Season1〜百舌の叫ぶ夜〜』の続編。舞台はSeason1のラストから半年後。亡き妻が関わった警察の極秘任務「グラークアルファ」作戦の真実を執念で追い続ける公安のエース・倉木尚武の前に、新たな巨悪が立ちはだかる。Season1からのキャストに加え、新たに蒼井優、佐野史郎が登場し、さらに重厚な人間ドラマが繰り広げられる。公安のエースが妻の死の謎を追って孤高の戦いへ...空白の72時間に何が空港での爆弾テロから半年。倉木(西島秀俊)が警察の極秘作戦「グラークアルファ」を調べる中、死んだはずの百舌・新谷宏美(池松壮亮)と同じ手口の殺人事件が起きる。よみがえる百舌...その正体とは新谷宏美(池松壮亮)と同じ犯行手口で殺された被害者が汐里(蒼井優)と接触していたことを知った大杉(香川照之)は、取り調べを開始。汐里は真相を語ろうとしない。倉木逃走...真実を知る闘いへ...官房長官を爆死させた容疑で倉木(西島秀俊)が指名手配された。そんな中、新谷(池松壮亮)との繋がりを疑われる汐里(蒼井優)は、極秘で誰かに会う動きを見せる。偽りの容疑で指名手配された倉木(西島秀俊)に続き、半年前に死んだ新谷宏美(池松壮亮)に連続殺人の容疑がかけられた。捻じ曲げられた真実を前にした倉木たちは...。亡き妻が遺した“本当の真実”グラークアルファ作戦は北海道の孤狼島で実行されていた。すべての真実とイワン・タイラーの正体を確かめるため、倉木(西島秀俊)と美希(真木よう子)は孤狼島に渡る。