キラーよりは速度は遅い。トゲメット甲羅に一本トゲのついたメット。インディ主に地下面に登場する巨大なモグラ。頭の上に乗ることができる。動きが素早く、ぶつかるとヨッシーに騎乗した状態でもマリオが直接ダメージを受けてしまう。フィッシングジュゲム糸の先に1UPキノコをぶら下げたジュゲム。マリオがキノコを取ると通常のジュゲムになる。パイポジュゲムが落としてくるトゲゾーの卵。ドラボン背の高い恐竜。1回踏むと身体が小さくなり、動きが速くなる。鼻と尻尾に棘が生えているが、戦闘に役立たない。翼があるが、飛べない。アッパレ振り子のように動くリフトに乗りハンマーを投げてくるカメ。前作までに登場したハンマーブロスの親戚にあたる。イラストでは禿げ頭だが、ゲームでは角がある。四股を踏むと雷が落ち、地面が燃え上がる。ブルアメフト選手のような格好をした敵。体当たりをしてくるもの、野球のボールを投げてくるもの、不規則に弾むラグビーボールを投げてくるもの、地面を掘り起こして岩を転がしてくるもの、その場でジャンプするもの、大ジャンプしてくるもの、分身するもの、口笛でグースカを起こすもの、口笛でマントガメを呼ぶものなどさまざまなタイプが存在する。着地地点に火を残しながらジャンプで向かってくる小さい炎。ジャンボバルーン緑色で巨大なバブル。お化け屋敷のステージに出現。ライタチョコレー島に生息する緑色の恐竜。踏まれるとチビライタになる。チビライタ小型になったライタ。前方や上方に向かって炎を吐く。炎は非常に強力で、触れると大きいマリオやヨッシーに乗っている状態でも即死してしまう。最初からこの形態のものもいる。地上で4つの弾を吐き出す花。ゴーグルをかけた緑色の魚。グースカ魚の敵キャラクター。眠っているが、マリオが近づくと起きて襲ってくる。フグマンネン水面でマリオを追いかけるトゲトゲの魚。ウニラウニのような敵。ドッスンのように一定区画を移動する障害物のような敵。トーピードキラーの水中バージョン。ソーダの湖にのみ登場。リフトンゴーグルをつけたイルカ。厳密には敵ではなく、ヨッシーと並び味方と紹介されることもある。当たってもミスにはならず、上に乗ることができ、足場の役割を果たしてくれる。マリオ自身で倒すことはできないが、ヨッシーで食べることはできる。その場で動かず垂直にジャンプするタイプと、泳ぎながら放物線を描いてジャンプするタイプがいる。コトンドッスンのミニチュア版。ジャンプして行ったり来たりする。アトミックテレサ巨大なテレサ。テレサと同様、向かい合っているときは動かず、マリオが背を向けると追いかけてくる。向かい合っていると突然表情が変わる。テレサウルス恐竜の幽霊。平行移動するタイプと、波型移動するタイプがいる。スプークフィッシングジュゲムの幽霊。1UPキノコの代わりに鬼火のようなものをぶらさげている。ホネメット全身が骨になっているメット。カロンと同じく踏むとバラバラになり復活する。ときどき背中から針を出すことがある。フィッシュボーン水中に登場する魚の骨。軸を中心に円を描いて回転する鉄球。城や砦に設置されたレールに沿って移動するものと、地面に沿って転がってくるものがある。ギコギコガリガリの派生版のようなもので、両刃ノコギリの形をしていてレール上を移動する。ケセラン小さい電気の玉。足場をグルグル回っている。パサラン大きいケセラン。動きがケセランより遅い。ハックンクッパの城の暗闇の部屋で登場。一箇所にとどまり、時々飛び跳ねる。編集ブイブイ砦のボス。観覧車のように回転するリフトに乗っており、炎を吐いてくる。もとは恐竜ランドの住民だったがクッパの魔法で仲間にされた。『スーパーマリオブラザーズ3』でも登場したコクッパ7人衆。今回はイギー、モートン、レミー、ルドウィッグ、ロイ、ウェンディ、ラリーの順に登場する。