1945年2月16日、福岡刑務所で獄死した(満27歳没)。獄中で注射を繰り返し打たれていたことから毒殺を疑う説もある[6]。絶命前に言葉を叫んでいるが、日本人看守には理解されなかった。尹東柱について書かれた伝記の中には、この言葉を朝鮮語であったろうと推測するものもある[7]。遺体は父が引き取り、龍井の東山教会墓地に葬られた。ともに投獄された宋夢奎も3月10日に獄死した。1968年には母校延世大学校において、尹東柱が暮らした寄宿舎の前に「尹東柱詩碑」が建立された。尹東柱を偲ぶ会は1992年2月16日が尹東柱を顕彰するために同志社出身のコリアン(南北・国籍・ニューカマー等問わず)を中心に組織された。主として同志社大学を中心に活動。会員は広く門戸を開いている。詩を愛する人、クリスチャン、歴史的な観点、等々様々な立場の人間が参加している。参加者は日本人・韓国人を問わず自由である。敷地の一部となっている。「詩人尹東柱の詩を決定づけた物証が、日本政府により禁止された母国語、朝鮮語による創作ノートで有った。同じ獄につながれた従兄弟宋夢奎(ソン・モンギュ)も骸骨さながらの状態で死に追いやられた。死ぬ日まで天を仰ぎ一点の恥いることもないことを葉あいにおきる風にすら私は思うわずらった。星を歌う心ですべての絶え入るものをいとおしまねばそしてわたしに与えられた道を歩いていかねば。風かすれて泣いている。葉あいにそよぐ風にもわたしは心痛んだ。星をうたう心で生きとし生けるものをいとおしまねばそしてわたしに与えられた道を歩みゆかねば。今宵も星が風に吹き晒らされる。