そこは人と神が袂を分かつ、運命の時代。六つの探索(オーダー)を駆け抜けてきた二人――藤丸とマシュが挑む最後の戦いが始まる。男性アイドル育成に特化した私立夢ノ咲学院。トップアイドルを目指し、日々レッスンに励んでいる。通称『ドリフェス』は、学院の秩序という名の権力に支配されていた。緑の自然あふれる「わたしのなつやすみ山」へやってきたネプテューヌ一行は、そこでバカンスを楽しむことに。ひさびさに4国の女神がそろっての、いつもの賑やかなやりとり。そんな中、ネプギアはユニら妹たちと山へ散策に繰り出す。道中、長く連なる大鳥居をくぐった妹たちは、なんと別次元に迷い込んでしまった...。そこでネプギアが出会ったのは、大人の姿をした姉・ネプテューヌにそっくりな女性だった。新しいメダロット、デスメダロットーーー。子供たちと共に戦う友達だった「メダロット」に対し、ただロボトルに勝利することのみを目的として作られた攻撃的で冷徹な「デスメダロット」が、子供達の間で流行し始めた。これまで通りの楽しいロボトルを続けていたイッキとメタビーに、デスメダロットたちが襲いかかる。メダロット人間とロボットが共存する近未来。子供達の間では、「ロボトル」というメダロットを戦わせる競技が流行していた。イッキは、ふとしたきっかけでメダロットの頭脳となるレアメダルを拾い、“メタビー”というメダロットにめぐり合うことに。ロボットバトルに立ち向かっていく友情と成長の物語。消滅から唯一生還したと言われる少女ユキ。消滅都市へと向かうことになる。そんなふたりの前に思わぬ障害が立ちはだかる。残された人の想い、暗躍する謎の組織、そして隠された陰謀。旅の中で絆を深めつつ、消滅都市の謎へと迫ってゆく。場を失くした少女たちに与えられたのは、銃と実弾。危険な活動を繰り返す。入国予定だった要人が突如として姿を消した。姉妹校『京船桜が丘』のSORDメンバーである、双子姉妹との協力、および確執。疾走する謎の女ライダー「ソウルスピード」・マキの噂――。...しかしそれは、レナたちの出逢いにまで遡る過去への旅でもあった。