ガマグチクンガマグチ財布状の敵。コインに化けて待ち伏せしている。近づくと正体を現し、逃げ回る。おおゆきダルママップ自体に存在する巨大な雪だるま。おおゆきダルマにのぼり、顔の前の橋を渡ると怒って風を吹かせてくる。メンボ四本足のアメンボ型の敵。水上では、マリオが近づくと素早い動きで翻弄する。陸上ではただ忙しく動き回る。体当たり以外攻撃はしてこない。ポポイゼンマイ仕掛けの敵。手に板を持ち、マリオがその上に乗るとかなりの高さまで放り投げてしまう。ホルヘイボムキングの亜種。マリオを見つけると突進してきて放り投げようとする。近づくと風を吹いてきて、飛ばされてしまうと帽子が失われる。攻撃方法は体当たりのみだが、踏みつけ・ヒップドロップ以外通用しない。このクリボーの体当たり攻撃を受けてもダメージを受けないが、マリオが少し弾き飛ばされてしまう。地面から出現し炎を吐き出す小さいパックンフラワー。性質はでかパックンフラワーとほぼ同様。小さいノコノコ攻撃しても甲羅を残さず、即座にコインに変わる。デカ島にのみ出現するサングラスをかけたプクプクに似た敵。DS版では姿がプクプクに置き換えられているが名称は同じ。マリオを丸呑みにしようとする。編集ボムキング「ボムへいのせんじょう」で山の頂上に登場。マリオをつかんで投げ飛ばそうとする。頂上から場外(山の下)に投げてしまうと、飛んできて「反則だ。リング上でフェアに闘おう」などと言われ、やりなおしになるが、ボムキングは場外へマリオを放り投げてくる。DS版における最初の戦いではボム兵を投げてくる。バッタンキング「バッタンキングのとりで」で頂上に登場するバッタンの親玉。プレイヤーが前に来ると倒れてくる。DS版では王冠をかぶっている。おやかたテレサ・ボステレサ「テレサのホラーハウス」で特定の条件を満たすと登場する巨大なテレサ。眼に青い隈取のあるおやかたテレサは1階ロビーとメリーゴーランド、ボステレサはバルコニーに出現する。おおめだま「テレサのホラーハウス」の隠し部屋にいる巨大なアイクン。巨大化しただけで、特徴は普通のアイクンと変わらない。ボスどんけつ「ファイアバブルランド」の最深部にある足場に登場する巨大などんけつ。ある足場にいる3体のどんけつ(どんけつ隊)を倒すと上からおりてくる。通常のどんけつより声が低い。クラウンヘッド「あっちっちさばく」のピラミッド内部にいるボスキャラ。右手と左手を模した岩で、手のひらにある目が弱点。片手を倒すと、もう片手がマリオをフィールドから突き落とそうとする。このボスのみタイトルに名前が表示されない。アイスどんけつ「スノーマンズランド」に登場。どんけつと性質は同じだが、身体が青く凍り付き一本角である。足場が氷で滑りやすく、下の氷に落とされると大ダメージを受ける。ボスどんけつに非常によく似ているが、足場が滑りやすく、こちらの方が倒しにくい。「ちびでかアイランド」に登場。名の通り、普通のパックンフラワーより大きく、火を吐く。マリオが近づくと、出てきて、火を吐くと、地面に戻る。ハナチャン「ちびでかアイランド」の山の中に生息する。マリオが侵入する際、天井が損壊し、水が漏れてきたため怒って追いかけてくる。踏むたびに怒りが増し、猛スピードでプレイヤーを追いかけまわす。DS版では赤く変色し、表情も変わる。回を増す事に攻撃方法が多彩になり、3回目(ファイナル)では体が不気味な虹色になり、体力が増している。2回戦目の発言によると本来なら城を守り、封印を解くためのパワースターを使って強化しているらしい。編集ペンギンペンギンレースなどで出てくる。小ペンギン迷子になっているので、親ペンギンに渡すとスターが貰える偽小ペンギン迷子の小ペンギンのダミー用として作られた小ペンギン。親ペンギンに渡しても意味はない。ミップすばしっこいが捕まえればスターが手に入る。本作『スーパーマリオ64DS』は『スーパーマリオ64』を踏襲しているが、ボスの変更がある。クリキングクリボーを後ろに従え、突進してくる王冠を被った巨大クリボー。ダメージを与えると巨大化し、スピードが増してクリボーが増えていく。マリオを助けるために必要な鍵と帽子を持っている。キングテレサテレサの亜種。青い炎を吐くことがある。ルイージを助けるために必要な鍵と帽子を持っている。キングアイスどんけつアイスどんけつの亜種。ステージから落とすと、ステージを揺らされる。ワリオを助けるために必要な鍵と帽子を持っている。編集パックンフラワーサンボゲッソープクプクチョロプーキラーボムへいテレサワンワン以上のキャラクターはそれぞれの記事を参照。最初のステージ「エアポート」以外の汚れのあるところ、どこからでも生まれる謎の生物。マリオを見つけるとゆっくり追ってきて、ジャンプで体当たりしてくる。