気ままにすごすネルフのメンバーたち。勉強をするように言われるシンジとアスカだが、アスカは水泳。アスカは漢字が読めないために成績が悪いが、大卒だったのだ。そのころ、浅間山の内部に謎の影が見つかる。マグマの中に観測機を潜らせると、使徒であることがわかる。使徒に対して、今度はこちらから打って出ることに。作戦は、さなぎの状態の使徒を捕獲すること。耐熱耐圧式の不恰好なプラグスーツを着て、不恰好な弐号機に乗ることになったアスカは、任務を嫌がるが、ライバル意識の強さのみで作戦に向かう。作戦が失敗した場合は、エヴァパイロット、ネルフスタッフもろとも消去するよう、ゲンドウが指示していることをリツコから知らされるシンジ。溶岩の中に潜るアスカ。限界深度を超えても、無理な作戦を要求するミサト。1780m下まで潜ったところで、使徒を発見する。弐号機は電磁柵を展開し、使徒の捕獲に成功する。そのとき、使徒が羽化を始め電磁柵を破る。視界の悪い溶岩の中を、素早く動く使徒。アスカはナイフで攻撃するが、効き目がない。そこで、冷却液を使徒に注ぎ、膨張させることに。作戦は成功したものの、命綱を失い、沈んでいく弐号機とアスカ。間一髪の所を、シンジが助けた。瞬間、心、重ねて学校でアイドル扱いされるようになるアスカ。加持も日本に残ることに。そこへ使徒が現れ、アスカとシンジは協力して、使徒を倒すことに。使徒は二体に分裂、作戦は失敗。責任をなすりつけ合うシンジとアスカ。ネルフ副司令の冬月までも責任を二人になすりつける。シンジとアスカは、ミサトの家で奇妙な共同生活をしながら訓練をすることに。特訓のおかげで、使徒への同時攻撃は成功する。使徒を倒すことには成功したものの、シンジとアスカの口喧嘩はおさまらない。二人の通話は、司令室に響き渡ってしまうのだった。輸送ヘリで太平洋上に向かうシンジとミサト、トウジとケンスケ。ネルフドイツ支部から、エヴァ弐号機と、そのパイロットであるセカンドチルドレン、惣流・アスカ・ラングレーがやって来たのだ。ミサトの元恋人の加持リョウジも付き添いで来ていた。そこへ、新たな使徒があらわれた。ライバル意識を燃やすアスカは、シンジに実力をアピールするために、勝手に二人で弐号機に乗り、出撃する。水中での戦いの中で、反発し合いながらも二人は協力しあう。ミサトの機転も功を奏し、使徒を葬り去ることに成功する。無事に日本についた加持は、ゲンドウと対面し、最初の人間アダムを渡す。翌日、アスカがシンジたちの学校のクラスに転向してきた。人の造りしもの一見、平穏に見える日常。ネルフ本部では、ゲンドウが留守だった。リツコは、セカンドインパクトの真相が最初の使徒の爆発であることをシンジに語る。翌日、旧東京に向かうリツコとミサト。日本重化学工業の開発した人型ロボット、ジェットアローンの視察だった。エヴァに代わる新兵器だというが、起動テスト中に暴走する。人口密集地に着くまでに、ミサトが乗り込み、停止させることに。シンジと協力して、ジェットアローンを停止させようとするが、どうすることもできない。そのまま爆発寸前になるが、奇跡的に停止する。すべては何者かによって演出されたものであることに気づくミサト。登校中、ミサトに対する愚痴を語るシンジだが、トウジとケンスケは、シンジとミサトは家族だという。決戦、第3新東京市シンジは無事ではあったが、心身に大きなダメージを受けていた。葛城ミサトは、日本中の電力を集中させ使徒を攻撃するという「ヤシマ作戦」を計画する。その準備中、シンジとレイが言葉をかわす。「どうして綾波はエヴァに乗るの?」