エリートぐんだんいんメガバッテンの上級兵。バリアーンメガバッテンによって作られた人工生物。1ターン毎にプチバリアンを1体生み出す。プチバリアンバリアーンにバリアを張る。2体揃うと必殺技が出る。バリアーンZバリアーンの上級種。特徴はバリアーンと同じ。プチバリアンZバリアーンZにバリアを張る。バリアーン××バリアーンの上級種。1ターン毎にプチバリアン××を2体生みだす。ビームを防御できないと身動きが取れなくなってしまい、運が悪いとずっと敵のターンが続くことも。「××」は「ばつばつ」と読む。プチバリアン××バリアーン××にバリアを張る。4体揃うと必殺技が出る。バツバリアンバツガルフ戦に登場。ターン毎に2体発生し、1体増えるごとに防御力を1上げ、4体になるとバリアを張る。プチバリアンと違い、攻撃もできる。フィールドの水の中に潜む機械の魚。マリオが水の中に入ると、噛みついてHPを1減らす。敵キャラとして登場することはないので、倒すことは出来ない。編集メガバッテン軍団バツガルフが率いる謎の組織。目的は世界征服で、そのためにスターストーンを集めている。ぐんだんいんメガバッテンの下っ端。上級メンバーとして「エリートぐんだんいん」、「けんきゅういん」も存在する。腕を交差させて「×」を作るのがバツガルフに対する応答ポーズ。ペケダーメガバッテンの幹部。スターストーンを巡って幾度もマリオと対決する。何かと苦労している人物。バツガルフへの忠誠心は強いが、あまりあてにされていない。そのため最後はバツガルフに捨て駒扱いされたが、エンディングでは生き延びていたバツガルフを発見し、なおも彼に従っていた。バツガルフメガバッテンの総統。身体のほとんどが機械で、強力な魔法を使う。ある意味マリオシリーズらしからぬ、計算高くて非常に真面目、そして手段を選ばぬ冷酷な性格の持ち主。ピーチ姫をさらい、カゲの女王の魔力を使って世界を支配しようとしていたが、実は彼もマジョリンに復活させたものの言う事を聞くようになると嘘を吹き込まれており、女王の復活に利用されていた。復活した女王によって胴体を破壊され、さらに次の攻撃で完全に消えてしまうが、後に生きていることが判明した。関西弁でしゃべるイカ。2本の触腕を攻撃しなくてはならない。ゴンババゴンババ城に住む赤いドラゴンでこれでも女性(メス)。カゲの女王のペットだったドラゴンのうちの一匹。狡猾な性格で、命乞いをした隙に攻撃を仕掛けようとし、観客を食べて体力を回復する。幼い頃にカエルを食べて腹を壊して以来カエルが苦手。カゲ三人組バツガルフが呼んだ三人の魔法使い。カゲの女王を復活させるためにメガバッテンに加担している。最初はビビアンもこれのメンバーだった。マジョリンカゲ三人組の長女。妹には優しいのだが、弟には理不尽な程厳しいという性格の悪さ。カゲの女王の側近で、封印を解く者が現れるよう1000年の扉の伝説を流したり、オープニングでピーチに地図の入った宝箱を渡した女性の正体も彼女だった。マリリンカゲ三人組の次女。「んあー」と喋る大柄な女性。ビビアンカゲ三人組の長男で末っ子。後にマリオの仲間になる。バッテンダーロボメガバッテンの紙で出来たロボ。ピンク色の紙箱に蛇腹状に折った紙の手足がついただけの外見で、クリスチーヌにデザインが微妙だと言われている。ロケットパンチが得意技。ストーリー上では2回戦うことになる。カメックババクッパに仕えるカメックのオババ。クッパと共にマリオと対決し、多彩な魔法でクッパをサポートする。マッチョガンス闘技場のプロモーター・ガンスがスターストーンの力を使ってパワーアップした姿。行動回数を増やしてから攻撃力や防御力を上げたり、自分に状態変化をかける戦法を使う。ランペルオドロン寺院に住む化け物で、前作にも登場したバケバケというお化けの種族。変身が得意で、他人を変身させることもでき、ウスグラ村の住人をブタにしてしまった。倒されたと見せかけて、相手と自分の姿と強さを入れ替える術を使い、一度はマリオと入れ替り、本物のマリオを偽者の姿にするとともに力を奪って危機に陥れた。この術は他人に名前を知られると自身の力が無くなるが、一人でも知っていないと使えないため、自分の名前を知っているオウムを捕らえている。マリオに敗北後、復讐のためカゲ三人組に入るが、マジョリンにはシロスケと呼ばれる、発言はろくに聞き入れてもらえないなどこき使われる。ステージ6では、映画俳優のミスター・トロンに化るなど、変身を生かした工作作業を行わされた。口癖は「チャオチャオ」「うしゃしゃしゃしゃ」。エンディングでは、変身能力をかわれ舞台役者になったということが語られた。コルテストロピコアイランドの大海賊。1000年前の人物だが亡霊となり、現世に留まっていて、4つの武器で攻撃をし、再生能力も持つ。第3形態では観客の魂を吸収して体力の回復もする。貿易商マルコの先祖は彼の部下の一人だった。彼の財宝の一つにスターストーンがあったため、マリオたちは彼の元に向かうこととなった。その後、右折曲折ありながらも和解し、マリオたちを手下のエルモスと共に助ける。モアモアリッチリッチエクスプレスを襲ったモアモアした謎の生き物。HPが少なくなると底力を発揮する。正体は最後まで明かされなかった。バッテンダーマーク2バッテンダーロボの強化版。黒い配色となったが、デザインが微妙なのは変わっていない。ドリルアームやブーメラン、マシンガンなど武装が大幅に強化された。ブンババ闇の宮殿に住むゴンババの兄。毒の息を吐いて攻撃してくる。「メガブレス」が強力。スターストーンによって扉の向こうの闇の宮殿に封印されていた魔物の正体であり、1000年前に強力な闇の力で世界を支配していた。雷や無数の手で攻撃してくる。ゾンババ100階ダンジョンの最深部に住むゴンババとブンババの姉。死んでしまったのか、骸骨姿である。状態異常にするブレス攻撃を得意とする他、HPの回復(再生)も行う。以上のキャラクターはそれぞれの記事を参照。クリゴロークッパの手下のクリボー。ナスタシアに洗脳され、ノワール伯爵に仕える運命となってしまう。羽根が生えているクリボー。頭にトゲのついた帽子をかぶっているクリボー。ヤミクリボークリボーの上級種。近づくと、頭突きをしてくる。(ドット)ノコノコが、スーパースターを取って変身した姿。甲羅を蹴り飛ばしてくるサッカーコスチュームのノコノコ。甲羅は無限に出てくる。甲羅を蹴り飛ばしてくるサッカーコスチュームのノコノコ2組。スーパーシューターコウラシューターの上級種。テトラ桃色の四角い顔に4本足の敵。近づくとびっくりして立ち止まる。テトラポンテトラの上級種。テトラドンテトラポンの上級種。テトラゴンテトラドンの上級種。トゲノコトゲの付いた甲冑を装備しているカメ族の上級兵士。