暫定版です)前回の続きです。assembly)方法について書きます。ここではDGB2OLCのManualに示されているサンプルデータを用いて解析を行います。以下は解析の手順(ほぼマニュアルの翻訳)になります。assemble)では、blasrとSparcは不要です。assembleのcontig(backbone_raw.fasta)を得ることはできます。3(consensus配列の作成)にはblasrが必要になります。下準備まず、解析を行う適当なディレクトリを用意して、そのディレクトリに移動します。PacBio)はそのディレクトリに置きます。次に、実際に解析を行うディレクトリを1つ作成します。解析の結果、たくさんのファイルが出力されるので、適当なディレクトリを作っておかないと混乱します。readsをassembleしてcontigを作成します。Assembleはどのようなソフトで行っても良いようですが(ようするに、contigのfastaファイルがあれば良い)、DBG2OLCが用意しているサンプルデータでは、SparseAssemblerを使用しています。以下のコマンドを実行します。詳しくはManualを参照。../Illumina_500bp_2x300_R1.fastq解析がうまくいけば、いくつかのファイルができます。Contigのファイルは"Contigs.txt"になります。assemblyを行います。DBG2OLCを使用します。いくつかの変数(パラメーター)を設定する必要があります。以下のようなコマンドで実行します。fileが存在する場合、catなどを使って1つのファイルに合体して使えば問題ないようです。PacBio.fasta以下、変数の説明です。3つのメジャーな変数(あんまりわかってません。matchingのしきい値。readのanchorとしては使えない。matchingのしきい値。readのanchorとしては使われない。Manualの[Miscellaneous]のところには、これらのパラメーター設定について、以下のような記述があります。0.01-0.02.(和訳)この点について、これらの(3つの)パラメーターを最適化することで、より良いパフォーマンスが得られる可能性がある。