従って、人類出現以前から、口内微生物叢の遷移を辿ることは、原理的には可能ということになります。歯は、人体のさまざまな部位の中でも、遺跡に残されている可能性が高い部位です。歯に付着した歯石はその持ち主が死んだ時点ですでに半化石化していることから、口内微生物叢に関する多くの情報をタイプカプセルのように保持しています。専門的な歯科医にかからなければ、人間の歯には、30歳になるまでにはほぼ確実に歯石が形成されるといいます。考古学者にとって嬉しいことに、ヒトが死ぬと、その時点から歯石は形成されなくなりますので、人骨が埋没した後に土壌から何らかの影響を受けたものが歯石の中に形成されることはありません。このように研究に適した様々な特徴から、過去の人類の歯石の研究は近年とても盛んに行われるようになりました。考古学者が歯石を宝物のように扱うのには、それなりに理由があります。歯石には、骨や歯の象牙質よりも桁違いのDNAやタンパク質の残存率が確認されており、人骨からは抽出できないような高精度の情報を引き出せる可能性があるからです。同じ遺跡出土の歯石からはDNAも抽出されています。歯石のメタゲノミクスレベルでの分析により、虫歯や歯周病に関連する細菌が検出されました。