Twitterと、ユダヤ人で幼いころに母親と引き裂かれた悲しい過去を持つエリック(マイケル・ファスベンダー)。チャールズは強力なテレパシーを使うことができるミュータントであり、ミスティーク(ジェニファー・ローレンス)など自分と同じような能力を持つ者の存在に気付き始めていた。愛する母を殺した元ナチスでいまは邪悪なミュータント軍団の首領となったショウ(ケヴィン・ベーコン)を狙うエリック。彼もまた金属を自在に操ることができるミュータントだった。2人はふとしたことで知り合い親友となり、自分たちと同じような若者たちを探し始めるが、ミュータントと人間の平和的共存を願うチャールズに対し、母を殺された悲しみからパワーを覚醒させたエリックは人間不信に陥っていた。2人はCIAからショウ率いる邪悪なミュータント軍団が進める人類滅亡計画の阻止を依頼され、ショウが母親の仇であることを知ったエリックもチャールズとともに戦いに参加する。人類の存亡を賭けたミュータントとミュータントの壮絶な戦いのなか、ショウの邪悪な作戦に仲間を失い追いつめられるチャールズたちだったが...“宿命の敵”プロフェッサーXとマグニートーという2人のミュータントの若き日々と、X-MEN誕生にまつわる物語が描かれる。