Surveyor※よりお求めやすい安価なオプションもご用意しております。お気軽にご相談ください。ソフトウェアは、ダイレクトシーケンス、PCRシーケンス、ミトコンドリアDNAシーケンス、リシーケンスプロジェクトにおけるSNP、挿入欠失(Indel)、体細胞変異など変異解析に特化したサンガーシーケンス変異解析ソフトウェアです。変異型シーケンス波形データと野生型シーケンス波形データのピーク同士を直接比較しその差異を検出する「アンチ-コリレーションテクノロジー」により、サンガーシーケンスデータから99.5%の正確性とプライマリピークの5%の感度での変異検出を実現しています。Biosystemsジェネティックアナライザーなど主要なキャピラリーシーケンサーから出力されるABI/AB1ファイル(.abi/.ab1)、SCFファイル(.scf)などのファイル形式に対応しています。最大2,000シーケンスファイルを15分で解析することが可能です。PDF.pdfユーザーマニュアル※日本語の資料をご要望の方はその旨ご連絡ください。PDF.pdfライセンス※1:スタンドアロン(ドングルまたはテキストライセンス※2)ネットワーク(テキストライセンス※2)価格:お問い合わせください。※安価な年間ライセンス版も相談承ります。お気軽にお問い合わせ下さい。スタンドアロン・ネットワークとも2年目以降も同じバージョンのまま使用できますが、バージョンアップには別途有償のアップグレード・テクニカルサポート契約が必要です。テキストライセンスはPC固定です。アップグレード・テクニカルサポート契約中は正当な事由があればPC間のライセンス移行は可能ですが、契約期間外はライセンスのPC移行はできません。グルの場合はソフトウェアをインストールしたPCのUSBポート(タイプA)にドングルを挿入するとソフトウェアが使用できます。混合波形データからヘテロ接合挿入・欠失の自動検出が可能です.サンプル混合波形データをデコンボリューション(Deconvolution)によりリファレンス(野生型アレル波形)にマッチする波形と変異型アレル波形に分離し、変異アレル波形をリファレンス波形データへ再アライメントして挿入・欠失の位置を決定します。Tracksマネージャを使用する際は64bitOS、12GBのRAMが必要です。dbSNPやdbNSFPなど大きなトラックをロードする場合は100GBのHDD空き容量が必要です。※本製品は研究用です。Surveyorプロジェクトには最大3種類のファイル(サンプルファイル、リファレンスファイル、GenBankファイル)を入力できます。各ファイルはそれぞれ異なる目的を果たし、それぞれ独自の要件があります。​<GenBankファイル>・・・GBK、GB、SEQファイル形式に対応(オプション)リファレンスのトレースデータが無い場合は、GenBankファイルの塩基配列を元にサンプルトレースデータに対応した合成リファレンスファイルを自動作成します。その他、GenBankファイルがもつCDSに対応するアミノ酸翻訳情報などが使用されます。<リファレンスファイル>・・・SCFファイル、AB1/ABIファイル、Gzファイル形式に対応リファレンスファイルはサンプルファイルを比較したい既知の塩基配列を含むファイルです。プロジェクトに常に必要ですが、GenBankファイルから合成することも可能です。<サンプルファイル>・・・SCFファイル、AB1/ABIファイル、Gzファイル形式に対応サンプルファイルとはユーザーが決定したい未知の塩基配列を含むファイルです。記載の社名および製品名は、SoftGenetics社または各社の商標または登録商標です.プロジェクト設定サンプルファイルをリファレンスファイルへアライメントしMutation検出を行う前に必要に応じてRun設定を変更できます。Run設定には解析設定と出力/表示設定があり、解析設定ではクオリティの低いトレース末端をMutation検出対象領域から除外したり、Mutationの検出閾値を設定することが可能です。解析設定はプロジェクトのRun前にしか行えません。出力/表示設定はRun後も変更可能です。Directionsタブ、Othersタブ)で構成されています。DNAメチレーション解析や低頻度変異解析を行う際は設定を変更する必要があります。ソフトウェアの最も特徴的な機能の一つに、サンプルトレース(シーケンス波形データ)とリファレンストレースデータを直接比較する独自技術の「アンチ・コリレーションテクノロジー」とマルチステップアライメントアルゴリズムがあります。これらの機能によりサンガーシーケンストレースデータからSNP、Indel、重複、モザイクやヘテロプラスミーに関連する低頻度DNAバリアントを迅速かつ正確に検出できます。サンプルトレースにおいて2つのSNPが検出されています。Surveyor®のアンチコリレーションテクノロジーにより、サンプルトレースとリファレンストレースのピークプロファイルが異なると認識された箇所が、画面中央段のMutationトレースにピークとして示されています。SurveyorプロジェクトのRunが終わると、画面が自動的にグラフィカルアナリシスディスプレイ(GAD)に切り替わります。GADは中央のトレースフレーム(リファレンストレース、サンプルトレース、Mutationトレース)と下部のMutationテーブル、ナビゲーターと各配列/トラックフレームで構成され、必要に応じて表示を切り替えられます。検出されたMutationはMutationトレースとMutationテーブルで確認できます(下図)。各フレームは連動しているほか、トレースフレームと配列/トラックフレームはマウス操作で拡大縮小・スクロールでき直感的な操作が可能です。縮小表示しトレース全体を俯瞰したトレースフレーム。青矢印がMutationトレース。Mutation(ここでは一塩基置換)が検出された位置にはピークが立ちピーク横に各スコアが表示されています(赤矢印)。(図をクリックすると拡大します)MutationテーブルのMutationをダブルクリックすると、選択したMutationの位置がMutationトレース上で拡大表示され各トレースのピークが確認できます。