コクッパとのバトルは「傾く巨大甲羅の上で戦う」「壁や天井を歩き天井からマリオめがけて落下し、地響きでしばらくマリオを動けなくする」「7本並んだ土管のいずれかからニセモノ2匹と共に顔を出し、バブルが妨害する」「炎を吐いたり甲羅になって体当たりしながら側転をする」の4パターンがある。以上のキャラクターはそれぞれの記事を参照。頭上のプロペラで浮遊しているヘイホー。アイテムを持っていることが多い。外見はヘイホーと同じ。宙返りしながら移動する。竹馬に乗って移動している。踏みつけると普通のヘイホーに戻る。アリホーのっぽなヘイホー。踏むとスイカの種を吐き出す。その種に当たったキャラクターは敵味方問わずダメージを受ける。上から踏むと動きが早くなる。このキャラでタマゴを作ると特大のタマゴになり、投げると衝撃が発生し敵がスターのお守りになる。槍と盾を持ち武装しているヘイホー。長い槍を持って歌い踊っている。複数で出現することが多い。常に鉄球を振り回しているヘイホー。沢山の花を被ったヘイホー。花にカモフラージュしているが、花びらを散らすと元のヘイホーに戻る。名の通り、いつの間にかマリオの代わりにヨッシーの背中に付いてくる。背景に隠れていて、ボロドーとセットで現れる。幽霊になったヘイホー。バケツリレーの要領で爆弾を運んだり、トラップを動かしたりしている場合もある。バケツリレーに失敗すると、落とした敵は落ち込んでしまい、次に爆弾を受け取るはずだった敵は左右に顔を向けてきょろきょろし、それ以外は呆れた表情をして踊り出す。燃えながら跳ね回ったり、走り回ったりしているヘイホー。壁に描かれたヘイホーの落書き。ヨッシーが機関車に変身して線路を走り出すと動き出し、ヨッシーを追いかけてくる。カンテラくん洞窟のステージにいることが多い。ヘイホーと同様、土管から無限に登場するものもいる。コカメックカメックの部下。スターのお守りが0になると、集団で現れマリオをさらっていく。単独で現れた時は、スターのお守りが尽きるまで、マリオを持ってヨッシーから逃げ回る迷惑な敵。かみなりジュゲム雷を落としてくるジュゲム。落ちた雷は地上で燃え広がる。フィッシングジュゲム釣竿を持っているジュゲム。釣竿でマリオをさらおうとしてくる。かべあなジュゲム壁穴から突然登場するジュゲム。ジュゲム土管から突然登場するジュゲム。水中ジュゲムシュノーケルを装備し、土管ステージの水中に潜んでいる。あほーどり一直線に飛ぶ鳥。踏んでも倒せないが、足場になる。口に含んで吐き出すと、あほーむしになる。ヘイホーを落とすものもいる。デブあほーどり肥満のあほーどり。重すぎて飛べない為、ジャンプしながら移動する。口に含んで吐き出すと、デブあほーむしになる。ほねあほーどり骨になったあほーどり。性質はあほーどりとほぼ同じだが、上に乗ると羽根が砕けてしまうため足場にならない。爆弾を落とすものもいる。あほーむし羽が取れたあほーどり。これでも鳥の一種で、地上を素早く走り回る。初めからあほーむしのものもいる。デブあほーむし肥満のあほーむし。転がりながら移動する。食べることはできない。ほねあほーむし骨になったあほーむし。骨になっても足は早い。キューちゃん頭に毛が3本、真っ黒い体、黄色いくちばしを持つ九官鳥。羽はなく、空を飛ぶことはできない。空中にある丸いブロックの周りを走り回っている。どんな場所でも歩くことができ、落ちることはない。ひなキューミニサイズのキューちゃん。かるがーも子連れのカルガモ。親鴨を踏むと子鴨が親鴨と間違えてヨッシーについて行く。子鴨はタマゴの代わりに投げることができ、投げるとブーメランのように円を描いて戻ってくるが、時折逃げることがあり、ゴールすると必ず逃げてしまう。ポンキーパックン体色は緑で、攻撃を受けると体色が黄、赤へと変化する。