出力ファイルのフォーマットを数値で指定。クオリティデータが出力される。クオリティの分析結果からグラフを作成するためのデータの保存先を指定する。大きい場合は除去される。大きい場合は除去される。パーセンテージで指定する。大きい場合は除去される。割合が指定値よりも大きい場合は除去される。パーセンテージで指定する。末端から塩基を指定の長さまでに取り除く。末端から指定した塩基長を取り除く。末端から指定した塩基長を取り除く。指定値よりも大きい場合はトリムされる。指定値よりも大きい場合はトリムされる。末端から指定したクオリティスコアに満たさない塩基をトリムする。末端から指定したクオリティスコアに満たさない塩基をトリムする。ソースコード)が置かれている。