遥かな未来、銀河に進出した人類は、二大陣営に分かれて戦っていた。皇帝と貴族が支配する銀河帝国と、帝国から脱出した人々が建国した自由惑星同盟である。戦争は150年間膠着していたが、ラインハルトとヤンという若き英雄が相次いで両陣営に登場することで、歴史は大きく動き始める。帝国の貧しい貴族に生まれたラインハルトには母代りの敬愛する姉と、無二の親友がいた。彼が10歳の時に、姉が皇帝の後宮に収められたことを契機として、ラインハルトは軍人の道を歩み始める。それは、いつか皇帝から姉を取り戻す力を得るためだった。彼は親友と共に戦場で武勲を重ね、後に"常勝の天才"と呼ばれることになる軍事的才能と、皇帝の寵姫となった姉の後ろ盾により、20歳の若さにして帝国元帥の地位を手に入れる。皇帝はラインハルトが倒す前に自然死するが、その後に起きた帝位継承権争いの内戦にもラインハルトは勝利する。憎んできた大貴族達を滅ぼし、新皇帝を傀儡として、ついに彼は帝国の最高権力者にまで登りつめる。その内戦でラインハルトは親友を失い、それにより姉も彼と距離を置くようになる。ラインハルトは心の渇きを感じるようになり、まるでそれを満たそうとするかのように、亡き親友と約束した宇宙の統一へと邁進して行く。同盟に生まれたヤンは、歴史家を志す青年だったが、経済的事情により士官学校に入学する。軍で思わぬ功績を立てたヤンは宇宙艦隊の幕僚となり、ラインハルトが指揮する帝国軍との戦いで、劣勢な味方の全面的な崩壊を防いだことにより、若くして艦隊司令官に抜擢される。ヤンは、帝国軍の前線基地であるイゼルローン要塞を無血占領し、それに続く戦いで、またもやラインハルトの完全勝利を阻止したことで、"不敗の魔術師"と呼ばれるようになる。ヤンは民主主義を信奉していたが、同盟政府の腐敗や安全な場所にいる権力者が戦争を賛美することを嫌っていた。その一方で、ラインハルトが清廉な政治を行い、戦場では常に陣頭に立つことを高く評価して、その矛盾に悩むのだった。同盟軍の戦力はラインハルトとの戦いで著しく損耗してしまい、国防はヤンが占領したイゼルローン要塞とそこに駐留するヤン艦隊に託されるようになる。宇宙統一を目指すラインハルトは、要塞とは別方面から、圧倒的戦力で同盟領に侵攻する。ヤンは劣勢を覆すためにラインハルトとの直接対決を望み、彼を戦場に引きずり出すために、帝国軍の艦隊を各個撃破していく。ラインハルトはヤンの意図を見抜いたが、ヤンへの勝利に拘ってヤンと直接対決し、敗北寸前にまで追い込まれる。ところが、帝国軍の別働隊が同盟の首都を包囲したことにより同盟政府は停戦命令を出し、宇宙はラインハルトによって統一される。ラインハルトは傀儡としていた幼帝を廃して自ら皇帝に即位し、ヤンも軍を退役する。同盟領に進駐した帝国軍の司令官は潜在的な脅威としてヤンを排除しようとし、その意を汲んだ同盟政府までもがヤンの殺害を謀ったので、ヤンは同盟領を脱出してイゼルローン要塞を再占領し、宇宙に民主共和制の種を残そうとする。ラインハルトはそれを討伐するために出兵するが、ヤンは圧倒的な大艦隊を相手に善戦を続ける。すると、交戦中にラインハルトは熱を発して倒れ、ヤンとの会見を望むようになる。ヤンは会見に向かう途中でテロリストに暗殺されてしまい、ラインハルトは好敵手の死に失望して、そのまま軍を引き上げる。ヤンの死後、元戦災孤児であり、ヤンの被保護者だったユリアンが若くして後継者に選ばれる。ユリアンは、帝国と対等に交渉するには何らかの軍事的成果が必要であると考えていた。彼は、ラインハルトの本性が"戦士"であり、戦うことによって相手の意志の重さを測る人物であることを見抜いて、ラインハルトに最後の決戦を挑む。艦隊戦の最中、ユリアンはラインハルトの旗艦に乱入し、多くの味方の死と引き換えにラインハルトの前にたどり着いて、そこで力尽きて気を失う。すると、その姿に心を動かされたラインハルトは全軍に停戦を命令し、戦いは終結する。以前より謎の発熱を繰り返していたラインハルトは、もはや死を避けられないまでに衰えていた。ユリアンと数回の会談を重ねたラインハルトは、一星系での共和主義者の自治を認めた後に、崩御する。その時、ラインハルトは25歳。皇帝に即位して、わずか2年余りのことだった。