門弟や村人とともに学んだ勉学の場として、広くその名を知られています。この場所には藤樹の屋敷があり、そこには藤樹の教えを求めて多くの弟子や村人が集っていました。保5年(1648)2月、藤樹が亡くなる約半年前に、門人や村人たちの協力によって新しい講堂が完成しました。現在の書院よりも一回り大きいものであったと伝えられています。日の小川村の大火によって焼失しました。焼失から2年後の明治15年(1882)、少しでも早く藤樹書院を再建したいという村人達の尽力によって、新しい藤樹書院が完成しました。この建物は、焼失後の仮堂として建てられたため、創建時の建物とは規模も間取りも異なるものでした。院を再建しようという計画が持ち上がりましたが、戦争や財政状況の変化などのため、それが実現化されることはありませんでした。教えを今に伝える貴重な史跡として、全国各地からこの地を訪れる人は、今も途絶えることがありません。