第四次忍界大戦から2年後。冬の祭典「輪廻祭」の準備で大賑わいになっていた木ノ葉隠れの里にて、激闘を経て英雄となったナルトはモテ期を迎えていた。幼き頃から彼に想いを寄せるヒナタは、そんな状況に戸惑いながらも彼に贈るつもりでマフラーを編み続けていた。そんな中、月の異常接近が観測され、五影たちが人類滅亡を危惧する。ある夜、謎の男・トネリがヒナタの前に現れ、「いずれ君を迎えに行く」と言い残し、彼女の妹・ハナビをさらっていくという事件が起こる。全ての出来事が繋がっていると推測した六代目火影カカシは、ナルト、ヒナタ、サクラ、シカマル、サイの5人にハナビ奪還任務を下す。里を出て捜索を開始するナルトたちは、ハナビが残した手がかりを頼りに洞窟の中に入る。そこでトラップとして仕掛けられていた幻術に囚われ過去を追体験したナルトは、偶然流れ込んできたヒナタの記憶を通じて、彼女が自分に好意を抱いていることを知る。洞窟から出たナルトたちは人工太陽らしきものが存在する謎の空間を目にする。ハゴロモの源流たる大筒木一族が関わっていることが判明する。その一方で、ヒナタは一人だけある事実を知り、苦悩しながらも夜毎マフラーを編み続ける。任務中彼女と行動を共にするうちに自分の本心に気づいたナルトは、ある夜彼女に思いを告げる。そこにトネリが現れ「自分とヒナタは結婚する」と言って彼女を連れて行こうとする。編み終えたマフラーをナルトに渡して去るヒナタをナルトは止めようとするが、トネリの攻撃で意識不明の重体となり、マフラーも燃やされ塵となってしまう。攻撃の余波で空いた穴には宇宙空間、そして地球が姿を見せていた。ナルトたちはハナビを追って月に来ていたのである。トネリの本名は大筒木トネリ。彼の目的とは、長年チャクラを用いて争いに明け暮れた地球の民を、大筒木の天命に従って滅ぼし、その後新たな世界を築くことだったのである。日向一族は遥か昔に大筒木一族より分たれた家系であり、ヒナタはそれ故にトネリの花嫁として選ばれたのであった。探索の過程で大筒木の真の歴史を知ったヒナタは、トネリの企てを阻止すべく、あえてトネリの求婚に応じ彼の居城に侵入、囚われの身になっていたハナビを救い、トネリの力の源・転生眼を破壊しようとしていた。なんとか転生眼を発見したヒナタだったが、寸前でトネリに捕まり思考を閉ざされてしまう。倒れて3日後、サクラの懸命の治療の甲斐あって目覚めたナルトだったが、ヒナタが自分ではなくトネリを選んだことで憔悴しきっていた。仲間たちの叱咤により再起し、彼女を救い出すことを決意、トネリの居城に乗り込む。