フリゲート「サザランド」の艦長アンダーソンは、新人たちが軍艦の武器を扱えるか確かめるため試験を行う。芳しくない結果に、落胆する。基地では潜水艦乗組員のルークが婚約者と結婚の準備を進めている。トーベイ」の後方支援を担当するデイヴは極秘任務に旅立つ前に、家族にしばしの別れを告げる。《セントラル・カセドラル》の大図書室に隠遁する少女カーディナルに助けられたキリトとユージオ。彼女の正体は仮想世界《アンダーワールド》の秩序の維持を司る自律型プログラムだった。アドミニストレータの過去をはじめ、《公理教会》や《禁忌目録》の成り立ちをキリトに語り始めるカーディナル。驚きを隠せないキリトだが、更なる事実――《アンダーワールド》に迫る恐るべき危機を聞かされる。《セントラル・カセドラル》の大図書室に隠遁する少女カーディナルに助けられたキリトとユージオ。彼女の正体は仮想世界《アンダーワールド》の秩序の維持を司る自律型プログラムだった。アドミニストレータの過去をはじめ、《公理教会》や《禁忌目録》の成り立ちをキリトに語り始めるカーディナル。驚きを隠せないキリトだが、更なる事実――《アンダーワールド》に迫る恐るべき危機を聞かされる。《創世神ステイシア》のスーパーアカウントを使い、《アンダーワールド》へとログインしたアスナ。彼女が放つ神聖術は、七色のオーロラを帯びる。《地形操作》の効果を持つその術を使う姿は、さながら女神の顕現のようだった。降臨後、ロニエとティーゼの案内でキリトと再会を果たしたアスナ。ガブリエルの策略によって、暗黒騎士のアカウントを与えられた、現実世界の米国プレイヤーたち。彼らは、次々と《アンダーワールド》にログイン、人界軍と闇の軍勢の見境なく《人工フラクトライト》たちを殺害していく。殺戮集団の彼らが現実世界からログインしてきたプレイヤーだと気づいたアスナは、必死に止めようとする。それを対岸から見ていたイスカーンは、仲間の死に無関心な皇帝に怒りを覚え......。《オーシャン・タートル》を襲撃した謎の組織――それはアメリカ国家安全保障局の極秘任務を受けた特殊工作部隊だった。部隊を率いるリーダーのガブリエルは、過去にキリトやシノンと交戦したことがあり...。《ソウル・トランスレーション・テクノロジー》で造られた人工の魂《A.L.I.C.E》=アリス強奪を狙うガブリエルは、《アンダーワールド》内にいるアリスを探し出すため、ある秘策を試みる。ダークテリトリーの暗黒騎士団を率いる騎士団長シャスターは、アドミニストレータが死んだことを機に、人界へ和平を持ち掛けようとしていた。その試みは皇帝ベクタの暗黒界帰還によって打ち砕かれる。ベクタのアカウントを使って《アンダーワールド》にログインしたガブリエル。彼は《A.L.I.C.E》を見つけ出すため、闇の軍勢たちに向かって人界との全面戦争を指示する。学園最凶の四天王、ヤス、ハッチン、ジョウ、双循は、なぜかバンドを組むよう校長に命令される。アレな設定を書きためていたノートをうっかり落とすルフユ。~スケーター・ボーイと仲間たち~」でロブのボディーガードとして共演した、かつての相棒ビッグ・ブラック。