ソースの表示はあくまでソースの表示です。Javascriptで書き換えられたDOMツリーから生成されたものではありません。選択範囲のソースコードはDOMツリーから生成されています。ところでclickjackingは話題ばかりが先行していますが、詳細が公開されていないことで不安を煽られているだけでさほど重大な問題ではないのかもしれません。唯一はっきりと情報が流れているのは透明な要素をクリックさせて、という話ですので、どうしても気になる方は以下のようなユーザスタイルシートを書くだけでシンプルに注意することができるんではないかと思います。