大人顔負けの推理力と洞察力を併せ持ち、「日本警察の救世主」とまで言われる活躍をみせていた。5]、そこで謎の組織の取引現場を目撃する。取引の模様を見るのに夢中になっていた新一は、組織のもう1人の仲間によって背後から殴り倒され、口封じのために毒薬を飲まされる。組織も知らなかった薬の副作用によって神経を除いたすべての組織が退行し、小学1年生の体となってしまう。新一は、自分が生きていることを組織に知られたら再び命を狙われ、周囲の人間も巻き添えにしてしまうと隣人の阿笠博士から助言を受ける。6]、蘭の父・毛利小五郎が探偵であることから謎の組織の情報が得られると考え、蘭の家に居候する。以後、コナンは周囲で次々に起きる事件を持ち前の推理力や、阿笠の開発した万能アイテムを駆使して解決していく。同時に、元の身体を取り戻すために謎に包まれた黒の組織の陰謀を追っていくことになる。