進行方向からR008編成+R231編成。発条転轍器の反位側からの通過だが、鎖錠装置付のため事前に手動解錠操作が必要であり、これを失念したものである。運転士からは鎖錠の状態が確認出来ないことから、鎖錠解錠の確認は派遣駅長が行うべき業務である。工務区副長は直前の業務を中断し、携帯電話で助言をしつつ自動車で現場に向かったが、事故には間に合わなかった。789系1000番台は同系基本番台やキハ261系・キハ281系・キハ283系とは異なり、製造当初から貫通路部分が乗務員室内の領域で完全に仕切られているため一般客の立ち入りは元からできない構造となっている。新夕張駅に臨時停車し代行バスに乗り換える処置がなされた。