Abstract相同な遺伝子の進化的系統関係を明らかにするため、最尤法あるいはそれの一般化であるAICによる解析法を開発した。この方法で特に重要なことは、得られた系統樹がほかの系統樹にくらべてどの程度有意なものであるかを示す指標が得られることである。これまで適用範囲が塩基配列データに限られていたのをアミノ酸配列データにも適用できるようにすると共に、進化速度の不均一性を考慮した解析法を開発した。最尤法の抱える問題の1つに計算時間が非常にかかるということがある。そのためにこれの補助的な方法として、もっと簡便な節約配列法を開発し、シミュレーション実験により方法の有効性を評価した(長谷川、舘野)。シグナル伝達系のレセプターとGたんぱく質の分子系統樹を解析した。それぞれの系統で独立に色覚を進化させた可能性が高いことが明らかになった。EBウィルスの糖たんぱくとリンクプロテインが免疫グロブリン様配列をもつことを見出した。DNA複製エラーが分子進化に寄与する突然変異の主要因であるとの仮定のもとで、オスとメスの生殖細胞の分裂回数に差があると、突然変異率が染色体間で異なることを示した。同義座位での進化速度はこの考え方に一致するものであった(宮田、林田、安永)。世界各地の患者から単離されたヒトエイズウイルス(HIV)とアカゲザル、アフリカミドリザルなどのサルエイズウィルス(SIV)の塩基配列データから分子系統樹を推定し、これらのウィルスの進化的系統関係を推定した(五條堀、安永)。変化)を入力する方法を考察し、それに伴うたんぱく質の生物活性の変化を入力するデータファイルを作成した(次田)。