サンボの様な黄色いサボテンを吐いて攻撃してくる。ヨッシーを飲み込んでくることは無い。体が赤色の状態で攻撃すれば倒すことができるが、とどめをささずに画面外に一定の距離移動すると、元の緑色に戻ってしまう。プロペラパックン細い通路にいる。タマゴを当てるとしばらく回転し、その間は通り抜けることが出来る。プチパックンパックンフラワーの子供。空から綿毛の状態で降ってくる。砲台サンボヨッシー目掛けて黄色のサボテンを発射してくる。風船サンボサンボを吊り下げた風船。ヨッシーが下を通過するとサンボを落としてくる。ヘディングサンボサンボをヘディングして遊んでいるサンボ。普段は楽しげだが、頭上のサンボが無くなるとしょげる。経つと、頭上からサンボが生えてきてヘディングを再開する。マトサンボ的がついたサンボ。通常のサンボより大きく、タマゴを当てると転がる。パンジーさんパンジーのキャラクター。大量に出現し空中を漂う。触ったり食べたりするとヨッシーが酔っぱらってフラフラになり、操作しにくくなる(画面も歪み、BGMもおかしくなる)。ニセフラワースペシャルフラワーの偽者。本物と違い、凶悪な顔をしている。ヨッシーが近づくかタマゴを当てると転がり落ちてくる。タマゴを当てた場合、笑い声を上げる。タマゴフラワータマゴを吐き出す花。周囲でヒップドロップをすると大量に吐き出す。サンボフラワータマゴの代わりにサンボを吐き出すこと以外は、タマゴフラワーと同じ。定期的に、5枚の花びらを全方位に発射する。ヒップドロップの振動を与えると花びらを落とす。プチプチくん淡いピンク色に肌色の斑点。丸っこくて、とことこ歩いてくる。踏みつけるとプチッと破裂して、近くに敵キャラがいた場合弾き飛ばす。Lプチプチくんの一回り巨大なもの。くんトゲ付きの鉄球に顔と足をつけたような姿をしている。その場でジャンプを繰り返すタイプ、崖を気にせず前進するタイプ、崖で反転して歩き回るタイプの3種類がいる。ビッグカチカチスペシャルビッグカチカチ(後述)の亜種。ジャンプしつつ歩いてヨッシーを追いかけてくる。タマゴをぶつけると仰け反って少しだけ気絶するが、穴に落としてもすぐに新手が現れるため、倒すことは出来ない。ボスのBGMが流れるが、ボスキャラではない。チューさん覆面をしたネズミのような生物。タマゴを持っていると、こっそり盗んでいく。壁穴に潜んでいる場合もある。髑髏の被り物を被ったチューさん。上から踏むと普通のチューさんになる。ミットさんミットを着けて歩き回っている。ヨッシーのタマゴを投げつけられるか、あるいは周囲のタマゴを拾うとミットでキャッチし、ヨッシーめがけて投げてくる。バットくんバットを抱えて歩き回っている。タマゴを投げつける、もしくはワンワン岩や敵をぶつけるとバットで打ち返してくる。スイカの種の連射をもことごとく弾き返す。空手家その名の通り、空手を操って攻撃してくる。飛び道具を撃ってくる事もある。王様トゲ付きの王冠を被っている。王冠が取れると恥ずかしそうに顔を赤らめて走り回る。コウモリの姿をした敵。本作では名前が「バサバサ」ではない。おさるさんスイカの種攻撃や樹上からのサンボ・爆弾投下、ヨッシーに接近し掠め取る様に赤ちゃん強奪、複数が上方からロープの様に繋がって揺れている状態で赤ちゃん強奪など様々な手段で攻撃してくる。攻撃を当てたり、口に含んで吐き出すと茶色に変色し、しばらく止まった後、逃げ回る。地上をうろつくものと空中を行ったり来たりするものがある。当たってもダメージは受けないが、大きく跳ね返される。ドンブリブロス2匹1組で登場する。一方がもう一方を踏み台にして大ジャンプする。1匹になるとジャンプして向かってくる。ころがりくんヨッシーが近づくか、口から吐き出すと体を丸めて、他の敵を倒す。あわふきくん上から踏むと、口から泡を吐き出す。