建立の、内部に防御として多くの巧妙なからくりが施された今に残る本物の忍者屋敷です。甲賀流忍術屋敷には忍者の歴史を学べるだけでなく、実際に使われていた忍者屋敷の仕掛けを体験したり、触れてみたり、謎解きをしたりすることができます。時代劇やテレビでのイメージと違う本当の忍者の姿を体感していただけ、忍者好きはもちろん歴史好きの若年層からシニア層の方まで、多くの方に楽しんでいただける施設です。引き戸に隠された梯子は中二階、そして三階に続いています。中二階は天井が低く作られ、短刀を用いる忍者に有利な構造となっており、追ってから逃れる際に使用されたと言われています。その上の三階からは直接縄梯子で地上に降りることができました。実際に使用する忍者を模した人形が展示されています。隠し梯子の足元には地下の抜け道があり、こちらも忍者が敵に気づかれぬよう屋敷に出入りするために使用されていたと考えられてます。この他にも忍者屋敷にはからくり窓やどんでん返しなど、忍者の当時の任務がどのようなものであったか窺わせる仕掛けが随所に見られます。敷地内には手裏剣道場があり、実際に手裏剣投げを体験することができます。当時の姿を様子を想像しながら、自身も忍者になりきってみてはいかがでしょうか。屋敷内には書物などの資料も展示。萬川集海は忍者の教科書と言われているもので、忍術の方法論から心得まで、あらゆることが記された集大成とも呼べる秘伝書の一つです。