まどか☆マギカ』の新作を作るという話は冗談まじりながらテレビシリーズの放送中からスタッフ間で行われており、正式には2011年4月から動き出した。脚本会議はプロデューサーの岩上と総監督の新房、脚本の虚淵、キャラクター原案の蒼樹の四者によるブレインストーミングから始まり、虚淵がプロットを纏めていった。テレビシリーズの結末の延長線上にある話にしかならず、虚淵が悩んだ時期もあったというが、新房が「まどかとほむらが敵対するのもあり」といった一言を口にしたことが突破口となり、構成案が固まったと虚淵は述べている。当初はテレビシリーズの第2期とする案もあったが、構成案が固まったところで12話にすることは難しいという判断が為され、劇場版として企画が動くこととなった。脚本会議はその年の夏まで続いた。完全新作となっており、新たに登場する百江なぎさは、蒼樹のデザイン原案を元に総作画監督の谷口淳一郎がキャラクターデザインに起こした。一部のキャラクターの設定画もクリーンアップされており、特に新規の表情集は、映像化したときに思いもかけない画面にならないよう絵コンテ時よりも抑えた表情となっている。キュゥべえの大きさはテレビシリーズではシーンごとにまちまちであったが、新編では設定が詰められた上で描かれている。新編の絵コンテは、スタジオジブリ出身でテレビ版では第10話などを担当した笹木信作が務めており、絵コンテの総カット数は2300カットに及び、一本の映画としてはスタジオジブリで最も絵コンテのカット数が多かった『もののけ姫』の1676カットを凌ぐカット数となっている。アフレコは前半と後半の二度に分けて行われ、前半の収録は声優陣に後半の展開が伏せられて行われた。ほむらに関しては映画終盤にかけてのパートが公開直前に録り直されている。演じた斎藤によれば録り直す前はダークな印象が強かったが、リテイクによって少女らしさや人間らしさも感じられるものに変わったという。逆アクセスランキングパーツを表示するにはJavaScriptを有効にして下さい。