銃器による対人型VRゲーム《ガンゲイル・オンライン》で、新たな大会が開催されようとしていた。《スクワッド・ジャム》――最大6名のプレイヤーで構成されたチームが生き残りをかけて、ひとつのフィールドで戦うチーム対抗バトルロイヤル戦だ。全身をピンクの装備で統一した女性プレイヤーのレンは、巨漢のスナイパー・エムとともにその大会に挑んでいた。森林エリアにひとり潜むレンのもとに、敵チームが迫る。東京の大学に進学した小比類巻香蓮は、長身であることへのコンプレックスにより、思い描いていたような学生生活を送れずにいた。ある日、彼女は「別の自分になれること」に興味を抱き、地元の親友・篠原美優の手ほどきのもとVRゲームとそのハード《アミュスフィア》を手に取る。お気に入りのアバターができるまで、いくつものVRゲームを試した彼女はやがて《ガンゲイル・オンライン》にめぐり合う。デザートピンクの装備を身に着けた彼女は、名うてのプレイヤーキラーとして恐れられるようになる。ところが、褐色肌の女性プレイヤーに、銃を突きつけられて......。チーム対抗のバトルロイヤル戦《スクワッド・ジャム》が、《ガンゲイル・オンライン》の日本サーバーで開催されることになった。その大会への出場をピトフーイに打診されたレンの心は揺れる。大会には出たいと思うけれど、その日はあこがれのアーティスト・神崎エルザのライブの日だった。結局、チケットを入手できなかった彼女は、大会へ思いをぶつけることに。ピトフーイが紹介した巨漢のエムとともに彼女は戦場へ向かう。チーム対抗のバトルロイヤル戦《スクワッド・ジャム》が開始してまもなく1時間が過ぎようとしていた。レンとエムのふたりはまだ戦場で健在だった。順調な戦況に気を緩めたレンたちのもとに、敵チームが急襲する。銃弾が降り注ぐ中、エムはバックパックから特殊なアイテムを取り出すと、レンに作戦を伝える。その作戦とは、レンが全速力で逃げ回り、敵の目を引き付けるというもの。その間にエムが敵を狙撃するという。その作戦は上手くいくのだろうか......。《スクワッド・ジャム》が開始して1時間15分が過ぎた。残るチームは、レンたちともうひとつのチームだけ。急に取り乱したエムを残し、レンはたったひとりで決戦に向かう。相手チーム《SHINC》のメンバーは6人。激しい銃撃の中、レンは持ち前の俊敏性を活かして、戦場を駆け回る。逃げ回っていては勝つことができない。気づいたときに、手元あった愛銃P90、通称ピーちゃんが語り掛けてきた。ピーちゃんの想い(!?)を受け、レンは相手チームに正面から挑む。レンの優勝で幕を閉じた《スクワッド・ジャム》から二週間後、レンのプレイヤー・小比類巻香蓮の部屋に、6人の女子高校生が集まった。彼女たちは《スクワッド・ジャム》でレンが最後に戦った相手チーム《SHINC》のプレイヤーたち。彼女たちは香蓮を慕い、大会の録画映像を観ながら勉強会をしたいと申し出たのだ。彼女たちは第2回の大会に向けて、早くも準備を始めていた。北海道の実家に帰り、友人の篠原美優と親交を温めた香蓮のもとに一通のメールが届く。それは第2回《スクワッド・ジャム》開催のお知らせだった。乗り気でないまま東京に戻ってきた香蓮が自宅のマンションに入ろうとしたとき、ひとりの男が現れる。《セカンド・スクワッド・ジャム》が開催される。今回は小比類巻香蓮の友人、篠原美優も参戦。彼女は別のVRMMORPGからキャラクターをコンバートし、フカ次郎というアバターで《ガンゲイル・オンライン》を始める。レンは、フカ次郎を連れて、武器を購入しに行くが......。レンの《セカンド・スクワッド・ジャム》参加が公表されると、第1回《スクワッド・ジャム》のライバルたちが打倒レンに向けて動き始める。《セカンド・スクワッド・ジャム》が始まった。レンとフカ次郎の初期配置はマップの最北西のエリア。10分が経ち、各チームのリーダーの位置がマップに表示されるサテライトスキャンが行われる。レンは、ピトフーイとエムのいる場所を探すが......彼女たちは、はるか遠くの地点にいた。ピトたちのチーム《PM4》を目指して進軍を開始するレンとフカ次郎。町エリアに陣を敷くチームを発見する。先行するフカ次郎が攻撃を仕掛けようとするも、罠にハマり行動不能に陥ってしまう。ピンチにレンは......。ピトフーイたちのチーム《PM4》を倒すべく、複数のチームが結託して攻撃を開始する。ピトたちの運命は――。そのころ、レンとフカ次郎は《PM4》の現在位置を目指して、最短距離で進軍していた。