GenomeIGVにRefSeqなど、ヒトゲノム上の遺伝子アノテーションを取り込む方法についてです。Server"から、ゲノム上の位置に関連付けられたアノテーション情報を読み込むことができます。Server"の中身についてこのメニューを選択すると、以下のような画面が出ます。Datasetの一番上にある"Annotations"の中に、いくつかの呼び出し可能なデータがあります。"Annotations"の左側の三角をクリックすると、下図のようにデータの各項目が出てきます。各項目の左側の三角をクリックすると、各データ内の各項目が出てきます(下図)。Genes"など、異なる由来のアノテーションが含まれます。遺伝子のアノテーション。EnsemblやUCSCなど、複数の異なる機関によるアノテーションが存在する。通常はどれか一つでOK。studiesの情報で、SNPsです。islandの位置及び領域ごとのGC%を表示します。percentage"がわりと重いです。Masker"はそのまま、RepeatMaskerで予測した繰り返し配列の位置を表示します。Server"でデータを取り込む際に、データ項目のtreeの上流の方でチェックを入れてしまうと(たとえば、"Annotations"そのものにチェックを入れる)、膨大なデータを取り込もうとするので、IGV自体が止まってしまいます。これはちょっとわかりにくい仕様のような気がします。IGVのdocumentsを見ると、ちゃんと以下のような注意書きがあるのですが。注意:一つのフォルダを選択すると、そのフォルダ内のすべてのサブフォルダ及びそれらのフォルダ内のすべてのデータセットを選択してしまいます。この場合、潜在的に膨大な量のデータになることがあります。すべてのフォルダを開いて、必要なデータセットだけを選択して、必要なデータのみを読み込むよう、気を付けて下さい。(4)月別アーカイブはてなブログをはじめよう!hashiyukiさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。