ギャップが挿入されている。ミスマッチの原因は、進化過程において配列上で起きた置換が主な原因である。ギャップは、進化過程において配列上で起きた挿入あるいは欠損などが主な原因と考えられる。つのアライメントを求めるとき、そのアライメントの正確性を測る指標も計算する必要がある。あるとき、様々なアライメントが求められる。アライメントのスコアを求めることで、どれを採用するかを決めることができる。アライメントを採用する。アライメントを採用する。このように、複数個のアライメントの中から最適なアライメントを選ぶためにはスコアを利用する必要がある。スコアの付け方が異なると求められる最適アライメントも異なる。従って、アライメントを行う際に、スコアの付け方も考慮する必要がある。