論文賞」を以下のようにご推薦致します。選考経過:以下の日程で、すべてメールベースで行った。担う微生物を明らかにするため、RNT関連遺伝子に注目しメタトランスクリプトーム解析の実験を行った。属およびGeobacter属由来であることを明らかにした。Gamma-Proteobacteriaの脱窒菌でN2までの還元が完結すると考えられてきたが、N2O還元からはAnaeromyxobacterが担う、複数の微生物による協業が示唆された。これらの知見は、従来の純粋分離された細菌に基づいたPCR解析では見逃されていたものである。水田土壌のみでなく、GeobacterやAnaeromyxobacterが高頻度に検出され一般環境への広がりが示唆されている。本研究がきっかけとなり、嫌気的な環境での窒素循環においてこれまで見落とされてきたDeltaproteobacteria細菌の生態学的な役割の解明へ向けて、大きな波及効果が期待される。Reportsに早々に引用されており、世界の微生物生態分野の研究にインパクトを与える成果である。実験的に困難な土壌メタトランスクリプトーム解析をRNT関連遺伝子に絞って徹底的に研究を実施した点は、アイデア、アプローチ、実験デザインの独創性が見られる。M&E論文賞に相応しいと評価した。選考委員会で挙げられた優秀論文について7名の選考委員による議論の過程で、以下の論文も候補に挙がりました。Environments論文賞選考委員会が選んだ優秀論文」として以下の7つの論文を併せて発表いたします。各優秀論文には各々の委員からのコメントが添えられています。125-132.水田は、湛水から乾土状態にまでダイナミックに変化する人工の生態系であり、連作障害を発生せず、作物生産に伴い土壌が富む理想的な栽培システムである。筆者等は水田からの水素生成および嫌気下における有機物分解に着目し、代表的な3種類の嫌気微生物を水田から分離、[FeFe]-hydrogenaseのパラログ遺伝子hydAの転写を単独条件と共生条件下で比較している。1つの菌株には複数のhydAが存在し、それらが役割分担を担っていること示している。硫酸還元細菌が単独で硫酸呼吸する場合と水素資化性methanogenと共生する場合で発現パターンが異なることは、微生物が生息環境に応じて巧みに生存戦略を切り替えることを伺わせる。転写制御機構や全体の代謝の中での位置付けなど不明な点も多いが、水田で生じている微生物を起源とする様々な現象を解明理解することは、純粋に楽しいと思う。網羅的ビックデータだけではおそらく見えてこない現象を、微生物を分離し丁寧な解析を進めることで微生物の生態(生き様)に迫っており、今後は両方の視点から微生物生態の理解が進められることに期待したい。sensing系によってphenazineの生合成を制御している。sensing系遺伝子を同時に破壊した変異株を作成してphenazineの生合成能の喪失を証明した。これらの実験内容および得られた結果から著者達の素晴らしい努力と執念が感じられた。系遺伝子がpathogenに対する抑制に重要であることを明らかにした。sensingの機構解明としての微生物生態学の基礎的で大きなインパクトにとどまらず、植物の病原菌の抑制技術への応用的価値も高いものと考えられる。現時点ですでに5件の論文から引用されており、本論文による当該領域の発展に資する波及効果も大いに期待される。133-141.病原菌(Alternariaという真菌)によるキャベツ苗の病気を防ぐバクテリアの単離を行った論文である。単離株は新規なStreptomyces属放線菌であり、その効果は非常に高く、接種量を増やすとほぼ完全に病徴が抑制された。放線菌であるため胞子を利用することが可能であり、保管条件にそれほど気を使わなくても活性を長期に渡って保てるという実用上のメリットも期待される。スクリーニングに使ったのは、取扱いの容易なモデル植物ではなくキャベツであり、また数多く(80近く)の候補株をテストしているので、その労力は大変なものだったろうと想像する。論文で提示されたデータを見ると実用化にかなり近い段階にあると感じる。本菌株は、Alternariaの胞子の発芽抑制や菌糸の伸長抑制といった活性は示さなかったことから、どのようにして病原活性を抑制しているのかという基礎研究的な側面からも興味深い。174-179.本論文は、抗生物質耐性菌および耐性遺伝子の環境中での挙動を明らかにしたものである。多剤耐性菌が医療現場では極めて深刻な問題を引き起こしつつあり世界的に最重要課題の一つであることは周知の通りである。したがって、多剤耐性遺伝子の挙動を正しく理解することは、今後の対策を構築する上で重要な点である。そこで、著者らは、海洋環境中における原生動物の捕食という、実環境中において微生物のポピュレーションをコントロールしている主要因子が,多剤耐性遺伝子の挙動(捕食圧下における安定性や耐性遺伝子の放出)に与える影響を評価した。結果として、捕食圧下においてもある一定の割合で耐性遺伝子は安定して保持され続けることから、海洋環境が多剤耐性遺伝子のリザーバーとして機能するという結論が得られている。これまで抗生物質耐性菌そのもの挙動を評価する研究は盛んにおこなわれているものの、実際の環境中での抗生物質耐性菌や耐性遺伝子の挙動や安定性を正しく評価する研究は少ない。したがって、新しく重要な視点を提供するという本論文の意義は高いものと考える。88-91.微生物生態学において、バイオフィルムの形成機構や機能の解明は最重要課題の一つである。本論文の著者らは、同課題においてこれまでに数多くの優れた業績をあげてきた。その背景には、著者ら自身が新たなデバイスを開発し、それによって、これまで困難であった観察・計測を可能にしてきたという事実がある。Device」の開発を報告している。市販の両面テープ、カバーガラス、シリコンチューブなどの入手容易で安価な材料を用いたデバイスであり、汎用性が高い。観察には高価な共焦点レーザー顕微鏡や共焦点反射顕微鏡が必要であるが、得られる見返りは大きいであろう。した手法開発の論文の本誌への掲載は歓迎すべきことで、特に高く評価したい。thaliana(シロイヌナズナ)はアブラナ科のモデル植物である。本論文では、窒素栄養として与えられる硝酸態窒素の量の違いによって、シロイヌナズナの根の細菌群集構造が変化することが明瞭に示されている。蓄積されてきた知見と材料が活かされている。根の細菌群集構造とそれに対する硝酸態窒素影響について、NLP7やTCP20(いずれも硝酸応答遺伝子群の転写因子)の遺伝子変異系統と野生型植物の間で大きな相違がなかったことは、期待はずれであったかもしれないが、その分、大発見につながることが期待できるだろう。硝酸態窒素量に依存的な根の細菌群集構造の変化について、高等植物における共通性が議論されているのを興味深く感じた。データの質と量、考察、など、あらゆる面で、手本の一つとしたい論文である。pseudotrichonymphaeがホストとなっているファージであった。(CAG)に依存してタンパク質を翻訳していることや、当該環状ファージの一部とホストのプラスミドとの遺伝子交換現象の可能性が示唆された。ファージの多階層のダイナミックな生態系の存在が明らかになった。防御について得られたデータから議論されていることも好感が持てる。本論文は、培養できない絶対共生細菌のファージ研究に一石を投じた論文で、微生物生態学や共生生物学の領域で新規性の高い発見である。