メモずいぶん久しぶりの更新(100日振り!)。LTS)にblasrをインストールした。苦戦したので、方法の簡単なメモを残しておく。blasrについては、以前も別のコンピュータにインストールしことがあるが、その時といろいろ違っていたので、改めて記録しておく(またすぐに方法が変わる可能性もあるけれど・・・)。今回は、前回とは異なり、cmakeを使う方法でインストールした。普通にmakeを使う方法は、自分の環境ではうまく行かなかった。2.7で動くので、LinuxのPythonが3系になっている場合は、2.7にしておく。NGSデータ解析まとめcmakeをインストールする。以下のサイト参照にした。installで問題なくインストールできた。次に、Ninjaをインストールする。以下のコマンドによる。ninja-build次に、BOOSTをインストール。普通にインストールできる。htslibをインストールする。Githubから最新版をダウンロードしてコンパイルする。HDF5(libhdf5)のインストールblasrをコンパイルするために、HDF5が必要なのでインストールする。16.04の場合は、このサイトを参照に、libhdf5をインストールでいいと思う(たぶん)。blasrのインストールインストール方法は、以下のサイトを参考にした。GitHubまず最初に、適当なpath(ここでは/home/hashi-linux2/)に"blasr_install"ディレクトリを作成し、gitでblasrをダウンロードする。ダウンロードした"blasr"ディレクトリに入る。blasr次に、gitでディレクトリ内容のアップデートを行う。buildうまくコンパイルが終了したら、ディレクトリ内に"blasr"のバイナリができる。ここでエラーが出る場合、メッセージにしたがって必要なライブラリをインストールしたりする必要がある。今回、特に引っかかったのは、このサイトにあるタイプのエラーで、このエラーが出た場合、"build"内にできたすべてのファイル、フォルダを削除して再度compileを行うとうまくいった。ここまでできたら、今度は環境変数LD_LIBRARY_PATHを設定する。以下をターミナルに入力する。設定ファイル.profileにも書いておく(LD_LIBRARY_PATHは、それぞれの環境によって異なるので、適宜書き換えて下さい)。メモ:最後の/usr/local/lib/は"libhts.so.2"の位置(環境によって場所は異なる)動作確認のため、以下のコマンドを入力する。--versionこれでusageのメッセージが出れば、compileがうまくいっているので、以下のコマンドでインストールする。(4)月別アーカイブはてなブログをはじめよう!hashiyukiさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。