大島口にて幕府軍が周防大島を占領するが、高杉率いる海軍の夜襲によりあっさり撤退。幕府軍残党の掃討戦となる。石州口では大村益次郎率いる長州軍が善戦し、城を奪取して圧勝。芸州口では両軍共に一進一退の膠着状態となる。九州との境目である小倉口でも膠着状態となるが、将軍家茂薨去の知らせが入ると総督の小笠原長行が戦線離脱、幕府軍も順次撤退し8月に休戦を宣言。長州藩の勝利に終わった。長州軍約4000人の20倍以上の兵力と500万両とも言われる莫大な戦費を浪費した上での敗北であり、幕府の権威は地に落ち全国諸藩からも白い眼で見られるようになる。崖っぷちに立たされた幕府では徳川慶喜を15代将軍にとの声が高まるが、慶喜は固辞。何度も要請を受け、自分のやりたいように出来る状況が整った上で12月に征夷大将軍に就任する。ここで幕府にとって予想外の重大なアクシデントが起こる。慶喜将軍就任から20日後に、佐幕派だった孝明天皇が崩御。急な死だったため、当時から暗殺ではないかとの憶測が立ったが、現在の定説では病死説が有力視されている。詳しくは原口清の著作を参照。年が明け慶応3年1月、睦仁親王が践祚(天皇就任)。ら薩摩首脳陣が再度諸侯による会議を画策し、参預会議時のメンバーが再び京都に集まる。久光ら諸侯は長州問題を先に処理すべき、即ち赦免すべきと主張するが、慶喜は兵庫を先に解決すべしと対立。慶喜の巧みな話術に全員圧倒され会議はなし崩しとなる。同時に兵庫開港の勅許を独断で取得し、政治力を見せ付ける。幕府がフランスの援助を得て軍事改革を進め、長州と薩摩を滅ぼした後に藩を郡県制に、征夷大将軍を大統領にそれぞれ改めようとしているという噂が聞こえるに及び、西郷らは話し合いによる政体変革は不可能と判断し、武力討幕に向けて動き出す。ここにおいて大久保の朝廷側パートナーである暗黒卿、岩倉具視が登場する。岩倉は討幕の大義を得る為、討幕の密勅を作成する。作成に当たっては岩倉の国学の先生だった玉松操が草案を書き上げた。操と言うとるろうに剣心を思い出す人がいるかも知れないが、この操は立派なお爺ちゃんである。この密勅だが、トモミ&ミサオによる二次創作、すなわち偽勅である。(た)リ、是賊ヲ討タズシテ、何ヲ以テ上ハ先帝之霊ニ謝シ、下ハ萬民之深讎(しんしゅう)ニ報(むく)イン哉(や)。此レ朕之憂憤在ル所、諒闇(りょうあん)ニシテ顧ミザルハ、萬已(や)ムヲ得ザルナリ。