日本最大のマングローブ林、サンゴ礁など豊かな自然環境からなる亜熱帯地域特有の自然景観と、そこに暮らす絶滅危惧種や固有種を含む様々な動植物、そしてこの自然環境の中で日々育まれてきた伝統が息づく人文景観が特徴です。公園の総面積は122,150ha(陸域:40,653ha、海域:81,497ha)で、西表島のほぼすべてが国立公園に指定されています。生態系(西表地区)イタジイやオキナワウラジロガシなどの常緑広葉樹林、アダンやオオハマボウなどの海岸林、オヒルギやヤエヤマヒルギなどのマングローブ、多種多様な造礁サンゴなど、山から海への多様な生態系が密接に関連し、連続性を持った豊かな自然環境が特徴です。動物イリオモテヤマネコやカンムリワシ、セマルハコガメなどの様々な動物が生息しています。砂浜はウミガメ類の重要な産卵場所となっています。植物ヤエヤマカンアオイやイリオモテガヤ、ヤエヤマヤシ、サキシマハブカズラなどの希少な植物が自生しています。河口部には日本最大のマングローブ林が広がります。国立公園とは日本を代表する自然の景観地として、自然公園法という法律に基づいて国の指定を受け管理されています。国内には34か所(令和元年11月時点)の国立公園があり、その総面積は約219万ha、国土面積の約5.8%を占めます。国立公園設置の目的は自然環境の保全と適正な利用の促進であり、そのために様々な取り組みが行われています。ゾーニング国立公園では、その自然状況や使われ方により区域分けを行ってどのように保護していくか定めています。規制は特別保護地区が最も厳しく、普通地域になるに従って緩やかになります。※普通地域では、一定規模以上の行為について事前に「届け出」が必要になります。