天導衆と袂を分かち、その代償としてそれまでのような彼ら(天人)からの庇護を失った幕府。弱体化した幕府の中には、将軍の座を狙う者たちが横行していたのです。このような状況下、それまで将軍に仕えてきた者たちの中にも、彼の側を離れていく者たちが後を絶ちませんでした。茂茂がふっと微笑んでお茶を飲もうとしたその時。彼の手にあった湯飲みに突然ささったクナイ。粉々に割れた湯飲みからはお茶がこぼれて床下へ流れ落ちました。ところがそれを舐めたネズミが体をひきつけながら死ぬ姿を見た茂茂とそよ姫は真っ青になります。間一髪、茂茂を毒殺の危機から救ったのは、さっちゃんでした。本編は、通常銀さんのストーカーとしてギャグモードでの出演が多かったさっちゃんの、元エリート御庭番衆としての一面がしっかりと描かれる一作ともなっています。「暗殺編」仕様の特別なOPここでOP。なっていることがわかります。タイトル「暗殺編」は、このような二段構えでタイトルロゴが流されるようです。ちなみに、この「暗殺編」第1話は、アニメ銀魂通算300作目でした。