お寺の本堂の正面には、ガラス戸が入っていることが多いですよね。本尊様の向かいがガラスになっているわけです。うちの仏間も同じです。私は霊道には詳しくありませんが、一般にお寺で本尊様とガラス戸との位置関係が問題になることはありません。ご家庭の仏壇はお寺の本堂のミニチュアですから、同様にガラスがあっても大丈夫です。鏡についても全く問題はありませんが、気になるなら位置を変えても構いません。あれば、その信仰を高めることに焦点を当てて下さい。すれば、ネガティブな気掛かりは自然に落ちてゆくでしょう。信仰をお持ちでないなら、何か宗教的な実践をされたらいかがでしょうか。