samtools2015-08-06ヒトゲノム参照配列に対して、NGSのリード(ERR251633)をbwaを使ってマッピングします。この辺りの解析は、以前のエントリと大体同じです。dataに前処理をします。fileに対して、qualityの低いリードを除き、長さの短い(<50bp)リードも除去します。具体的な方法は、井上さんによる以下のサイトを参考にしています。fileの作成まずリファレンス配列のindexを作成します。ここでは時間の都合上、ヒトゲノム参照配列の6番染色体を使用します。データの入手はこちらを参照。以下のコマンドを実行します。endの右側・左側のデータをそれぞれ別のfileに分けます。以下のようにコマンドを実行します。以下のようにコマンドを実行します。ここでは50bpより短いreadsを除きます。