永遠の万華鏡写輪眼はその名のとおり半永久的に視力を失わない万華鏡写輪眼の真の姿。通常はその強大な瞳力と引き換えに使用するほどに視力が低下しやがては失明するというリスクを伴うがこの状態の万華鏡写輪眼はそれらのリスクを受けることはない。炎遁・加具土命(カグツチ)炎遁・加具土命(カグツチ)はうちはサスケの右眼の万華鏡写輪眼に宿った瞳術。火遁の最高峰である天照(あまてらす)の黒炎を自在に操ることができる能力で、イタチですら操りきれなかった黒炎を形態変化させて剣などを作り出したり弾丸状にして発射することができる。須佐能乎(スサノオ)は万華鏡写輪眼を開眼し左右で異なる2つの能力を宿した際に開眼する万華鏡写輪眼のもう一つの能力。トビいわく須佐能乎(スサノオ)まで開眼する眼は稀であり、これは万華鏡写輪眼を開眼したとしてもシスイやトビのように左右で同じ能力を開眼する場合があるためだと考えられる。別天神はうちはシスイの万華鏡写輪眼の瞳術。対象者に幻術に掛けられたと気づかせることなく操ることができる術で効力は穢土転生による操作すら上書きしてしまうほど強力なものだが、イタチいわく一度使用すると千手柱間のチャクラでもない限り十数年は使用できないという欠点がある。神威ははたけカカシが第二部から使用するようになった万華鏡写輪眼の瞳術で、視界の中の指定した範囲内に存在する物体を空間ごと別空間に強制転移させることができる。対象を正確に捉えておく必要があるため対象が高速移動している場合は失敗したり転移させる部分がズレることもある。