時価二千億とも言われる徳川家の財宝。それは今でも東京のどこかに眠っており、その在処は徳川慶喜を写した2枚のガラス乾板、通称「巽の慶喜」と「乾の慶喜」に記されているという。そのガラス乾板は今、人工島にテーマパーク「アクアポリス」を建設した若き実業家であるマイケル・スズキが所有していた。月曜日、さっそくルパンは、スズキの依頼で銭形が運搬担当している「巽の慶喜」を狙うが、銭形の機転で計画は失敗。火曜日、仲間に協力を求めようとするルパンであったが、不二子と五ェ門の行方はつかめず、次元に至っては虫歯のために銃を撃つのもままならない。結局次元からも協力を断られたルパンは、仕方なく単独で行動を開始した。銭形のもとには雑誌記者の一色まりやが取材に押しかけてくる。取材攻勢にあいながらもガラス乾板を届けた銭形は、アクアポリスの警備を任命されてはりきっていた。銭形の警備のもと、残る「乾の慶喜」をトレーラーで輸送することを知ったルパンは、輸送中にガラス乾板を盗む作戦を実行する。落とされたルパンであったが途中で次元を巻き込み、いざトラックに乗り込む。そこで待っていたのは、スズキの部下であるゴンドウだった。ゴンドウにルパンが苦戦している目の前で、ヘリコプターで現れた不二子と五ェ門に「乾の慶喜」を奪われてしまう。銭形もルパンの追跡を図るが道路交通法違反の現行犯で逮捕されてしまう。水曜日、死者こそ出さずに済んだものの、トレーラーが引き起こした首都高速道路での負傷者77名、被害車両48台にも及ぶ大惨事の責任を取らされた銭形は、その責任としてアクアポリスの警備を外され、休職命令を出される。「自分以外にルパンは逮捕できない」と銭形は食って掛かるが、道路交通法違反の現行犯を特別に取り下げてもらった事実を警視総監に釘刺された事で、仕方なく引きさがる。その夜、まりやを連れ新橋のガード下の屋台で自棄酒をする銭形は昨日、トレーラーが勝手に動き出し、ルパンを攻撃してきた時のことを話し、そのトレーラーの運転手はマイケル・スズキが用意したもので何か裏があるのではと勘付く。ルパンと次元は、不二子と五ェ門に接触。次元が「なぜ、不二子なんかについているんだ」と五ェ門を問いただすと、斬鉄剣を盗まれてしまい、今度完成するアクアポリス内に保管されているため、仕方なく不二子に協力していると真相を話す。不二子と話し合ったルパンは不二子と手を組み、4人全員でアクアポリス内にあるガラス乾板を盗み出すことにする。木曜日、銭形は命令違反を承知で独自にルパンの捜査を開始する。その夜、アクアポリスにパーティーの来客として潜入したルパンは、不二子がスズキの注意を惹き付けている内にプライベート・オフィスに潜入。巽の慶喜を盗もうとするが、とっくに正体がばれていた不二子がスズキ自らに捕まったことで、またもや計画は失敗。同じ頃、別行動で斬鉄剣を探していた次元と五ェ門は地下の倉庫で斬鉄剣を発見するも、スズキの手下に見つかって退却する羽目になった。何とか隙を見て逃亡し、1人アクアポリス内に取り残されたルパンは、巨大なラボラトリーを発見する。ルパンを追ってきた銭形・まりやに遭遇したルパンは、3人で行動を開始。このラボラトリーは世界中の有名人や犯罪者たちの遺伝子を採取して、遺伝子の研究や人体改造を行う秘密施設であり、まりやの父親がその施設に関係していた可能性が出始める。まりや自身も幼いころにこの施設で手術を受けて予想外の能力を身に付けることになったのである。3人で施設からの脱出を試みるが、スズキに追い込まれた末、ルパンと銭形は駆けつけてきた警察に捕まってしまうのだった。金曜日、先にまりやは釈放され、ルパンと銭形は警視庁の牢屋の中にいた。ルパンからまりやがマイケル・スズキに狙われていることを聞かされた銭形は、ルパンに頼んで牢屋からの脱走の手助けをしてもらい、急いでまりやの住むマンションへ向かうが、すでにゴンドウによってまりやは連れ去られた後だった。ルパンのアジトである新宿のボロアパートも、ゴンドウ率いる部隊の襲撃を受けた後で、不二子の所有していた「乾の慶喜」は、奪い返されてしまう。土曜日、アパートへ帰宅する銭形であったが彼のアパートもゴンドウ一味により燃やされ崩壊していたが、その中で先祖の十手を見つけ、まりやを助け出すことを決意。アクアポリスがついにオープンとなり、スズキによってある計画が実行に移されようとしていた。自らの野望を着々と進めていくスズキと、ガラス乾板を狙うルパン、そしてまりやを救い出そうと孤軍奮闘する銭形の、アクアポリスを舞台とした最後の対決の幕が上がる。