アセンブリー2017.06.04生物ゲノムの解読は、その生物を詳しく理解する上で欠かせない。複数の染色体に分けられて保存されている。オーダーの塩基配列からなる。塩基配列をシーケンシングできる技術は、まだ開発されていない。塩基配列を復元させるアプローチを取っている。このように、複数の短い塩基配列から、元の長い塩基配列を復元させることをアセンブリーという。この塩基配列を増幅させて、複数のコピーを作成する。リードが出力されたとする。リードから、元の塩基配列を復元するには、各リードの先頭と後尾の文字列に着目し、あるリードの先頭が他のリードの後尾と重なるように並べ替えることで可能になる。回だけ通るパスを探し出せれば、元の塩基配列を復元できるようになる。回だけ通るパスを探す」問題は、ハミルトン閉路問題として知られる。困難であることが知られている。頂点(リード)の数が増えることで、問題を解くの膨大な計算リソースを必要とする。高速シーケンサーは、一般的に数十万から数百万のリードを出力するために、この問題を解くのがますます困難となる。回だけ通るパスを見つける問題に置換させて解く。塩基配列(k-mer)に切断する。塩基配列を頂点として、繋げていく。回だけ通るようなパス(オイラー閉路)を見つければ、元の塩基配列を復元できる。困難ではなく、高速で見つかるアルゴリズムも報告されている。