「私には他に何も無いもの・・・・」レイは「シンジは自分が守る」「さよなら」とだけ言い残して語り任務に就く。陽電子砲で使徒ラミエルを倒したものの、レイは自分を盾にしてシンジを守ったのだった。融解した零号機のハッチをこじあけ、レイの無事を確かめるシンジ。「笑えばいいと思うよ」レイの表情は微笑みに変わった。レイ、心の向こうに父ゲンドウが自分よりも綾波レイを気にかけていることを不審に思うシンジ。シンジがネルフに呼ばれる前、レイのエヴァ零号機が暴走する事故が起きたという。その時、ゲンドウは加熱したハッチを素手で開け、操縦者のレイを助け出し、手にやけどを負ったという。後日、レイの部屋を訪れたシンジは、壊れたゲンドウの眼鏡を発見する。その時、シャワーを浴びていた裸のレイが不意に現れ、シンジから眼鏡を取り上げる。慌てたシンジはバランスを崩し、折り重なるように倒れ、レイの胸に触れてしまう。彼女は表情を変えない。気まずさに話題を変えたシンジが、父ゲンドウを信頼できないというと、レイはシンジを平手打ちする。新たな使徒が襲来し、シンジは初号機で発進するが、使徒の光線にやられてしまう。危険を冒してエヴァを操縦しても、周囲には理解されないシンジ。自分を取り巻く環境と、現実の過酷さに嫌気がさしたシンジは、ついに家出する。行くあてもなく、たださまようしかないシンジ。そんな中、クラスメイトのケンスケとの偶然の再会は、シンジに違う価値観を与えかけた。ネルフの諜報部に見つかったシンジは、冷たい現実に戻されてしまう。新しい中学校に転入したシンジは、EVAのパイロットであるという事がバレてしまう。それによって、クラスメイト鈴原トウジに殴られる。トウジの妹は、エヴァと使徒との戦いに巻き込まれて、重傷を負っていたのだった。そんな時、新たな使徒が来襲。見物しようと地上に出たトウジと友人の相田ケンスケ。それが危険を招いてしまう。シンジはエヴァで二人を守り、必死になって使徒を倒した。トウジとケンスケは、シンジの絶望的な姿を目の当たりにし、言葉を失ってしまう。機能を停止していたエヴァは突然暴走。一気に使徒に襲いかかる。追い詰められた使徒はエヴァもろとも自爆しようとする。シンジは、その攻撃にも耐え、生還するのだった。シンジは葛城ミサトとの共同生活を始めることに。ミサトは、ネルフの作戦部長を務める女性だった。ミサトは明るく接するが、シンジは知らない場所での生活にただ戸惑うのだった。2000年に南極で発生した「セカンドインパクト」と呼ばれる世界規模の大災害から15年後の世界。世界は復興しはじめているように見えた。ある日、日本の箱根に建設された新都市に、一つの巨大な物体が迫っていた。国連軍の攻撃は、「使徒」と呼ばれるその物体に歯が立たなかった。その時、この都市に一人の少年が呼び寄せられていた。少年の名は「碇シンジ」。彼の父親「碇ゲンドウ」は、国連直属の特務機関ネルフの司令官だった。特務機関ネルフは、この都市「第3新東京市」の地下につくられた巨大な地下基地にあった。葛城ミサトにより、特務機関ネルフの本部に着いたシンジ。ァンゲリオン」に乗り、使徒と戦えというのだ。再会の喜びもなく命令する、父の冷たい態度に戸惑うシンジ。シンジは命令を拒絶する。それを見た父ゲンドウは、もう一人のパイロットの少女、綾波レイを呼びつけ、シンジの代わりに操縦させるという。彼女は重傷を負っていた。苦しむ彼女の姿が見ていられないシンジは、ついにエヴァに乗ることを決意。シンジの操縦するエヴァンゲリオンは、使徒の一方的な攻撃にさらされてしまう。エヴァは機能停止に追い込まれてしまった。