脱アルコール(中間剤処理)パラフィンはアルコールに混ざらないため、アルコールにもパラフィンにも混ざり合う液=中間剤(クロロホルム、キシレンなど)で組織内のアルコールを置換する。方法クロロホルムI〜IV槽まで準備する。アルコールから組織片を出し、濾紙などでぬぐってからクロロホルムI槽へ入れる。小さな組織はカゴに入れてクロロホルム槽に入れる。組織はクロロホルム液の表面に浮くため、乾燥を防ぐためにガーゼで組織を覆う。カゴに入らないサイズの組織はカゴに入れずにクロロホルム槽に入れる。大きな組織はシャーレを利用する。シェイカーなどで震盪しながら行う脱アルコール時間クロロホルムに浸透する時間は厳密ではないクロロホルムの組織への浸透時間はアルコールと比較すると早い。小さい組織は1〜2時間で次の槽に移しても良い数日から1週間程度クロロホルム内に入れておいても問題はないため、包埋の日程調整や連休をはさむ場合などの日程調整に行程を利用する※キシレンを用いる場合、組織を長くいれると硬くなる。※クロロホルムは毎回新しい液に交換する必要はない。I槽を2、3回使用して廃棄し、II槽以降の液を順次繰り下げIV槽を新しい液に交換する。