外来種から見たシラコバト外来種対策を進めるうえで障害になるものとして、外来種が地域の文化にすっかり浸透してしまっていたり、保護対象になっていたりすることがある。身近に生き物を増やしたいという善意による魚の放流やホタルの放虫は各地で当たり前のように行われており、マスメディアもしばしば美談として報道することもあるが、こうした生物の放逐は外来種問題となりうる危険性をはらんでいる。そのため、無秩序な放流を防ぐ目的で専門の研究者や学会が中心となってガイドラインが作成されている。野生化で絶滅した生物について他地域から近縁な個体群を導入して復活させる再導入(re-introduction)においても、遺伝的多様性や在来の生態系に対しての配慮が求められている(オオカミの再導入やトキなどを参照)。特異な事例として、分類学上の扱いの変化によって希少種が外来種になってしまうことがある。タンカイザリガニは滋賀県の淡海湖にのみ生息する希少なザリガニとして地域の人々に保護されてきたが、その後の研究で北アメリカ原産のウチダザリガニと同じ種(もしくは亜種)であることが判明した。北海道の固有のヒキガエルとして考えられていたエゾヒキガエルも本州から持ち込まれたニホンヒキガエルであることがわかっている。これらの外来種が生息する地元では、その生物種が外来種であると明らかになった現在でも保護活動を続けている。した矛盾した事例はほかにも存在し、例えばケラマジカやカササギは天然記念物に指定されている外来種である。自治体の鳥として外来種を指定している地域もある(例:サウスダコタ州のコウライキジ、埼玉県のシラコバト、佐賀県のカササギ)。極端な例では、2010年に山梨県西湖で再発見され大きなニュースとなったクニマスは、秋田県の田沢湖から持ち込まれた個体群に由来するため、事実上、絶滅種から一転して国内外来種となったことになる。フレッシュアイペディアより)外来種から見たアカコッコ1930年頃、阪神地方の養殖場から逃亡した個体が元になって西日本で分布を広げたチョウセンイタチは、在来のニホンイタチより体が大きく食性も広いことから人間の生活環境への適応力に優れており、在来のニホンイタチを駆逐していった。ニホンイタチについても、ネズミ駆除の目的で移入された三宅島などの離島においてアカコッコなどの固有種に対する被害が生じている。フレッシュアイペディアより)外来種から見たジャガイモ飢饉19世紀のアイルランドでは、主要食物であったジャガイモにアメリカから流入したエキビョウキンが流行し、ジャガイモ飢饉が発生した。地主や貴族による輸出停止措置などが取られなかった事も影響し、100万人もの餓死者を出すこととなった。フレッシュアイペディアより)外来種から見たウミイグアナただし、ガラパゴス諸島で、地球温暖化の影響で近海の藻類が減少したためにウミイグアナが陸上に進出し、リクイグアナと交雑して問題視されている様に、人間の活動による環境の変化によって生物の自発的な移動が起きて問題が生じた例もある。日本の里山に植栽されているモウソウチク(中国原産)からなる竹林は戦後の里山管理の衰退により、放置されていたり逸出していたりして、生育域は拡大する傾向にある。これは天敵が存在しない為であり、生態系に影響を与えつつある。この問題が基本的に過疎の弊害として語られる機会が多いのは身近な竹が外来種であるという認識が薄いためといえる(竹害の項も参照)。フレッシュアイペディアより)外来種から見た遺伝子組み換え1999年:生物の多様性に関する条約(カルタヘナ議定書)にて、生物多様性の保全を図る中で、遺伝子組み換え植物の移入規制の検討が盛り込まれる。