可視化する方法に、カプランマイヤー曲線があります。生存時間解析での検定手法の一つが、ログランク解析です。この記事では、統計解析ソフトJMPを用いた、カプランマイヤー曲線の作成方法と、ログランク検定の実施方法について、説明していきます。別の統計解析ソフトEZRでの解析については>>>EZRでカプランマイヤー曲線!ログランク検定や生存時間解析を実施こちらの記事に記述しています。スポンサーリンクContentsJMPで生存時間解析をするために必要となるデータJMPのサンプルデータから解析するCSVデータから解析するファイルを読み込む生存時間解析を行うJMPのカプランマイヤー曲線に”ひげ”がない!?まとめJMPで生存時間解析をするために必要となるデータJMPでも、EZRと同じで次の3種類のデータが必要です。生存時間のデータイベントか打ち切りかのデータ群のデータJMPのサンプルデータから解析するここでは、JMP公式サイトを参考にしています。JMPにはサンプルデータが最初からパッケージに含まれています。すると次のディレクトリが開きます。この中から、「Rats.jmp」を開きす。このデータは2群に分けたラットを発ガン性物質にさらし、生存時間の差を調べる試験結果と公式サイトには説明があります。ダブルクリックすると、JMPでこのファイルを開きます。ファイルの中身は次のようになっています。1列目の「生存日数」が生存時間のデータ、2列目の「打ち切りの有無」がイベントか打ち切りかどうかのデータ3列目の「グループ」が群のデータに対応します。EZRでは「打ち切りの有無」に関するデータはイベントは1であらわす打ち切りは0であらわす必要がありました。このJMPのサンプルデータでは、イベントはFailedで、打ち切りはCensoredであらわされています。JMPではイベントは1で、打ち切りは0であらわすこともできます。次に解析を行っていきます。[生存時間分析]をクリックします。これをクリックすると、次のウィンドウが出現します。先ほど開いたJMPファイルから、それぞれに役割を割り当てていきます。イベントまでの時間]に「生存日数」を指定します。[グループ変数]に「グループ」を指定します。[打ち切り]に「打ち切りの有無」を指定します。列の指定の仕方ですが、JMPの表の列名をクリックすると下のウィンドウが出現します。下のウィンドウの列名をコピーして、先ほどのウィンドウの各項目のところに、該当する列名を貼り付けして行ってください。全て埋めると次のようになります。最後に[OK]をクリックします。すると、カプランマイヤー曲線と、ログランク解析などの結果が出力されます。CSVデータから解析する今回も統計解析ソフトEZRと同様に、自治医科大学さんが提供していくださっているサンプルデータの中から“Survival.csv”を使用して解説します。こちらからダウンロードできます各列の説明に関しては>>>EZRでカプランマイヤー曲線!ログランク検定や生存時間解析を実施こちらの記事を参照してください。ファイルを読み込む先ほどダウンロードしたファイルを読み込んでいきます。[開く]をクリックします。すると、ファイルを選択するウィンドウが出現します。先ほどの”Survival.csv”を選択します。すると、サンプルデータと同じ、表のウィンドウが出現します。この表で、ファイルの中身はで、解析に必要な列のデータは次のようになっています。6列目の「DaysYoOS」が生存時間のデータ5列目の「OS」がイベントか打ち切りかどうかを表すデータ4列目の「Treatment」が群のデータにそれぞれ対応します。生存時間解析を行う次に解析を行っていきます。[生存時間分析]をクリックします。これをクリックすると、次のウィンドウが出現します。先ほど開いたファイルから、それぞれに役割を割り当てていきます。イベントまでの時間]に「DaysYoOS」を指定します。[グループ変数]に「Treatment」を指定します。[打ち切り]に「OS」を指定します。次第が終わったら、[OK]をクリックしてください。すると、以下のウィンドウが出力されます。一般化Wilcoxon検定の結果も出力されています。>>一般化Wilcoxon検定とは?有料ソフトなだけあって、非常に動作も安定していて使いやすいです。JMPのカプランマイヤー曲線に”ひげ”がない!?JMPのカプランマイヤー曲線を見ると、”あるものが”表示されていないことがわかります。それが”ひげ”ですね。カプランマイヤー曲線の”ひげ”とは、”打ち切り”を示すデータのことです。>>生存時間解析の打ち切りデータとは?実は、現在のVer.のJMPには打ち切りを示すひげが表示されないんです。今後のバージョンアップで、ひげが示されることに期待します!まとめJMPで生存時間解析をするには次の手順で行います。・統計に関する本を出版するまでの道のりを赤裸々に告白します。>>プロフィールはこちらこのブログが本になりました!数式をできるだけ使わずにやさしく統計を伝えたい!そんな想いが、一冊の本になりました。優しい、医薬品開発に必要な統計学の。