RNA-Seq以下のエントリーの続きです(じつに96日ぶり!)。novoに配列決定したRNA-Seqデータを系統解析に使用するには、いくつかのアプローチが考えられます。contigsにマッピングする。特定の1種で全ゲノム配列を決定し、それをreferenceにするこのエントリでは(2)のアプローチを取ります。別エントリ)、系統解析に使用する種がある程度近縁な場合は、効率よくデータを得られること、などがあります。あと、全ゲノム決定(3)が必要ないので比較的手軽にできる(コンピュータの計算能力が少なくて済む、経済的?であること)のも、現時点(2015年7月)では利点です。欠点としては、系統解析に使用する種があまり近縁でない場合、mappingがうまく行かない、または効率的にデータが取れない、ということがあります(このような場合、(1)を使う必要があります)。(SRR767782)のデータを入手して下さい。fileを作って(展開して?)下さい。endになっています。注意!:ここでの解析には、Linuxで動くコンピュータが必要です。assembleを行うので、メモリは(できれば)128GB以上欲しいところです(可能なら256GB)。潤Trinityの前処理と動かし方については、OIST井上さんのこのページをほとんど参考にしています。RNA-Seqデータを使用します。fileで6.96GBあります。fileに含まれるqualityの低い配列を除きます。そのためのソフトとして、まずSolexaQAをダウンロード・インストールして下さい。Shellで以下のコマンドを実行します。assembleに特化したassemblerで、比較的短いリード(100bpなど)を得意としているようです。頻繁に更新されるので、時々URLをチェックする必要があります。現在は、Web上でも実行できるようです(Linuxがない人は、こちらを使うのも一つの方法です)。Trinityのダウンロード・インストールはURL参照して下さい(普通は難しくないです)。以下のコマンドを実行します。RAM)で、大体24時間くらいでした。(trinity_out_dir)ができます。暫定版です)前回の続きです。Predictor...2015-05-18以下の記事も参考にしています。(4)月別アーカイブはてなブログをはじめよう!hashiyukiさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。