進化する破壊者ネオ翔龍近郊のバラックで暮らすレオン・ラウは、妹のクロエとともに日々をたくましく過ごしていた。量子リアクター研究者であるレオンは、「翔龍クライシス」によって突如世界に生み出された特異進化生物B.R.A.Iに対抗するべく、独自の研究を続けていた。予期せぬ大型B.R.A.Iの襲来が、レオン達の運命を一変させる。箱を開けし者マシンの新たなる力を引き出し、大型B.R.A.Iを圧倒するレオン。ネオ翔龍すら破壊しかねない強大な力は、レオンの研究の成果によるものだという。ハイパードライブ―それは異常な進化を続けるB.R.A.Iに対抗するための最期の切り札。その力を目の当たりにしたケインは、レオンたちにある提案を持ちかける。ネオ翔龍ハイパードライブ―それはレオンが生み出したB.R.A.Iに対抗する人類の切り札。大型B.R.A.Iをたった1機で倒した力を目の当たりにした姫は、さっそくシステムの量産化を指示する。ジェイは、レオンが開発したシステムに懸念を抱いていた。ジェイは厳しい条件を課して、ハイパードライブの導入テストを容認するが...。出現した大型B.R.A.Iは、ネオ翔龍に向けて侵攻を開始した。絶対防衛ラインを次々と突破していく強大な力に、総力戦で挑むが為す術もないネオ翔龍軍。レオンはその決定に異を唱え、自らの危険を顧みずMOEVでの出撃を志願する。頭上の敵ネオ翔龍の大型輸送機が何者かに破壊された。レオンは機体の残骸から、航空機を越える鳥型B.R.A.Iの仕業だと推測。ジェイはその考えを現実的ではないと否定するが、常識を超えるスピードで進化するのがB.R.A.Iだとレオンは説く。その頃、ワン、Mr.ゴールド、ジーク、フォーの4人は、ネオ翔龍への侵攻を開始しようとしていた。哀と復讐の翼クイニーの仇敵ワンは、飛行型B.R.A.I鳳雛を伴って現れた。これに対抗するため、レオンはハイパードライブによるクイニーの機体の強化を進言する。クイニーは、「己の中龍さえ飼い馴らせずにいる」と、この申し出を断るのだった。そのころ鳳雛は傷ついた翼を自ら切り落とし、新たな進化を遂げようとしていた。幻影の熊猫ある事件を追って、ネオ翔龍市街へ潜入したパンドーラのメンバーたち。クロエが捜査についてきてしまうというアクシデントはあったものの、個々に捜査を開始する。謎の少女が、彼らの様子を見つめていた。レオンは量子反応を察知して追跡を開始。辿り着いた先に、その少女―フィオナが佇んでいた。中でターゲットだけを正確に撃ち抜くテクニックや、狙撃ポイントが割り出せない点など、凄腕のスナイパーの仕業であることは明らかだった。単なるテロリストではなく、B.R.A.Iの可能性を感じたジェイは、パンドーラに調査を指示。ダグだけは、どこか乗り気ではない様子で...。虎の目チーム・パンドーラ発足式典のさなか、姫が凶弾に倒れた。ダグの事件への関与を疑うレオンたちは、その行方を捜索する。ケインはかつて苦汁を飲まされた一発必中の凄腕スナイパー、「虎の目」のことを思い出していた。ダグこそが「虎の目」だと確信するが、ならば姫の暗殺を失敗するはずがない。紅蓮の追想B.R.A.Iによる事件を背後で操っていたのは、Mr.ゴールドだった。ネオ翔龍の実力者であった彼の一族は、姫によって不正を暴かれ失脚。それゆえに姫に深い恨みを抱いていた。新たなB.R.A.Iの影がネオ翔龍に迫る。応戦に苦慮するパンドーラたちのなか、重い眼差しで敵を見つめるグレンがいた...。Dr.ロン・ウーB.R.A.Iにさらなる進化をもたらすダークドライブ。これほどのシステムを構築できる人物はそうそういないはず。レオンには心当たりがあった。その名はDr.ロン・ウー。量子リアクター開発の責任者にして、レオンが初めて「絶対に勝てない」と感じた天才科学者。ロンは、翔龍クライシスでこの世を去ったはずだった...。赤い死神ネオ翔龍周辺で謎の疫病「赤死病」が発生し、避難民がネオ翔龍へと押し寄せた。市内への病の蔓延を防ぐか、それとも避難民を受け入れるか...。結論の出ないまま、パンドーラは救援活動に奔走する。そのさなか、ケインは避難民に一枚の写真を見せていた。そこに映っていたのは、ケインの別れた妻と息子だった...。渾沌の叫び度重なるB.R.A.Iの襲撃で、翔龍リアクターは不安定な状況に陥っていた。不調の原因がリアクター中枢のコアだとするレオンの報告に、姫は表情を曇らせる。覚悟を決めた姫は、レオンをともなって自身の生家へと向かった。姫の家は代々翔龍の地とともに、ある物を守りつづけていた一族。怨念の塔Mr.ゴールドに遠隔操作され、ネオ翔龍を蹂躙するムカデ型B.R.A.I。街を攻撃するだけではなく、周辺に奇怪なオブジェを作り出すという行動も謎を深めていた。姫は無極砲の使用を決断し、レオンたちはB.R.A.Iを射線上へとおびき出すために出撃。無極砲がムカデ型B.R.A.Iに狙いをつける。黄金の鬼神ムカデ型B.R.A.Iに敗北したレオンたちは、辛くも脱出に成功。MOEVの応急処置のため、以前レオンとクロエが暮らした郊外のバラックへたどり着く。一刻も早く戦線へ復帰しようとするダグ、クイニーに対し、レオンは敗北のショックを引きずっていた。そんな失意のレオンをよみがえらせたのは、かつてクロエと交わした「約束」だった...。変革者レオン、クイニー、ダグの連携によって、辛くもMr.ゴールドの猛攻を退けたパンドーラ。ネオ翔龍は束の間の平和を取り戻すものの、いまだにレオンだけは帰還せずにいた。そのころ、レオンはわずかな量子反応を追跡し、ゴールド一派のジークと邂逅。ジークはレオンを誘いだすために、意図的に量子反応を発信していた。サテライトで贈る、人類の可能性の物語。2031年、次世代エネルギーとして開発されていた量子リアクターの暴走事故「翔龍クライシス」により世界は激変した。地下から広がったその閃光は、都市ビル群を呑み込みながら大地を覆い尽くし、やがて生物、機械、植物を超越・融合した未知なる特異進化生物「B.R.A.I」が出現した。7年後、翔龍は絶対防衛都市「ネオ翔龍」へと生まれ変わっていた。驚異的スピードで進化を遂げ人類を滅亡の危機に陥れたB.R.A.Iに対抗する、人類最後の希望の砦である。運命に導かれネオ翔龍に集う、レオン、クロエ、クイニー、ダグ。彼らを防衛軍へと迎え入れる、セシル、ケイン、ジェイ、グレン。人類の存亡をかけて戦う特殊部隊「パンドーラ」が誕生する。