華族出身の久世ツグミは、傾きかけた家を守るための結婚を決意したやさき、弟のヒタキが「稀モノ」と呼ばれる、読んだ者に大きな影響を及ぼす本が起こした事件に巻き込まれてしまう。フクロウ」と呼ばれる「稀モノ」を保護・管理する組織の人間が現れ「稀モノ」に関する調査協力を依頼される。ツグミは戸惑いながらも「フクロウ」での「稀モノ」調査に取り組むことを決意するのだが――。天秤のように揺らぎうつろう一人の少女の運命の物語。物語の主人公、星宮エイジの通う高校に転校生がやって来た。容姿端麗なその彼女は、紅鈴(くれないりん)という。お近づきになりたい、と願うエイジ。日本の片隅に浮かぶ竜宮島に、ある日突然、不思議な声が響き渡った。「あなたはそこにいますか...」そしてその瞬間、謎の敵によって竜宮島は襲撃される。島に暮らす少年・真壁一騎は、切り札として用意された兵器・ファフナーに乗り込み戦うことを決意するのだった。