目の前にそびえ立つ巨大なドームの中を突っ切ると早いのだが、そこには3つの敵チームが確認された。「今回は《ラッキー・ガール》返上かな、こりゃ......」すると、ドームからいくつもの銃声が聞こえてくる。敵チーム同士が戦闘しているらしい。敵同士で潰しあってくれれば......そう考えていたレンはその銃声に奇妙な感覚を覚える。サバンナで戦うレンとフカ次郎のふたりは《MMTM》の襲撃を受けた。そのとき、前回《スクワッド・ジャム》のライバルチーム《SHINC》が、レンたちの前に現れる。《SHINC》のボスは、レンにガチのタイマン勝負を申し込むが......。唯一ピトフーイを止められるのはレンのみ。7チームを返り討ちにして勢いが止まらないピトフーイとエムのチーム《PM4》に《SHINC》と《LF》が挑む。エムの狙撃をかいくぐり、最強の盾を突破することはできるのか......。ピトフーイが復活した。強豪チーム《MMTM》は彼女ひとりに全滅させられてしまう。ボスが率いる《SHINC》とレンのパートナーのフカ次郎は、ピトフーイとエムが潜むログハウスへ突撃を仕掛ける。撃たれていく仲間たちを見て、レンはついに爆発する。《セカンド・スクワッド・ジャム》のクライマックスが始まる。倒されたライバルチームのメンバーや観客が見守る中、レンとピトフーイ、エムの対決が始まった。《セカンド・スクワッド・ジャム》もいよいよ大詰め。レンとピトフーイの一騎打ちが始まった。ゲームに本気で命をかけている、と言うピトフーイ。そんな彼女にレンは挑発する言葉をかけ、その感情を揺さぶろうとする。激しい戦いの中、レンは絶体絶命に追い詰められるのだった。菊岡から呼び出された和人は、日本で唯一プロゲーマーが存在する人気のVRゲーム《ガンゲイル・オンライン(GGO)》にまつわる、奇妙な事件について聞かされる。《GGO》の有力プレイヤー2名が、《死銃(デス・ガン)》を名乗るプレイヤーにゲーム内で銃撃された後、いずれも謎の死をとげたというのだが......。死銃から逃れたキリトとシノンは、砂漠地帯の洞窟に身を潜めていた。そこでキリトは、死銃がプレイヤーを殺害した方法を考察。死銃がキリトに反撃した際、黒星ではなくライフルに持ち替えたことから、現実世界のプレイヤーを殺害するにはなんらかの条件があると推理。推理を進めたキリトは、ある恐るべき可能性に思い当たる。大型狙撃銃《へカートII》を武器とし、《GGO》随一のスナイパーとして活躍する少女シノン。所属するスコードロンの仲間と共に、他のスコードロンを襲撃した彼女は、第1目標の狙撃に見事成功。第2目標として狙ったマント姿の巨漢に、銃弾をかわされてしまう。巨漢はマントの下に隠し持っていた重機関銃を取り出すと、圧倒的な火力で反撃し、シノンらは一転窮地に。仲間たちが弱気になる中、強敵との出会いを求めていたシノンは......。シノンのプレイヤーは、女子高生の朝田詩乃だった。彼女は下校途中で不良少女たちに路地裏に連れ込まれる。詩乃は不良少女のリーダーである遠藤から金をよこせと迫られるが、毅然と拒否。すると遠藤は手を銃の形にして詩乃に突きつける。それを見た詩乃は突然蒼白になって震え出してしまう。詩乃は幼い頃のある事件が理由で、銃に対してトラウマを抱いていたのだ。菊岡の調査依頼を受け、《GGO》にログインするキリト。彼は《死銃(デス・ガン)》に自分を狙わせる方法として、《GGO》最強のガンナーを決める大会《バレット・オブ・バレッツ(BoB)》にエントリーしようとする。ゲーム世界で勝手がわからず、道に迷ってしまったキリトは、近くにいたシノンに声をかける。シノンは、親切心から案内役を引き受け、《GGO》の世界をレクチャー。武器の選び方や、《GGO》独自のシステムである弾道予測線のことなどを教える。《BoB》にエントリーするため、端末に必要事項を入力しようとしたキリトは、入力フォームに現実世界の名前や住所を入力する欄があることに驚く。入力しないと上位入賞した際の賞品を受け取れないという記述を見てしばらく悩むが、結局、現実世界の項目には記入せずエントリーを終える。キリトが出場するのは予選トーナメントFブロック。シノンも同じFブロックで、勝ち抜けば決勝で当たる可能性がある。二人は決勝で当たったら全力で戦おうと誓い合うのだった。予選第一回戦で勝利したキリトの戦いぶりを見て、「本物か?」と問いかけてきたボロマント姿の男。《SAO》に存在した殺人ギルド、《ラフィン・コフィン》のタトゥーをしたその男は、キリトに「いつか殺す」と言い残し、姿を消した。