開業4か月目で雪害の影響により列車の定時運行ができなくなった。10年以上かけて沿線の気象調査や技術開発が行われ、沿線の状況に合わせた雪害対策が取られた[15]。東海道新幹線では盛土が54%、全区間バラスト軌道であったが、上越新幹線では高架橋が49%、トンネルが39%であり、軌道はスラブ軌道が90%、バラスト軌道が10%となっている[16]。上越新幹線沿線では比較的気温が高く、雪質が重いことや、降雪量が平年で最高3mにもおよび、列車が走行する時に排雪する雪を高架下に貯める貯雪式では対応不可能であると想定された。これらの事情を踏まえて、上越新幹線では散水消雪方式が採用が決定された[17]。南魚沼市)に消雪試験場として九日町高架橋(延長971m)を建設し、6冬にわたる開発試験が行われた。新潟車両基地間の157kmのうち明かり区間79kmに設置されている[18]。水源は河川水やトンネル湧水で[19]、加熱装置によって約10°Cに加熱されてスプリンクラーによって散水される。散水量は降水量に換算するとバラスト軌道区間で72mm/h、スラブ軌道区間で42mm/hとなっている[20]。雪を融かした水は高架橋に設けられた排水溝を勾配にそって流れ、消雪基地に回収されて再利用される[18]。トンネル間の短い明かり区間にはスノーシェルターを設けることで高架橋への積雪を防止している[21]。3駅では屋根上に散水して消雪する方式をとっている[22]。