メディカルセンターに向かう中、ゼノ、エコーと再会したアッシュ。アフィンと共に、惑星ウォパルの調査任務に就いたアッシュ。シオンを導かれ、マザーシップの中心部を目指す、アッシュとマトイ。六芒均衡の協力を得て、マトイと共にシオンの元へ向かうアッシュ。アークスシップで束の間の休息を楽しむアッシュたちは、アークスを目指す少女ウルクと出会う。十年ぶりに船内に現れたダーカーに、戸惑いを隠せないまま出撃するアークスたち。復活を果たしたダークファルス【巨躯】(エルダー)はオラクル船団を襲う。撃破したはずの【巨躯】(エルダー)が生存していたと知り、思い悩むアッシュ。アークスを喰らうと噂される「暴走龍」の真実に近付くことになる。ルーサーの野望を阻止するため、シャオたちに協力することを決めたアッシュ。ダークファルス【敗者】(ルーサー)としての姿を解放したルーサーは、怒りのままにアッシュに襲い掛かる。圧倒的な力を持つ【敗者】(ルーサー)に、結束して立ち向かうアークスたち。【巨躯】(エルダー)の強襲により、アークスたちは大きな犠牲を払うこととなった。ウルクを探そうとするテオドール、気丈に振る舞いながらも、ゼノを案じるエコー。管制より全アークスに船団への帰投命令が下る。混乱するアークスたちの間では、とある噂が広まりつつあった。動揺するアッシュの前に姿を現したシオンは語る。「......待っていた。シャオに呼び出されたアッシュは、残されたシオンの記録から「マトイに関するデータ」と「十年前のある時期の事象の記録」が完全に抹消されていることを知らされる。報復のため、アークスシップを襲撃する【若人】(アプレンティス)。クラリッサを手放した二代目クラリスクレイスを、【若人】(アプレンティス)は残酷な手段で追い詰める。二代目クラリスクレイスの辿った結末を目にし、帰還したアッシュ。多くの犠牲を出した新人訓練から、無事に生還したアッシュとアフィン。アークスとして初の任務に就くことになった二人は、新人訓練で助けた謎の少女、マトイと共に再びナベリウスに降り立つ。指揮官のコハナと共に、ナベリウスで活発化したダーカーたちを殲滅しようとする三人。