本作の世界は、空中に浮かぶ島々から成り立っており、島々は空を飛ぶ騎空艇(きくうてい)で結ばれ、それを操縦する騎空士達による冒険が盛んである。文明水準はおよそ近世世界のものであり、騎空艇などの突出した科学技術はかつて世界を支配した謎の種族・星の民が遺したものであるという。星の民は覇空戦争と呼ばれる事件によって姿を消したが、彼らが操った強大な自律兵器星晶獣はまだ各地に眠っている。空の民と総称される現在の住民は、人類とほぼ同じ容姿のヒューマン、角を持つ屈強なドラフ、獣の耳を持つエルーン、小柄なハーヴィンの四種族からなり、混住して共生している。小さな島ザンクティンゼルで相棒のビィとともに育った主人公は、空の果てにあるという伝説の島イスタルシアへの冒険を夢見ている。故郷を出発するその日、覇権国家エルステ帝国に追われる少女ルリアと騎士カタリナが主人公の前に現れる。主人公はルリアを庇って瀕死となるが、少女の不思議な力によって一命をとりとめ、星晶獣を操るその能力を共有することになる。イスタルシアを目指す主人公とビィ、帝国の勢力圏から逃がれたいルリアとカタリナは、共に空の果てへと旅立つ。まもなく主人公の一行には操舵士のラカム、魔導士の少女イオ、老兵オイゲン、謎めいた魔女ロゼッタなど多くの仲間が加わる。騎空艇グランサイファーに乗り、瘴流域を渡るための「空図の欠片」を探す旅を続ける一行は、訪れる先の島々で星晶獣にまつわる問題を次々と解決していく。エルステ帝国の宰相フリーシアは主人公たちを執拗に追跡するだけでなく、周辺の島々にも軍を派遣し不審な動きを見せつづける。アポロニアも、目的を隠したまま主人公たちの前に何度も現れる。オルキスの正体は、先代エルステ王の王女が星晶獣によって心を奪われた姿だった。星晶獣アーカーシャの力で歴史を改変しようと企むフリーシアは、アーカーシャを操ることが出来るルリアとオルキスの身柄を狙う。オルキスを庇護していたアポロニアは精鋭・秩序の騎空団に捕らえられるが、真実を知った主人公一行はアポロニアを脱獄させ合流。秩序の騎空団の若き船長リーシャも戦線に加わり、国の未来を危ぶんだポンメルンの協力を得てフリーシアを撃破。一時は起動した星晶獣アーカーシャを停止させることに成功する。フリーシアの野望を阻止した一行は残る空図の欠片を集め、白風の境より瘴流域突破を試みるものの、ロキの陰謀により仲間は離散。たどり着いた先は統一王国が十年前に滅亡してしまい、小国による群雄割拠の様相を呈するナル・グランデ空域だった。無事にひとつの場所に集合した主人公とビィとルリア、そしてカタリナは、流れ着いたメルクマール島にてカインという青年と出会い、イデルバとレムというふたつの国の争い、その裏に潜む「ナル・グランデ空域の罪」を巡る騒乱に巻き込まれていくこととなる。真王のナル・グレートウォール奪取をどうにか防いだ一行は、アリアを庇って落ちた主人公を追って崩れ落ちる島からグランサイファー諸共落下。ナル・グランデで出会った仲間たちとリーシャらを空に残し、赤き地平へと落下していく。そこに、空を漂う福音の星晶獣『ヱビス』の背へと落下。過去と未来の間である『境界の世界』から、空へと帰還する方法を模索することとなる。その後、境界の世界で出会ったシトリと境界の民たちの協力でファータ・グランテ空域に帰還するが、そこで待ち受けていたのはフュリアス率いる『神聖エルステ帝国』と謎のゴーレムの少女ツヴァイ、そして密かに暗躍するロキの影だった。星の民が覇空戦争で兵器として運用した強力な生命体。戦後は星晶となって各地に封印されており、地域によっては信仰の対象になっている。制御は星の民以外には不可能だがルリアは星晶獣を扱う力があり、エルステ帝国はその力の研究から魔晶を生み出し運用を可能にした。姿は巨大な獣の姿が多いが、中には主人公たちと変わらぬ体躯をし、空の民として暮らしている星晶獣もいる。星の民の住まうとされる伝説の島。多くの騎空士たちがこの未知の島を夢見るが、実態は謎に包まれている。主人公を団長とする騎空団が航空する際に乗船する大型の騎空挺。飛竜を模したガス袋や両翼を持ち、多くののプロペラ、推進エンジンを搭載する。操舵者はラカムと主人公。