レイトン教授と悪魔の箱レイトン教授に送られてきた、一通の手紙。それは友人であり、尊敬する師でもあるアンドルー・シュレーダー博士からだった。―長年追い求めてきた「悪魔の箱」をついに手に入れた。調査が済むまでは開けまいと思っていたが、箱の魅力にとりつかれ、我慢できずに開けてしまいそうだ。自分の身に何かあったら後を頼む。心配になったレイトンは、助手のルークを連れ博士を尋ねると、そこにはすでに絶命した博士の姿が・・・。開けて中を見た者は必ず死ぬという伝説の秘宝「悪魔の箱」。現場から消えた悪魔の箱。新たに発見された「モレントリー急行」の使用済み切符。それは博士からのメッセージなのか?2人は唯一の手がかりであるモレントリー急行に乗って、ナゾを解明すべく旅に出た。