今から100年後、かつてマンハッタンと呼ばれていた「記憶喪失の街」パラダイムシティ。この街の住人は、40年前に起きた“何か”によって、パラダイムシティを残し他全ては死滅、そしてそれまでの記憶(メモリー)を「その“何か”に関する事も含めて」全て失っていた。主人公のロジャー・スミスは、凄腕のネゴシエイターとしてパラダイムシティで仕事をしている。そんな街において交渉だけで事が済む場合は少なく、荒っぽい暴力に訴えてくる相手も多い。そんな時、彼はメガデウス・ビッグオーを持ち出し、力に力で対抗する。交渉をロジャーが担当することにより、その令嬢、アンドロイドであるドロシーと知り合う。ビッグオーによってこの事件を解決した後、ドロシーはロジャー邸に住むことになり、二人で行動するようになる。ドロシーの誘拐犯であるベックとは度々顔を合わせることになる因縁の仲となる。パラダイムシティを支配する電力会社であるパラダイム社に潜伏する謎の女エンジェルはパラダイム社の意向と自身の思惑を絡めつつメモリーを求め、ロジャーに接触してくる。パラダイム社代表アレックスはメモリーを支配下に置くことにより、全てを意のままにしようと、ロジャーを監視する。40年前の真実を求める怪人シュバルツバルトはメガデウスを使って忌まわしい記憶を呼び覚まそうとし、ロジャーと対決。爆破テロによって存在しないはずの「異国」の影もちらつき始める中、連続殺人事件によってロジャー自身もメモリーを持っていたことが明らかとなり、この街の謎と対峙せざるを得なくなる。全てを知っていると思しき引退したパラダイム社会長、ゴードンに話を聞きに行くが、彼はロジャー自身が真実を知るべきだと諭す。彼自身も殺されそうになるところをビッグオーの意思により助けられる。その時海の向こうからメガデウスが出現する。ロジャーは自由を守るために、異国のメガデウスに立ち向かう。ロジャーは異国のメガデウスとの戦闘中、意識を失い異世界を放浪したことで、彼自身が今まで考えることを避けてきたものであるメモリーと向き合うことを決心する。アレックスは新しい部下、アランを傍に置き、ロジャーの行く先々に現れる。メモリーの悪夢におびえ、自身もメモリーを移植された「トマト」に過ぎないかもしれないとの考えはロジャーの自信を失わせる。エンジェルとの関係も縮まるが、ロジャーはドロシーを思うとそれ以上深くなることができず、エンジェルも失望するのだった。廃墟では異国の者達の集会「ユニオン」が招集され、エンジェルとアランはユニオンの一員だったことが発覚。アレックスがユニオンとの契約を反古にしたことに対し、ユニオンのリーダー、ヴェラはメガデウスを使ってパラダイム社に逆襲しようとするが、アレックスの搭乗したビッグファウがそれを一蹴。不完全な状態だった為、暴走する騒ぎが起こる。その後アレックスの目論見によりユニオンはあっという間に崩れ去り、エンジェルは軍警察から追われる身となり、街を放浪する。ビッグファウ再起動にはドロシーが内蔵するコアメモリーが必要なため、ロジャー邸が襲撃され、ドロシーが強奪される。地下ではちっぽけなセットを発見し、世界を信じられなくなったエンジェルの心と共にパラダイムシティも崩壊し始め、正体を現す。ロジャーは地下でゴードン、ヴェラ、エンジェルと再会し、メモリーの意味を知る。ビッグファウで街を再び破壊しようとするアレックスにロジャーは立ち向かうが強化を重ねたビッグファウに圧倒され、海に深く沈む。ドロシーの救助により再起したビッグオーはファイナルステージでビッグファウを半壊せしめるが、まだアレックスは倒れない。その時ビッグヴィヌスが出現し、パラダイムシティを消し去ろうとする。ロジャーはそれがエンジェルであることを認め、彼女に対してこの世界と存在を肯定するよう説得する。思いが通じたのか、パラダイムシティは再生され、ロジャーは交渉人として、ドロシー、エンジェルを伴い仕事をしている。