17年前に地球に飛来した特殊な力を持った7種類の石「セイクリッドセブン」。それは触れた者を特殊な能力者「セイクリッドテイカー」へと変える力を持っていた。その力を発動させる者は「悪石(アシ)」と呼ばれ、対してその力をコントロールする者は「善石(ヨシ)」と呼ばれる。セイクリッドテイカーの少年・丹童子アルマは、過去に力を暴走させて大勢に怪我を負わせて以来人を遠ざけていたが、彼の前に藍羽ルリと名乗る少女が現れ、セイクリッドセブンの力を「悪石」と戦うため貸して欲しいと申し出る。初めは断ったアルマだが、悪石に襲われた街を守るため、ルリの力によって「セイクリッドアルマ・リベレイター」へと変身しこれを打ち砕く。所長・研美悠士と共に悪石と戦い続けていた。人と触れ合うことで変化した学園生活と、出現する悪石、そして研美の命を狙うセイクリッドテイカー・輝島ナイトとの戦いを重ねながら、アルマはセイクリッドセブンの力を成長させていく。その戦いの中で、全ての元凶は研美であり、彼は極秘にセイクリッドテイカーでの人体実験を行っていること、これまでの事件はアルマの能力を高めるため仕組まれたものであり、ルリの両親の殺害も、出資を断られた彼の手によるものだったことを知る。研美の罠によって拉致されてしまったルリとアオイを奪還するため、アルマ達は研美との敵対を決意。セイクリッドセブンの力を吸収し強大な怪物へと進化した研美に苦戦するが、ルリと想いを通わせることで真の力を解放したアルマはこれを撃破する。研美は最後のあがきとしてナイトと同行していたフェイを暴走させ、世界の破滅を目論む。眠りから目覚めたアオイの力によってリベレイターとなったナイトとアルマは協力してフェイを救出。研美の野望は潰え、それぞれの自由と平穏な日常を取り戻すことに成功する。