124分1988年7月16日、新型爆弾が炸裂し関東地方は壊滅した。これがきっかけとなり第三次世界大戦が勃発。それから31年後となる2019年現在、首都は東京湾に建設された人工島に移されており、名称も「ネオ東京」に変更された。高層ビル群が林立するネオ東京で反政府分子がアーミーと抗争を繰り広げる中、暴走族チームのリーダー・金田は旧市街地へ続くハイウェイを改造バイクで駆け抜けていた。2020年に行われる東京オリンピックに合わせて再開発が行われるこの地域は立ち入り禁止となっているため、誰にも邪魔をされないこの場所は彼らにとって恰好の遊び場だった。ある夜、金田たちのチームは敵対する暴走族のクラウンと対決することになったが、レースの途中で仲間の鉄男が大事故を起こし瀕死の重傷を負った。すると突然上空に敷島大佐率いるアーミーのヘリが現れ金田たちはその場で逮捕、負傷者の鉄男と路上にいた謎の少年はヘリに収容された。アーミーは警察と協力して反政府分子狩りを行っており、その一味として疑われた金田たちは警察に引き渡されて取り調べを受けたのだった。言い訳を重ねたことで疑いが晴れた彼らが取調室を出ると、廊下の椅子で順番を待つ人々の中に見覚えのある顔があった。それは警察の資料を盗み見たときに載っていた自分と同じ年頃の少女だった。そこで金田はその娘を仲間を称して一緒に連れ出したのだが、お礼を言うとそそくさと仲間のところへ帰って行った。アーミーの医療施設に送られ治療を受けた鉄男は一命を取り留めた。検査データは研究機関に送られたが、敷島の下で働くドクターは彼が持つある能力のスペシャルパターンに興味を持った。それはこれまでに採取したパターンとはいずれも違っており、「AKIRA」の成長過程の謎を解く鍵になるのではないかと考えたドクターは能力を引き出す薬を投与することに決めた。その報告を受けた敷島は、鉄男がAKIRAと同程度の能力を持った場合にコントロールすることが出来るのかが気掛かりだった。東京が崩壊するのを避けたかったからだ。頭の中をいじられているような検査を連日受けることに嫌気が差した鉄男は病院を抜け出しガールフレンドのカオリに会いに行った。二人で遠くへ逃げ出したい衝動に駆られた彼は職業訓練校に向かうと停めてあった金田のバイクを拝借したのだった。旧市街を走る彼を待ち受けていたのは仕返しを目論むクラウンだった。後から追い掛けてきた金田たちによって二人は助けられたが、鉄男はそれが気に入らなかった。それはいつも彼に助けられる自分への怒りだった。