この泡に体当たりすると、大きくジャンプすることが可能。泡を食べると泡吹き攻撃が出来る。スーパーハリマンネンヨッシーが近くにいると背中の針ごと巨大化させる。スライムクリーム色の体に大きな可愛らしい瞳を持つ。踏みつけると、プチプチくんのように飛び散ってしまう。天井から雫のように落ちてくることもある。ブロックスライム(モーフィングビッグスライム)ビッグスライム(後述)の近種。普段はブロックに擬態しており、タマゴを当てることでのみダメージを与えられるが、ボスと異なりスライムが出てくることはない。くじ毛の生えたナメクジのような生物。ピンクと白がおり、ピンクは天井で止まっていて落ちてくるとヨッシーに向かって動く。白は天井でもヨッシーに向かって動く。雪だるまスキーを着けて滑ってくることが多い。触れてもダメージは受けないが、押されるので場所によっては危険。水中プクプク水中を泳ぐタイプのプクプク。外見は水面をはねるプクプクと異なる。ホネプクプク骨になったプクプク。同じ所を行ったり来たりしている。ハリボンボン潜水艦のモーフィングステージに出てくる。魚雷を当てると怒って追いかけてくる。潜水艦のモーフィングステージに出てくる。っぽーうお水面近くに潜んでいて、一定間隔で浮上し、激しい水流を口から吹き出す。水流にヨッシーが当たると水圧で押し返されてしまう。あつあつてっぽーうお溶岩内に潜んでいるてっぽーうお。口から溶岩を吐き出す。溶岩にヨッシーが当たるとミスになってしまうため、非常に危険。舌を延ばして、赤ちゃんを奪い取ろうとしてくる。カニスキーヨッシーが近づくと追いかけてハサミで攻撃してくる、体中が泡に包まれたカニ。モズ水辺に潜み、ヨッシーを丸呑みにしようとするナマズのような生物。飲み込まれるとその時点でミス。めかくしテレサ顔に目隠しを巻いているテレサ。音を頼りに動いているのでゆっくり移動すれば気付かれない。ばるーんテレサ風船の様な姿をしているテレサ。スイッチを出すことがある。〜んおばけ天井や床に張り付き、ヨッシーが近づくと体を伸ばして脅かしてくる。グロテスクな顔をしている。おばけ土管や細長い通路に生息して、ヨッシーをとおせんぼしている眉毛の濃いお化け。ヘイホーやムーンサルトヘイホーを口から吐き出してくる。タマゴなどを投げつけると、体が徐々に縮んでいく。するとまた伸び出し、元のサイズに戻る。らぶらおばけ天井にへばりついている、眉毛の濃いお化け。普段は振り子運動をしているが、ヨッシーを見かけると赤ちゃんを奪おうと、体を伸ばしてくる。タマゴやスイカの種を当てるとしばらく硬直する。布おばけ布を被ったお化け。中にはヘイホーかごくたまにボロドーが隠れている。死神さん背中にくっつかれると、十字キーの左右が逆になり、マリオが背中からはなれてしまう。おたま人魂の様な姿で、画面上を往復している。ファイアおたま炎をまとったおたま。外見はバブルと似ている。つむじくん画面横から無数に現れる。食べて吐き出すとその方向に飛んでいく。スパーク炎を発しながら、暗闇の中を壁に添いつつ移動している。炎が消えて白くなっている時はダメージを受けない。ウンババリフト頭の上にリフトを乗せたウンババ。乗ると動き出し、一定のポイントまで来ると止まって体を伸ばす。ロジャーリフト頭の上にリフトを乗せた水のお化け。ベトベトさん踏むと足の下にくっついて、トゲの上を渡れるようになる。十字キーの下を押すと外れる。プリン艶々した見た目が特徴。口に含められるが飲み込めず、踏むかタマゴを当てると潰れるがすぐに復活する。大砲くん足のついた大砲。歩きながら砲弾を落とす。(落下ワンワン)普段は画面奥にいるが、近づくと上空から降ってきて足場を破壊する。無限に出現するものもいる。ビッグワンワン画面左から出現し、足場を破壊しながら(食べながら?)