコードのもとで生成されたものなのかをちゃんと記録しておくのはとっても大事です。「ソースコードやパラメータ」「コンソールへのアウトプット」「グラフ画像ファイル」などの異なる形式のものをスマートかつ分かりやすい形でまとめておくのは案外むずかしいですよね。R"というものらしいです。自分で"elegant"とか言うかよ、と一瞬思うかもしれませんが*3、要するにRのソースコードから「ソースコードやパラメータ」「コンソールへのアウトプット」「グラフ画像ファイル」などの異なった形式のオブジェクトが混在したレポートを自動的に生成できるツールです。実装されているので使ってみましょう。百聞は一見にスガシカオです。knitrパッケージをインスコしておきましょう*4。install.packages("knitr")で、RStudioからknitrへの扉は意外と近くに隠されています。Markdown"形式のものを開いてみましょう:そうすると新規ファイルとして"untitled.Rmd"という名のデフォルトのファイルがRStudio内の左上ウィンドウで開きます。HTML"と書いてあるアイコンをとりあえずクリックしてみましょう。すると、Markdown形式で書かれた左上ウィンドウ内のRmdファイルがhtml形式に変換されて表示されます。As"から好みの形式で保存したりできます*5。基本的な段取りはだいたいこんなかんじです(←雑)。ええと、そのMarkdownってなんすか?Markdownというのは、要するに「はてな記法」みたいなもんです。一般的に言えば、htmlとかLaTexとかの簡易版みたいなものをイメージすればよいかもしれません。HTML"の左側にある"MD"と書いてあるアイコンを押すとMarkdownの文法のヘルプが出てきます。上記のようなMarkdown文法のコードを交えてRのコードを書き、そこでknitrを使うとレポートが自動生成できるわけなのです。サンプル解析ファイルを書いてみたので晒してみるとはいえとっつきにくいと思うので、自作のRmdサンプル解析ファイルを晒してみます。ファイルをRStudioで開いてみてください。近年、日本の研究者の論文生産数の減少が指摘されている。その原因として、twitterにより研究時間が浪費されている可能性が指摘されている。本解析では、論文数とtweet数の関係について予備的な統計解析を行った。(2011)の調査報告書より引用した。過去5年間の論文数(第一著者のみ)である。散布図は以下の通りであり、明瞭な負の傾向がみられた。線形回帰を行ったところ、以下のような結果が得られた。tweetあたり約0.009本分の論文数の減少に繋がることが示唆された。線形回帰のチェックのため、残差プロットおよび正規Q-Qプロットを行った。論文数はカウントデータであるため、本来ならばポワソンモデルを用いるべきであるが、残差プロットおよび正規Q-Qプロットの結果を見る限り、残差は良好な正規性を示していると判断できる。今回の解析より、tweet数が論文数に有意な影響をもたらすことが示唆された。tweet数の増加の2つの異なる可能性が存在する。今後、この因果関係の向きを明らかにするために、若手研究者を対象とした前向きコホート研究が必要である。Materialsにそのまま使うのもいけると思うRやRStudioの講習資料の作成にも使えそう今回はあまり詳しいことを書けませんでしたが*7、より詳しいTipsについてはknitrの開発者のサイトやRMarkdownのサイトや和田さんのプレゼン資料を適宜ご参照いただければと思います。よいお盆を!.*1:論文を書くのが遅い上にブサイク、の略*2:嘘*3:でも使ってみたらたしかにelegantだったよ*4:R2.14.1以上が必要らしい*5:"publish"を押すとRPubsというコード公開サイトへの投稿となります*6:画像ファイルもhtml内に埋め込まれているのでhtmlファイル一つでレポートは完結しているぽい。これはありがたいすね*7:そもそも詳しいこと知らないので。revisited:説明変数と残差と誤差の相関をのんびり眺めるの巻こんにちは。ggplot2を使いこなすシャレオツな若い...2013-11-05(後編)今回は因果関係があるのに相関関係が見られない4つのケースについてまとめてみた:中間変量の影響どもっす。先日、某所で統計解析の講師役をしまし...2013-09-19(中編)今回は因果関係があるのに相関関係が見られない4つのケースについてまとめてみた:交絡・合流点の...どもです。林岳彦&オメガトライブです。Loading...はてなブログをはじめよう!takehiko-i-hayashiさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。