葉緑体とミトコンドリアの遺伝子発現は核にコードされる遺伝子によって転写後のRNAのレベルで大きく制御されている。最近の研究で、植物で特有に大きなファミリーを形成するPPR蛋白質が配列特異的なRNA結合蛋白質として、前述のオルガネラRNA代謝に重要な役割を担うことが明らかになってきた。PPR蛋白質中の複数のPPRモチーフ(35アミノ酸)の繰り返しがRNA結合に働くと推測されているが、その詳細は明らかでない。我々はここに、PPR蛋白質のRNA結合の分子基盤を示した。Pfamにおけるモチーフの定義がPPRモチーフのRNA結合ユニットとしての働きを正しく示すことを明らかにした。解析から、5個のアミノ酸(1、4、8、12、ii(-2))がPPRモチーフのRNA結合表面を形成することを明らかにした。関わることをいくつかの特徴的なアミノ酸を見いだした。