計算するとき、遺伝子の長さの定義が問題となる。遺伝子の遺伝子から複数の転写産物が生成されるので、遺伝子領域には転写産物の種類に応じて、エキソンになったりイントロンになったりする領域が存在する。した問題があるため、遺伝子の長さの定義は実に難しい問題である。現在では、完璧な定義は存在しないが、実験目的に応じて、次のように遺伝子長を定義する場合が多い。遺伝子の転写産物のうち、もっとも長い転写産物の長さをその遺伝子の長さと定義する。遺伝子の転写産物のうち、すべての転写産物の長さの平均値あるいは中央値をその遺伝子の長さと定義する。遺伝子領域上、エキソンになりうるすべての領域の長さをその遺伝子の長さと定義する。番目のケースを図示すると次のようになる。プログラムは次のようにかける。ところで、文字列パターンマッチングにより遺伝子の名前を取得している。実際に使うとき、必要に応じて、このパターンを修正する必要がある。