平井(中村俊介)は、事故死に見せかけて3人の妻を殺害した。その平井が、右京水谷豊)と亘(反町隆史)を脅迫罪で警視庁に告訴。自白が強要されたものだったと言うのだ。特命係に恨みのある亘と同期の青木(浅利陽介)が、これまた特命係に恨みのある法務省の日下部(くさかべ)(榎木孝明)に特命係が告訴されたことを報告する。これ幸いと、日下部は、事件の捜査指揮権を検察官の田臥(たぶせ)(田辺誠一)に、恨みのある右京を違法捜査で立件しろと頼む。田臥は昔かわいがっていた亘も道連れになるがいいのか?と驚くが、結局引き受ける。田臥は、右京と亘に近づき平井を逮捕した経緯を聞く。右京が平井があやしいと思ったのは、雑誌週刊フォトスの記事がきっかけ。右京は、フォトスの葬儀特集に平井の妻がでていたのを思い出し、その平井の新しい妻がまた死んだというニュースをテレビで見たのだった。平井に会いに行く右京と亘。結局、平井の過去3人の妻殺しを特命係に暴かれ逮捕。亘は田臥に自分たちは平井を脅迫はしていないと主張する。ところかわって、告訴状の行方。平井の弁護士・慶子(中村ゆり)が平井に頼まれて警視庁に出した告訴状は結局無視されていた。慶子は、その後、告訴状を検察に提出し受理される。これは、実は検察の田臥の指示。受理するから検察に提出しろと慶子に頼んだのだった。右京と亘は、警視庁の3階でまだ拘留されている平井に会いに行く。平井は、どうせ受理されないだろうが意思表示で告訴したと右京達に言う。検察官の田臥は、社(やしろ)(仲間由紀恵)、小料理屋「花の里」の女将の幸子(鈴木杏樹)にも会いに行き特命係について聞き出そうとするが使えそうな情報はなかった。違法捜査の証拠がない田臥は、日下部に、自分を平井事件の検事担当にしてくれと言う。その後、平井事件の担当となって指揮権を得た田臥は、捜査一課の伊丹(川原和久)と芹沢(山中崇史)を捜査から外そうとする。衣笠(大杉漣)の検事のいうことなんかを聞くことないと拒否。捜査に伊丹達は残ることになった。平井の勾留期限はこの時点でまだ2週間以上ある。捜査会議で、平井の犯罪の証拠あつめをするよう、みんなに指示する田臥であった。(目的は、特命係の立件)田臥は、捜査会議の後、右京と亘に遭遇。亘は、「捜査に協力する」と田臥に言う。田臥は、「捜査権のないあなた方を参加させるわけにはいかない。特命係の右京と亘を捜査から閉め出し、捜査権を持たない特命係が指示に反して捜査を行った場合、それを違法行為として立件するという作戦だ。右京と亘は、「おとなしくひきさがらない」と話す。そんな中、副総監の衣笠(きぬがさ)(大杉漣)は甲斐(石坂浩二)に、特命係の指揮統括をお願いする。甲斐は、「さしずめ2人が問題を起こした時の、万が一の時の保険って事だね。特命係に恨みのある法務省の日下部(くさかべ)日下部は、亘の元上司であり亘をとてもかわいがっていた。目を掛けていた女性検察官を右京が辞職に追いやった一件から関係が変化。右京を敵視し、亘のいる特命係を廃止に追い込もうと策謀を巡らせる。これがなかったら今頃安泰なのに。