ペガサスの陰謀を知った海馬は、コンピュータネットで遊戯のデュエルに介入しようとしたが、ペガサスに阻まれる。千年パズルを完成させたことにより、≪闇遊戯≫という、もう1人の人格を呼び覚ました武藤遊戯。海馬コーポレーションの社長にして決闘者(デュエリスト)の頂点に君臨する海馬瀬人や、仲間たちと数々の死闘を繰り広げたが、過去との因縁により、もう1人の自分との闘いを余儀なくされ、遊戯と闇遊戯はついに決別し、別々の道へ旅立つこととなった――。して、闇遊戯との最後の決闘を終えて、日常を取り戻したかに見えた遊戯たち。その前に現れた謎の少年≪藍神(あいがみ)≫。世界中で次々と起こる謎の失踪事件。千年パズルを探し求める海馬。ペガサスの城の前で、海馬が遊戯を待っていた。モクバを救うために、遊戯を倒しペガサスと戦いたい海馬。遊戯たちの前に現れた梶木漁太は海のデッキを操るデュエリスト。遊戯と孔雀舞のデュエル開始。眼前のペガサスが気になりデュエル集中できない遊戯を舞が一喝。銀幕の鏡壁、誘惑のシャドウを繰り出す舞の攻撃で、遊戯は絶体絶命の危機に陥る。本田は獏良の力の源・千年リングを棄て、モクバの救出にも成功。闇の魔力の前に表遊戯が力尽き倒れてしまった。杏子たちは闇の中の遊戯を必死で応援する。遊戯は、ペガサスが残したもうひとつのゲーム「ダンジョン・ダイス・モンスターズ」での闘いに引き込まれる。御伽が勝ったら、遊戯は二度とデュエルモンスターズをプレイしないと約束する。慣れないゲームに苦戦する遊戯。遊戯に新しいモンスターを召喚するためのスペースは残されていない。遊戯の祖父・双六が持つ町レアカード「青眼の白龍」を狙い海馬がデュエルを仕掛けてきた。倒れた祖父に代り遊戯が立ち向かう。全国大会の優勝者・インセクター羽蛾と遊戯のデュエル。独特な王国でのルールにてこずる遊戯は、羽蛾の昆虫カードに追い込まれていく。ペガサスから刺客・物真似師が差し向けられた。海馬の姿と声に遊戯は動揺する。海馬の青眼の白龍が遊戯に襲い掛かる。