「黄金の種族」の呼びかけに各種族は応え、宇宙への進出を果たした。最後に進出を果たした人類は「鉄の種族」と呼ばれた。その後、遥かな時が流れた時代、人類はより強大な種族である「銀の種族」らの脅威にさらされ、存亡の危機を迎えた。王女ディアネイラは人類存続をかけ、王家に代々伝わる「黄金の種族」からの予言をもとに、遥かなる銀河へ旅立つ。一人の少年と出会った。魔法学校を無事卒業した子供のネギ・スプリングフィールド。ネギはニッポンにある麻帆良学園中等部で教師をすることになった。日本の片隅に浮かぶ竜宮島に、ある日突然、不思議な声が響き渡った。「あなたはそこにいますか...」そしてその瞬間、謎の敵によって竜宮島は襲撃される。島に暮らす少年・真壁一騎は、切り札として用意された兵器・ファフナーに乗り込み戦うことを決意するのだった。