原作の鬼太郎作品には、第1話から「異形の存在」は描かれているが、当初は「妖怪」という呼称での存在としては登場しておらず、「妖怪漫画」として定着するまでには幾つかの経緯が存在する。ここでは柳田國男の『妖怪談義』に収録された「妖怪名彙」に載る妖怪が現れるが、名前だけで姿はほとんど描かれていない。1965年から『週刊少年マガジン』に「墓場の鬼太郎」の掲載が始まるが、この段階でも「妖怪」としては殆ど明確に言及されておらず、戦う敵の吸血鬼や夜叉も、怪奇的フィクションのキャラクターや怪物などを元のイメージとして描写されている。完全に「妖怪」として登場し始めるのは「妖怪大戦争」の回を経た1966年から、テレビアニメ化を翌年に控えた1967年に掛けてである。水木しげるは、この時期に藤沢衛彦の『妖怪画談全集』や鳥山石燕の『画図百鬼夜行』に出合ったとされる。鬼太郎は徐々に妖怪との対決路線へ変化し、「ゲゲゲの鬼太郎」改題後はより顕著となる。妖怪に物語を与えて敵役の妖怪へと登用していった。一方で、水木はこの頃について「まだ妖怪といったものが、皆さんに分かっていなかったから大変だった。ヒーローの敵として御登場願うしかなかった。」と回想しているように、連載当初は、日本古来より漠然と表現されてきた「妖怪」という言葉も概念も、一般的には余り知られてはいなかった。妖怪が本格的に浸透し始めたのは、鬼太郎より前にテレビ化を果たした『悪魔くん』や当時の怪獣ブーム等の下地を経て、大伴昌司により『少年マガジン』を中心にして展開された「妖怪画報」等の影響が大きかったともされている。鬼太郎のヒットとメディア戦略の足並みが揃ったことで、従来の伝承にあった「妖怪」の概念は波及し、妖怪ブームや鬼太郎の長期シリーズ化へと繋がっていった。作品のストーリーの多くは、鬼太郎が毎回新たな妖怪と対決するという話であり、前後の話や別シリーズとの繋がりは余り意識されていない。時には大きく矛盾する展開もあるが、鬼太郎や妖怪の基本設定は概ね一貫している。