元命はのちに永宣旨を得て六年一任であった講師職を終身化した。)、以後喜多院が当寺の中核的塔頭となる。補任され、両職はその後、元命の娘婿円賢、次いで円賢子息寛賢と相承された。寺および寺領の支配権を掌握した。幡宮との関係は薄れた。当寺に所属する僧侶は八幡宮の僧を社僧というのに対して、寺僧という。「日出庄」─ひじのしょう。一つとして日出庄がみえる。紀半ばから豊後国司源兼季や知行国主藤原頼輔の乱妨、押領にあっていたが、このとき寺家の訴えにより院庁は寺家に返付するよう命じている。善法寺家の家領と同様になっており、これ以後、領家や預所が設置され、当庄でも建久九年(1198)三月二十七日の留守所下文(城内文書)や建暦元年(1211)十月二十七日付の預所下文(同文書)、寛喜三年(1231)九月十四日の領家安堵状(案、同文書)などが見られるようになる。(永弘文書)では日出庄は供米を四斗負担している。(石清水文書)では五十町である。あり独立した荘園としては扱われていない。地頭は相模守殿(北条貞時)で、得宗領となっている。時の施行状(草野文書)が出されている。