第7迷宮「アモン」の周囲に広がる町・チーシャンに住む若者アリババは、御者のアルバイトをしながら「アモン」を攻略し大富豪になることを夢見ていたが、あと一歩を踏み出せずにいた。そんなある日、彼は「ジンの金属器」を探して旅をしているという、謎の少年アラジンと出会う。彼の持つ笛に潜むウーゴくんの力を目の当たりにしたアリババは、アラジンに共同での迷宮攻略を持ち掛ける。アリババと共に「アモン」を攻略したアラジンだったが、「アモン」から送り出された彼が姿を現したのは遠い異国の地に広がる草原だった。そこに暮らす騎馬民族黄牙一族の集落に拾われた彼は、ルフを見ることが出来る老婆に出会う。同じ頃、黄牙一族と接触を試みようとする一団があった。アリババによって奴隷の身から解放された少女モルジアナは、故郷暗黒大陸に帰るためライラとサアサの所属する隊商と共にカタルゴ行きの船が出航する沿岸の国バルバッドを目指していた。バルバッドへ向かう道の途中に盗賊が居座っているために隊商は道程の変更を余儀なくされ、バルバッドへの道は閉ざされてしまう。そこでモルジアナは単身、盗賊団を退治して本来の予定通りバルバッドへと向かうため、彼らの本拠地に乗り込む。偶然の出来事から再会したアラジンとモルジアナは共に旅を続けてきた隊商と別れ、それぞれの目的のため2人でバルバッドを目指す。旅の途中、彼らは商売のためにバルバッドへ向かう途上で盗賊に着る物まで奪われ困窮しているという男シンに出会い、助けられた礼にと彼の宿泊するホテルへ案内される。そこで何気なくアリババのことを尋ねたアラジンは、「怪傑アリババ」と名乗る盗賊が一味を率いてバルバッドを荒らし回っているという話を聞く。実はシンは七海の覇王シンドバッドだった。彼の治める国シンドリアに招かれたアラジン達3人は、世界を「堕転」させようとする組織アル・サーメンの話を聞く。来るべきアル・サーメンとの戦いに備えて修行を始め、着実に力をつけていくアラジン達。そこに皇子の留学のために、煌帝国の一団がシンドリアへとやってくる。その第四皇子練白龍は、かつてアラジンが命を救った女性の実弟であった。彼は己のある重大な目的を胸に秘め、シンドリアへとやってきたのだった。そんな折、アラジン達の師匠を務める八人将から修業の成果を聞いたシンドバッドは、実戦も兼ねて「シンドリアの近海に出現した迷宮をアル・サーメンの勢力に発見・攻略される前に攻略してほしい」という指令を3人に下した。アラジン・アリババ・モルジアナは同行を申し出た白龍と共に第61迷宮「ザガン」の攻略に向かう。見事「ザガン」を攻略したアラジン達。快挙の喜びも冷めやらぬ彼らの前に遂にアル・サーメンが立ちはだかる。同時期、シンドリアにはジュダルが現れ、シンドバッドへ敵対を宣言する。アル・サーメンの強力でおぞましい力の前に自分達の無力さを知ったアラジン達は、自分のすべきこと、目指すもののためにはこのままでいいのか、マギの言う「王」となるには何が必要なのかを考え始める。シンドリアでの滞在の間に起きた彼らの中での変化、そして国へ帰ることを迷い続けていた練紅玉の決意。彼らが選んだのは、道は違えど、己の目的のために新たな旅立ちへ出ることだった。アラジン・アリババ・モルジアナ・白龍の4人はそれぞれ別々の目的のためにシンドリアを離れる。目的地であるアクティア王国に向かう途中、海賊大聖母の襲撃を受け積み荷を奪われてしまう。アクティアの港町も襲撃を受け、子供達が連れ去られていた。子供達を救うため、「ザガン」攻略メンバーの4人は沖合にある大聖母の砦に乗り込む。マグノシュタット学院とアル・サーメンの関係を探るためマグノシュタットに留学したアラジンは、1年間で実力を伸ばし優秀特待生になっていた。その中で、レーム帝国のマギシェヘラザードの部下である天才魔導士ティトスと出会う。そんなある日、ティトスとルームメイトのスフィントスと共に5等許可区の国民がマグノシュタットの地下で魔力を吸い上げられていることを知る。そのことを学長であるモガメットに抗議するも想いは通じず、さらにティトスの「死にたくない」という気持ちが原因でマグノシュタットとレーム帝国、そして煌帝国を交えた三つ巴の戦争が始まってしまう。この開戦時には第1夜から少なくとも2年以上の月日が流れている。2年ぶりにシンドリアに帰還したアラジン・アリババの下に練紅炎からの召喚状が届く。アリババは、モルジアナ・トト・オルバ達と共に故郷・バルバッドに向かうが、そこには過去の面影がなく煌帝国に占領されたバルバッドの姿があった。紅炎からの煌帝国への忠誠に困惑する中、世界の命運をかけたシンドリアと煌帝国の会談が始まる。緊迫した状況でアラジンは生まれ故郷であるアルマトランについて語り始める。アルマトランで起きたことを話したアラジンは、再び「黒の神」が出現することを防ぐためにシンドリアと煌帝国、レームの三国に停戦協定を結ぶよう提案するが、会談の最中にジュダルが現れると同時に煌帝国の第三代皇帝にしてアル・サーメン首領である練玉艶が息子の白龍に謀殺されたという報告が入る。白龍は次に事実上玉艶に組していた紅炎を殺し煌帝国を取り戻そうと考え、彼が居城を置くバルバッドを攻めようとする。アラジンとアリババはバルバッドを守るため、そして白龍を取り戻すために彼と戦う決意をし煌帝国の帝都洛昌に向かうが、その戦いでアラジンはアリババを、白龍はジュダルを失ってしまう。戦い」が始まろうとしていた。華南平原の戦いから3年が経った。「シンドバッドがシンドリア国王を引退した」「アラジン達が失踪している」ことを聞かされる。世界のあまりの変容に驚きを隠せないまま、アリババは行方をくらましたアラジン達を捜索するため彼らが最後に目撃されたという煌帝国へと向かう。そこで新体制の打撃を受け衰退した煌帝国と第五代皇帝になった紅玉の姿を目にし、アリババも復興のために協力する。一方でアラジン達は練玉艶の体を乗っ取っていたアルバの手から逃れ鬼倭王国に滞在し、修行で身に付けた力でアルバを退けてアリババと再会する。シンドバッドが世界の仕組みを変えるため聖宮に乗り込んでウーゴくんから聖宮の番人の座を奪い、その力で世界中の全ての人間をルフに還す魔法を発動しようとし、シンドバッドのルフの書き換えから逃れたアラジン・アリババ・白龍・ジュダルはシンドバッドを止めるため聖宮で彼と対決する。