平成10年に長崎ロープウェイおよび長崎水族館の運営母体であった民間会社が解散し、両施設は長崎市に無償譲渡されました。これに伴い、ロープウェイ施設の管理運営受託を目的に、同年、長崎市の100%出捐により「財団法人長崎ロープウェイ」が設立され、営業を開始しました。平成12年に「財団法人長崎ロープウェイ・水族館」と改称し、平成13年には長崎市から長崎ペンギン水族館の管理運営を受託し、同年に営業を開始しました。平成18年4月からは長崎市の指定管理者として指定を受け、長崎ロープウェイおよび長崎ペンギン水族館施設の管理運営を行っています。