フルダイブ機能を排除しAR機能を最大限に広げた次世代デバイス≪オーグマー≫が爆発的にヒットした。その人気を牽引したのは≪オーディナル・スケール≫という専用ARMMORPG。アスナたちもプレイするそのゲームに、キリトも参戦しようとするが......。2022年、次世代ゲーム《ナーヴギア》が開発され、仮想空間へのフルダイブが実現した。《ナーヴギア》初の本格的なVRMMORPG「ソードアート・オンライン(SAO)」は世界の注目を浴び、「SAO」正式サービス開始日、プレイヤーのひとりであるキリトは仮想世界を満喫する。「SAO」の開発者・茅場明彦は、全てのプレイヤーたちにこう宣言する。このゲームはクリアするまで脱出不能、そしてゲームオーバーは現実での死を意味する、と。クジラが見たいというユイのために《ALO》での水中クエストに挑むことになったキリトたち。以外にもリーファ......直葉は水が苦手だったのだ。アスナたち女性陣は、現実世界のプールで直葉の水泳特訓をすることに。同じ頃、キリトはある人物と対面していた―――。デスゲームが開始されてから一ヶ月が過ぎ──2022年12月。二千人ものプレイヤーが命を落としていた。βテストでの経験を活かし、キリトは単独で迷宮に挑むが、命懸けの戦いに苦戦を余儀なくされていた。百層に及ぶ《アインクラッド》の第一層すら突破できぬ中、第一層のボス部屋を発見したという男・ディアベルが、プレイヤーたちに呼びかけてボス攻略会議を開催。会議に参加したキリトは、あるソロプレイヤーとパーティーを組む。”の究明に取り組むものの、自分たちの目の前で新たな被害者を出してしまう。カインズら被害者の共通点は、すでに解散したギルド《黄金林檎》のメンバーであること。元《黄金林檎》のメンバー・シュミットは、今は亡きリーダーのグリセルダが幽霊となってかつての仲間たちに復讐しているのだという。この電脳世界で幽霊という不確かなものが存在するのか──。間、血盟騎士団から距離を置きたいというアスナ。キリトはアスナの自由を賭け、アインクラッド最強の男と名高い血盟騎士団団長・ヒースクリフとデュエルで決着をつけることに。団長の強さを知るアスナはキリトの身を案じるが、簡単に負ける気はないと、キリトは笑ってみせる。大観衆の中、ユニークスキル≪神聖剣≫の使い手・ヒースクリフと≪二刀流≫使い・キリトの一騎打ちが幕を開ける。ユイの保護者を捜しに≪はじまりの街≫へ向かったキリトとアスナは、≪軍≫の管理者・シンカーが迷宮に置き去りにされたと聞き、彼の救出を引き受ける。依頼者のユリエールと強引についてきたユイとともに、第一層の地下ダンジョンに潜るキリトとアスナ。一行は≪安全エリア≫に避難していたシンカーを発見するが、そこには思わぬ敵が待ち構えていた。適わないと悟ったキリトは、アスナやユイたちだけでも逃がそうとするが......。湖畔で釣りをしていたキリトは、年配のプレイヤー・ニシダに声をかけられる。釣りが趣味だというニシダと意気投合したキリトは、彼に協力して湖に生息するというヌシ釣りに挑むことに。常に最前線で戦いに明け暮れていたキリトとアスナは、ニシダたちとの出会いを通じ、日々を懸命に生きる普通の人々の存在を実感する。トッププレイヤーである自分たちの責任を痛感する2人のもとに、一通のメッセージが届き......。第七十五層のボス≪スカル・リーパー≫攻略戦は想像を絶するものとなった。転移結晶が無効化された空間で、次々と命を散らしていく歴戦のプレイヤーたち。≪スカル・リーパー≫を撃破したものの、多大な犠牲を支払った≪攻略組≫の面々の表情は暗い。この先の攻略の厳しさを予感し、打ちひしがれる彼らをヒースクリフは静かに見守る。ヒースクリフとの死闘のすえ、キリトこと、桐ヶ谷和人は現実世界へ帰還した。同時にデスゲームを生き残った者たちも生還するものの、アスナをはじめ300人のプレイヤーたちは意識を取り戻さず、眠りつづけている。それから2か月後、アスナ──結城明日奈に会いに病院へ赴いた和人は、同じく見舞いにやってきた明日奈の父・彰三と彼の部下・須郷伸之と遭遇。須郷が昏睡状態の明日奈と1週間後に結婚すると知り──。