追いかけてくる。壁に激突すると歯が折れて勝手に落下する。一点を中心に1本ないし2本で回転するトゲの棒付き鉄球。すり抜けることはできない。進行方向とは逆に回転するものがある。鉄球ドスン鎖付き鉄球を真下に落とし、それをゆーれいヘイホーが巻き上げ、また落とす...を繰り返すトラップ。まきあげドスントゲの付いた丸太。「?」マークが書かれた上の車にタマゴを当てると、一定時間鎖が巻き上がる。風船ボム爆弾を吊り下げた風船。ヨッシーが下を通過すると爆弾を落としてくる。バクハツ1UP風船1UPの字が書かれた風船で、ヨッシーが近づくと膨らみだす。素早く食べて破壊すれば1UP出来るが、失敗して割れると中から敵が出てくる。各ステージ4に中ボス、ステージ8に大ボスが出現する。ゲロゲーロとベビークッパを除き通常の敵キャラクターがカメックの魔法により巨大化したものと戦う。ビッグドンブリワールド1の中ボス。ドンブリブロスを巨大化。ジャンプしながら往復してくる以外は何もしてこない。攻撃を当てるとパンツが徐々にズレていく。ビッグスライムワールド1の大ボス。ジャンプしながら移動する。タマゴを当てるか、スライムを吐き出して当てるとスライムが無数に出る。このボスに似たブロックスライムがステージの至る所に登場する。びっくりテレサワールド2の中ボス。通常のテレサと同じくヨッシーが前から見ると恥ずかしがるが、その際に体が透明になる。攻撃するとどんどん巨大化する。つぼおばけワールド2の大ボス。壷から誕生した頭に花をつけた謎の生態。口から鬼火のようなものを吐き、体当たりで攻撃する。自分から移動することは出来ない為、ヨッシーの反対側にいる2匹のヘイホーが壺を移動させるが、力は小さい。ゲロゲーロワールド3の中ボス。このステージでは、カメックの魔法で逆にヨッシーが小さくされ、飲み込まれた後の胃の中でヨッシーが攻撃する形式になっている。胃の中に落ちてくるヘイホーを食べてタマゴにして攻撃する。タマゴをぶつけるごとに胃の面積が狭くなる。ダメージを与えるごとに降ってくる胃液の量が増える。ビッグパックンワールド3の大ボス。パックンフラワーを巨大化。横移動して襲ってくる他、口からプチパックンの綿毛を飛ばす。ビッグプチプチワールド4の中ボス。プチプチくんを巨大化。普段は歩いているだけだが、何回かヒップドロップで踏みつけると小さくなりながら倍に分裂していく。ビッグノコノコワールド4の大ボス。立ち上がって襲ってきたり、ダッシュジャンプからフライングボディプレスを繰り出す等、攻撃のバリエーションが多い。うつ伏せ時に踏みつけるとタマゴを吐き出すが、その際の表情が非常に気持ち悪いと一部で評判になった。ビッグけめくじワールド5の中ボス。体が柔らかく、タマゴの衝撃を吸収して跳ね返す。体の中にある心臓にタマゴを当てるとダメージを与えられる。敵本体に当たってもダメージはないが、端に開いている穴まで追い詰められると負けとなる。ビッグキューちゃんワールド5の大ボス。キューちゃんを巨大化。球体の小惑星の上で戦う、ゲロゲーロと並んで異色を誇るボス。惑星にある突起をヒップドロップで踏むと出っ張ってダメージを与えられるが、徐々にパワーアップしていく。ちなみに、テレビCM等ではこのボスとの対戦シーンがよく流されていた。ビッグカチカチワールド6の中ボス。カチカチくんを巨大化。攻撃で倒すことは出来ないため、床を壊して溶岩に落とす必要がある。(ベビークッパ→ビッグクッパ)ワールド6の大ボスであり、ラストボスである。前半(ベビークッパ)はヨッシーの背中に乗ろうとヒップドロップをしてくる。後半(ビッグクッパ)はカメックの魔法により巨大化して、落石、炎で攻撃しながら、画面の奥から近づいてくる。以上のキャラクターはそれぞれの記事を参照。