関する診断と治療のガイドライン』では、診断はおよそ次のようにおこなわれる。性別違和の実態を明らかにする。よる性役割の忌避や、もっぱら職業的又は社会的利得のために反対の性別を求めるものではないこと。認められるケースであっても、身体的性別とジェンダー・アイデンティティが一致していない場合、これらを広く「性同一性障害」の一部として認める。性同一性障害に十分な理解をもつ精神科医が診断にあたることが望ましい。2人の精神科医が一致して「性同一性障害」と診断することで診断は確定する。2人の精神科医の意見が一致しない場合は、さらに経験豊富な精神科医の診察結果を受けて改めて検討する。性同一性障害の診察や診断には、そのことに関する正確な知識、充分な理解を持つことが望まれる。治療者は受容的かつ共感的な態度が要求される。治療者側が、性同一性障害についての心性を理解できず、陰性感情を抱き、受容的共感的な態度が保持できない場合は、性同一性障害に対する治療者として不適切であり、治療をおこなうべきではない[65]。性別違和が一時的なものではなく、持続的なものであるかを確認するため、ある程度の一定の期間をかけて診察をおこなう必要がある。性別違和や性別移行の願望などを訴えるものが必ずしも性同一性障害とは限らない。他の精神疾患や関連しない性のありよう等によって、類似の症状、訴え、外観を持つことがあり、正確な診断をおこなうために慎重な鑑別が必要である。)が診断と治療をおこなう。性同一性障害の診療の始めが精神科領域の治療であるのは、おもに精神的サポートや助言、当事者の「人生をどのように生きるか」などの希望を明らかにするため、除外診断をおこなう等のためにある。身体的治療は、精神科領域の治療の後も性別の不一致による苦悩が続き、本人自らが身体的治療を希望する場合において、医療者による適応の判定を経て、本人の自己責任と自己決定のもとに選択する。身体的治療への移行は、精神科領域の治療と性同一性障害の診断の確定を省くことはできない。理由によりおこなわれない。性同一性障害の典型例では、過去の治療においてジェンダー・アイデンティティの変更に成功した例がなく[66]、そのような治療は不可能だと判明している。性同一性障害に対する治療は、とくに日本国外において長い歴史があり、過去に幾度もジェンダー・アイデンティティを身体に合わせようとさまざまな療法が試みられてきたが、いずれもジェンダー・アイデンティティを変えることはできなかった[67]。性同一性障害の典型例では生物学的な要因が推測され、ジェンダー・アイデンティティの変更は不可能と考えられている。性同一性障害の当事者自身はジェンダー・アイデンティティの変更を望まないことが多いので、治療の継続が困難である。当事者自身が、その身体の性別としての扱いに応えるべく努力し生きてきたという事実もある。厳然と反対の性の身体で生まれようとも、いかに周りから常にその性別として扱われようとも、ついに最後まで屈することのなかった「性同一性」である。当事者自身も、さんざん悩み抜いた末に性別の移行を決断し医療機関を訪れている[68]。ジェンダー・アイデンティティは人格の基礎の多くを占めており、人に対する人格の否定につながる。人格と身体を比較したとき、人格を優先することこそ、人の倫理に沿う考えであるといえる[69]。性同一性障害の原因は、身体とは反対の性への脳の性分化が推測されているが、たとえば「脳を身体の性別に一致させる」という脳に対する外科手術は現在の医療水準では不可能であり[70]、またたとえ仮に可能であったとしても倫理的に大きな問題がある。精神科領域の治療としては、当事者のQOL(生活の質)の向上を目的として次のようなことを行う。非寛容によりもたらされがちな自己評価の低さを改善させる。ジェンダー・アイデンティティやそれに基づく自己同一性を再確認させ、「自分は何者であるか」を明確にさせる。社会生活上に生じうる様々な困難を想定し、その対処法を検討させる。RLE)を通じて、それに伴う困難も体験させた上で対処法を検討する。抑うつなどの精神症状を伴っている場合には、その治療を優先して行なう。最終的に、今後どのような治療を希望するかを冷静に決定させる。当事者の身体的性別とは反対の性ホルモンを投与することで、身体的特徴を本来の性(性の自己意識)に近づける治療。ジェンダー・アイデンティティに一致する性別での社会生活を容易にするとともに、身体の性の不一致による苦悩を軽減する効果が認められている。性ホルモンの投与によって、身体的変化のほか、副作用をともない、また身体的変化には不可逆的な変化も起こり得る。ホルモン療法の開始にあたっては、性同一性障害の診断の確定のうえ、性ホルモンの効果や限界、副作用を充分に理解していることや、新たな生活へ必要充分な検討ができていること、身体の診察や検査、18歳以上であること等のいくつかの条件がある。対してはエストロゲン製剤などを用いる。あるが、日本においては注射剤が一般的に使われる。添付薬に次いで注射剤が副作用が少ないが、長期にわたる注射のために、注射部位(多くは三角筋あるいは大臀筋)の筋肉の萎縮を引き起こすことがある。生物学的女性へのアンドロゲン製剤、および生物学的男性へのエストロゲン製剤の投与をおこなった場合、次のような変化が起こり得る。なかには不可逆的な変化もあり得る。生物学的男性における精巣萎縮と造精機能喪失[10]。月経の停止[72][10][73]。陰核の肥大[72][73][10]。声帯の変化(声が低くなる)[73][10]。皮膚の乾燥、色素沈着[73]。筋肉量の増加[72]。髭や体毛の増加[72][73][10]、毛の質が硬くなる[73]。爪、髪、体毛が硬くなる。男性形への体脂肪分布の変化[73]。痤瘡(にきび)の増加[73][10]。頭髪の減少、はげの進行[73][10]。体重の増加(血清コレステロール値の上昇)[73][10]。乳房の発達、乳腺組織の増大[73][10]、乳輪の色素変化[73]。精巣の萎縮と造精機能喪失[10][73]、これによる勃起不全[73]。皮脂の分泌量が低下し、皮膚がきめ細やかになる[73]。筋肉量の減少[73]。髭や体毛の減少[73]。頭髪の増加、はげの改善[73]。爪、髪、体毛が柔らかくなる。女性形への体脂肪分布の変化(骨盤周囲への体脂肪の増大)[73]。前立腺肥大症の場合には症状が改善[73]。高プロラクチン血症の発現の可能性[72]。肝機能障害の発現の可能性[72]。乳汁の分泌、下垂体腺腫の可能性[73]。血色素の減少(貧血気味になる場合がある[73]。抑うつ的な気分や情緒不安定になる頻度が高くなるという報告があり、有意な差は認められなかったとの報告もある[73]体重の増加[74]医学的対処を求めて受診する性同一性障害患者の中には、早急なホルモン療法の適用を望む者も多いが、ガイドラインにそった治療においては、精神科領域の治療と性同一性障害の診断、ホルモン療法の適応判定を省くことはできない。他方で、男性化した身体は不可逆的であることから、せめて女性化を促すのではなく単に男性化を一時的に停止させる抗男性ホルモン剤の使用はより広く特に未成年者に認められるべきであるとする見解もある。乳房切除FtMの場合、アンドロゲンを投与しても乳房の縮小はほとんど起こらないので乳房切除術が必要となる場合がある。乳房が小さい場合には乳輪の周囲を切開して乳腺など内部組織を掻き出し、余剰皮膚を切り取る方式をとる。これは瘢痕が目立たない。乳房が大きい場合や(乳房を不快に思って圧迫するなどにより)下垂している場合には、乳房の下溝に沿って皮膚を切開する方式を用いる。乳頭は一度遊離させて適切な位置に移植する必要がある。