『ドクターマリオ』と同じく、ファミコン版と同時発売のゲームボーイ版。基本的にはファミコン版と同じだが、画面の高さがファミコン版より1段低くなっている(ファミコン版8段、ゲームボーイ版7段)そのため、ゲームの難易度がアップ。ヨッシーの登場の種類の条件もちょっと変化している。相手の画面が見えない通信対戦は白熱すること間違いなし!ここに注目!高さが違うものの、ゲーム内容は基本的に同じなのでどちらをプレイしても良い。ちなみに、ゲームボーイカラーでプレイすると、キレイな疑似カラーになるので、ゲームボーイカラーで遊ぶのがオススメ。