Tools系統地理などでよく使うハプロタイプネットワークの作成で、PopARTというソフトが使いやすい。http://popart.otago.ac.nz/documentation.shtml名前の通り、原色のpopなHPである。メモずいぶん久しぶりの更新(100日振り!)。LTS)にblasrをインストールした。苦戦したので、方法の簡単なメモを残しておく。2.7を切り替えることがあるので、その方法についてのメモ。pyenvを使用する。以下のサイトを参考にした。pyenvのインストールから、python3.6.0のインストールまではこちら。N50-N100の値など)を確認したいときに便利なツールとして、assembly-statsを紹介します。assembly)方法について書きます。具体的には、DBG2OLCを使った方法について書いていきます。Viewer)のインストールについての覚え書きです。最初に、以下のIGVのPageを開きます。Viewer"Download"のところをクリックします。ToolsFASTA形式の塩基配列(アミノ酸配列)ファイルをNEXUS形式やPHYLIP形式に変換したい、ということはよくあります。Tools2015-04-13これから先の解析で、テキストファイルを扱うことが頻繁にあります。簡単なプログラム(スクリプト)を作成することもよくあります。したがって、使いやすいテキストエディタがあると便利です。formatのファイルを読んで、必要な情報(SNPサイト、SNPの位置・allele頻度、既知のSNPsとの関連など)の抽出を進めていきます。ここからの解析は、おもに統計パッケージのRを使用します。XのTerminalを使って解析を行う。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。