水を浴びせるかヨッシーに食べさせるとアイテムに変わる。ゴロゴロパックン後述のドロドロパックンから吐き出される丸いドロドロのパックン。通った後は汚れが広がる。クリン小さいクリのような姿の敵。歩いているが、マリオを見つけると体当たりしてくる。水をかけるとひっくり返る。サンボヘッド頭だけのサンボ。たねまきサンボ色違いのサンボヘッドといった姿。普段は外に出ていて、マリオが近づくと地中にもぐり種をまき始める。かぜくん台風に目のついたような姿の敵。どこからともなく登場し、マリオの周りを旋回してから突進してくる。ヨッシーで飲み込むと倒せる。水をかけると一定時間現れなくなる。空を飛びながら落書きと同じ性質のフンをまき散らす。メンボ四本足のアメンボ。停止しているときに踏むと大ジャンプができる。ポポピンクの浮いている生物。ポンプのノーマルノズルに取り付いてくる。ポポが取り付いた状態でRボタンを押し続けるとチャージができ、離すとポポを勢い良く発射できる。取り付いたまま他のノズルに変えると消滅する。スパークロープ上を移動する青や赤の物体。ロープ上に立つと動き出してマリオを追ってくるもの、マリオの動きに関係なくロープ上を往復しているものなど様々である。倒せそうに見えるがどうやっても倒せない。とり緑・青・赤・金の4種の鳥が存在する。水をかけて倒すとアイテムが出てくる。チョウ青・緑・黄の3種の蝶が存在する。ヨッシーにすべて食べさせるとアイテムが出てくる。ハチ蜂の巣を落とすと出現。落とす前にも数匹が蜂の巣を守っていて、マリオが近づくと攻撃してくる。ヨッシーに食べさせるとアイテムが出てくる。蜂の巣は一度落としてもなぜか自然復活する。クラゲッソークラゲ型のゲッソー。水をかけるとしばらくの間固まって、足場代わりになる。水上をジャンプしているだけ。黄色いクモのような敵。金網に取り付いて動き回っていることが多い。あおポイハナ鳥の頭のような姿をしている。マリオを見つけると突進してきてくちばしで空中に放り投げる。投げられてもダメージは受けないが、本体に触るとダメージを受ける。あかポイハナ赤いポイハナ。行動パターンはあおポイハナと同じ。こちらは投げられてもダメージを受ける。どちらのポイハナも投げ方がスーパーマリオ64に出ていたポポイに似ている。クリンズクリンがトーテムポール状に積み重なったもの。大きなクリンが一番下にいて合計10匹。モエクリン頭に火の付いたクリン。火を消すとクリンになる。空中を浮遊する羽の生えたクリン。アスレチックコースでは足場代わりになるが、そこ以外では体当たりしてくる。ハネクリン〈緑〉マリオの帽子を奪おうとする。帽子を奪ったハネクリンにはマリオと同じ髭が生える。マリオは帽子が無いと直射日光で少しずつダメージを受けていくので、早く取り返さないとミスになってしまう。デンキノコノコ〈青〉マリオに向かって帯電した自分の甲羅を投げてくる。デンキノコノコ〈赤〉ピンナパークで初登場。金網を歩き回っている。タマゴノコノコヨッシーのタマゴと同じ柄の殻を背負った巨大ノコノコ。普段は寝ているが水をかけると起きて、ジャンプしてマリオを押しつぶそうとする。デブテレサ普通のテレサより一回り大きく、屋根裏などで寝ていて道を塞いでいる。ブロックテレサピンク色のテレサ。攻撃はしてこないが、触れるとダメージを受ける。水をかけるとブロックに変化し足場になる。変化中は触れてもダメージを受けない。マーレのいりえで初登場。プーが撃ち出すトゲトゲの球。汚れの固まりのようで、通った軌跡は落書きのように汚れてしまう。踏むと崩れて汚れが広がる。小さくて首輪をしている。熱を出して暴れており、炎の落書きに包まれているので、触れるとダメージを受ける。編集ドロドロパックン汚れの中にいる大きいパックンフラワー。ドルピックタウンでは建物が汚れに飲み込まれると、その泥の中から登場。エアポートのもの以外は、周囲からプチプチが生まれる。倒すと、建物は復活し、外壁の一部に「M」のマークが浮かぶ。ボスパックン手足がありパンツまで履いた巨大パックンフラワー。泥を吐いたり竜巻を起こして攻撃する。再登場時には空を飛ぶ。四本の長い足をたたきつけてくる巨大ゲッソー。リコハーバーでボスとして登場、マーレのいりえでも復活して登場。チュウハナポイハナの大きいバージョン。マンマビーチの鏡の上で歩き回り、大砂鳥の誕生を邪魔している。ボスハナチャン敵キャラクターとしてはシリーズ最大の大きさを誇るハナチャン。自分の眠りを妨げられたことに激怒しビーチ内を暴れまわっている。メカクッパクッパ型の巨大ロボット。火を噴いてきたり、キラーを発射したりする。デンノコキングピンナパークの観覧車の裏で発電し、観覧車を暴走させている緑の甲羅の巨大なデンキノコノコ。眠っているためボスらしい戦いはせず、腹から叩く事で倒せる。ボステレサシレナビーチのカジノの地下にいる冠を被った大きなテレサ。スロットマシンで攻撃方法を決める。マンタシレナビーチに登場する電気を帯びたエイ型の平面生物。体の中央部から電気を帯びた泥を生み出す。攻撃すると分裂し、小さくなるほど水を浴びたときの鳴き声が高くなる。むしばウナギマーレのいりえの深海にいる、大型のウナギ。このボス戦のみ、水中戦である。名前の通り虫歯があり、マリオを吸い込んだり、黒い息を出す。ニセマリオ(クッパJr.)透明なマリオ。島を落書きだらけにした張本人。手に持つマジックブラシで様々な悪事を行う。正体はクッパの息子クッパJr.。母親恋しの一念でピーチを誘拐した。ピーチが母親でないことは自分で分かっていた。編集クリボーノコノコパックンフラワードッスンハナチャンテレサワンワンボムへいキラープクプクゲッソーサンボカメックカロンビリキューミニメカクッパ以上のキャラクターはそれぞれの記事を参照。『スーパーマリオブラザーズ3』のものより大きい。カボクリボーハロウィン風のカボチャの仮面をかぶったクリボー。スピンを当てると普通のクリボーになる。堅固なヘルメットをかぶった目が赤いクリボー。そのまま踏みつける攻撃は効かない。トゲトゲパックン普通のパックンより大きく紫色をしていて、茎にトゲがある。スピンや体当たりをしようとするとダメージをうける。オニマスドン『スーパーマリオ64』のオニマスクンの亜種。大幅にデザインが改変され、材質も金属から石に変わり、顔もまさに「鬼」の様な風貌となった。ツキダシドン『スーパーマリオ64』に登場した突き出す岩。これの上に乗らなければならないことが多い。ハナ『スーパーマリオサンシャイン』で登場したキャラクター。本作では青のみで触れてもダメージは受けない。触れると空高く跳ね上げられる。水に沈むと消滅するが元のいた場所で復活する。ボムテレサマリオを見つけると近づいてくる、黒いテレサ。スピンで舌をからませれば振り回せ、何かにあたると爆発する。ミニワンワンワンワンの縮小版。ゴールドワンワン金色のワンワン。