ボロマントの男との接触で、《SAO》での死闘を思い出したキリトは、そのトラウマに苦しめられる。そんな中、互いに予選を勝ち進んだキリトとシノンが、Fブロック決勝で対戦するが......。ボロマントの男は《SAO》からの生還者で、殺し合いを繰り広げた相手かもしれない......。そんな思いにとらわれ苦悩を端々ににじませるキリトを、妹の直葉は心配する。キリトへのいら立ちが収まらない詩乃は、恭二を相手にキリトの悪口をまくし立て、大会本戦で倒すことを誓う。シノンのクールな戦いぶりに憧れめいた感情を抱く恭二は、いつになく熱くなっている詩乃を彼女らしくないと感じるのだった。《BoB》本戦に《死銃》とボロマントの男が出場していると考えるキリトは、本戦開始までの時間を利用してシノンに情報交換を持ちかけ、参加者を探ろうとする。予選第一回戦の後、様子がおかしくなったキリトを見て何か訳アリだと察していたシノンは、事情を話すようキリトに迫り、彼が《SAO》からの生還者であることを知る。そのような中、いよいよ大会本戦の火蓋が切って落とされ、直径10kmの広大なフィールドを舞台にした、30名のプレイヤーによるバトルロイヤルが始まる。ボロマントの男がペイルライダーを銃撃すると、まだHPが残っているにも関わらず、ベイルライダーは消滅してしまった。ボロマントの男は自らが死銃であると明かし、真の死をもたらすと宣言。ストリーム中継で《BoB》を観戦していたアスナ達は、死銃が《ラフィン・コフィン》の元幹部であることに気付き、衝撃を受ける。キリトとシノンは、これ以上の被害が出る前に倒すべく、協力して死銃を追うのだが......。背後から死銃の奇襲を受け、追い詰められたシノン。”は、奇しくもシノンが射殺した強盗犯が使っていた銃と同じだった。事件の記憶がフラッシュバックし茫然自失となるシノンを、キリトを本気にさせる為に死銃が殺そうとする。シノンを連れて逃走を図るキリトだが、死銃の追撃を受け窮地に陥る。死銃の共犯者が複数人いて、闇風もターゲットにされている可能性を否定できないことから、キリトは死銃よりも先に闇風を倒した後、さらに死銃も倒そうと決意。自分がオトリとなって飛び出し、シノンが狙撃を担当する作戦に出る。キリトの信頼に応えたシノンの射撃で作戦は狙い通り進み、キリトはついに死銃と対峙するが......。《GGO》には存在しない《SAO》のスキル《スター・スプラッシュ》を模した死銃の剣技を受け、キリトは追い詰められる。銃撃のみならず、剣撃の腕前も高いレベルにあった死銃にキリトは追い詰められ、次第に体力を奪われてしまう。死銃との狙撃戦でスコープを破壊され狙撃が出来なくなってしまったシノンは、キリトと死銃の戦いを見守るしかなかった。シノンは歯がみしながらも、今自分に出来ることがないか必死に考える。誌乃を殺してから自分も死のうと、恭二が襲いかかる。間一髪で和人が駆けつけて、恭二に飛びかかった。もみ合いとなる中、恭二が持っていた毒薬入りの注射器が和人に押しつけられるが、奇跡的な偶然により薬液は注入されず、和人は難を免れる。後日、和人と誌乃は菊岡に会いに行き、今回の事件に関する事実関係を聞くことに。菊岡は《死銃》の一人として逮捕された男から、キリト宛の伝言を預かっていた......。《ALO》で聖剣エクスキャリバーが発見されたというニュースが流れた。それは数か月前、キリトとリーファが地下世界・ヨツンヘイムでトンキーという邪神を助けたときに見つけたものだった。このニュースを知った2人は、他のプレイヤー達に先を越されないうちに、エクスキャリバーを手に入れようと決意。アスナやクライン、シノンたちを呼び集め、7人パーティーでヨツンヘイムのダンジョンに向かう。キリトたちはダンジョン最下層で待ち構えるボス・スリュムと対決。スリュムのHPをなかなか削りきれず、逆に冷気による攻撃を受けピンチに。そのとき、仲間に加えたフレイヤが声を上げ、スリュムを倒すには奪われた一族の秘宝・黄金の金槌が必要だと、キリトたちに告げる。キリトは雷系のソードスキルを使い、隠された金槌を発見。フレイヤに投げ渡すが......。《ALO》のアップデートに伴い、《新生アインクラッド》の第21~30層が解放されることになった。アインクラッド22層にあったログハウスで、キリトとユイの3人で暮らしていたアスナは、再び3人一緒に暮らす夢がかなうのではと期待に胸を膨らませる。迎えた、アップデート日のクリスマス・イブ。アスナはキリトやいつもの仲間達と共に第21層のボスを倒し、第22層に到達。以前、ログハウスのあった場所に向かう。