建長八年(西暦1256年)、朧流忍者の里がZEEDの忍軍に襲撃されるところから始まる。プレイヤーが操るジロー・ムサシは、焼き討ちにあう朧の里で、ZEEDの忍者や侍と戦う。忍軍の攻撃とともに降り注ぐ青い光が雪山から発せられているのを悟ったジローは、騎馬で雪嶺へ向かう。雪嶺でジローは雪女と出会う。第1ステージのボスエネミーである雪女は、通常時やつららを放つ時は冷気のバリアに包まれていて、攻撃を無効化する。雪女が凍てつく息を吹いている時が、攻撃のチャンスだ。攻撃が命中し、雪女がのけぞっている時が、シネマティックアタックのタイミング。シネマティックアタックでは、ジローが鎖鎌で雪女を引き寄せ、刀で斬りつけているようだ。雪嶺でジローは雪女と戦い、倒すことに成功したが、大爆発に巻き込まれて姿を消してしまう。ZEEDシティ意識を失ったジローが姿を現したのは、西暦2056年のZEEDアイランド。サラ・クリーガー率いる特殊部隊がジローを収容するが、ヘリコプターの中で目を覚ましたジローは特殊部隊と戦い、ヘリはZEEDシティに墜落してしまう。ジローは高速道路を走る車の上で戦い、ZEEDシティの一番高い建物を目指して進んでいく。庭園や道路を走り抜け、エレベーターに乗って高層ビルの上に向かうジローの行く手を、ZEEDの歩兵部隊が阻む。最上階へ近づくと、飛行する武装ロボットが攻撃を始める。最上階で、そのロボットと対決することになる。第2ステージのボスエネミー・トリックショットは、2体に分裂するロボット。画面の左右から数回突進した後、プラズマガンを撃ってくる。そのため、タイミングを見極めて2方向からの突進をかわす必要がある。2体のロボットが画面上部からプラズマガンを撃った後が、シネマティックアタックのチャンスだ。タイミングを合わせたジャンプし、ジャンプ中に防御してどちらかに近づこう。シネマティックアタックでは、空中に一瞬制止したジローが、連続でトリックショットに斬りつけている。輸送列車MG97トリックショットが最後の爆発を起こし、ジローは高層ビルの最上階から落下してしまう。身軽さを生かして無事に着地する。着地したのはバイオ実験体を搭載して、ジャングルへと向かう列車だった。先頭車両を目指して進むジローを兵士たちが阻止する中、バイオ実験体が暴走し、列車自体が触手や実験生物であふれかえってしまった。先頭車両に急ぐジローの前に現れたのは、シャドーマスターという人物。彼は、強化実験体・クライオボーグの容器を破壊して解き放ってしまう。第3ステージのボスエネミー・クライオボーグは、落ちた場所でスパイク状に残る氷を放ちジローの行動範囲を狭めながら、触手を飛ばしてくる。他にも、回転しながら移動して、すべてを弾き飛ばしてしまう攻撃を繰り出してくる。回転攻撃が終わったタイミングでクライオボーグの背後を取ることができれば、シネマティックアタックのチャンスだ。シネマティックアタックでは、ジローがクライオボーグの背後上空から鎖鎌を引っ張ることでスピードをつけて、クライオボーグを一閃する。(C)SEGA※画面は開発中のもの。