Library)には、fsl_subというプログラムがあります。これは並列処理をするためのプログラムですが、基本、クラスターコンピューティングを想定しており、CPUによる並列処理に対応していません。Rorden先生が、CPUでの並列処理に対応したfsl_subを公開されています。CPUでの高速化の手順を研究室の黒下君がまとめてくれましたので、公開します。使いたいGPU計算ソフトがCUDAの特定のバージョンでしか動かないことがあると思います。CUDAのバージョンの切り替え方を書いておきます。切り替え先のバージョンがインストールしてある必要があります。現在のCUDAのバージョンを確認します。リンクを切り替え先のバージョンのインストール場所に変更します。/usr/local/cuda切り替え後のバージョンを確認します。-Vなおrebootは不要です。updateされました。そこで、かねてから話題になっていたことですが、ついにUbuntuがWindowsに搭載されました。ここ数年Ubuntuユーザーである私からしたら、別にどうってことないんですが、これはWindowsで画像解析をやってきた方々には、すごく意味のある変化です。Windows上でFSLが動かせる可能性が出てきたということですので。人柱的にやってみました。Updateの入手(2016年9月9日現在、これはもうしなくて大丈夫です)まずはこれをしないことには話がはじまりません。10の「設定」→「更新とセキュリティ」に進んだ後、一番下にある「詳細情報」をクリックします。すると、Windows10の更新履歴のページが立ち上がるはずです。Updateを入手する」とありますので、素直にクリックします。するとアップデートがはじまります。素直に従えば30分程度ですべて起動するはずです。再起動後、スタートボタンを右クリックし、コントロールパネルを開きます。「プログラム」→「Windowsの機能の有効化または無効化」をクリックします。Linux(beta)のチェックボックスにチェックを入れて「OK」とします。再起動を求められますので、再起動します。次に、また「設定」→「更新とセキュリティ」に行きます。左側のメニューに「開発者向け」というものがあります。そこをクリックし、出てきた画面で、「開発者モード」を選択します。再起動を要求されますので、再起動します。次に、Xmingを入手します。最新版はお金を寄付しないと入手できないようなので、無料版を手に入れます。こちらから入手できます。インストールはシンプルです。すべてデフォルトのままでOKです。いっても何もおきません。Windowsの右端のタスクバーを見ると、そこにちゃっかりといます。Server:0.0となっています。この0.0をあとで使います。bashの起動ここまで来たら、bashを起動します。Windowsからコマンドプロンプトを起動します。すると、コマンドプロンプトが起動します。そこでbashとタイプしてください。答えると、bashのインストールがはじまります。そのうちに、ユーザー名とパスワードを設定するようにたずねられますので、それぞれ設定してください。14.04となります。FSLのインストール次に、FSLをインストールします。下記をそのままコピペしてください。最後に以下をタイプしてください。DISPLAY=localhost:0.0という2行を.bashrcというファイルに書き込みます。最初の行は、FSLの起動のために必要なコマンドで、2行目は、GUIを起動するためにbashにXmingがどこにあるかを伝えています。0.0は先ほどXmingで確認した数値です。自分の環境で異なっていたら適宜修正してください。一度bashを終了します。exitとタイプしてください。すると普通にコマンドラインに戻るので、改めてbashとタイプしてください。そのうえでfslとタイプすると、FSLが起動しないでしょうか。fslviewでFSLViewも起動します。今後、いろいろ動きが起こりそうです。ここ最近何回かやってきたシェルスクリプトの講習会などもより意味を持つようになってきますね。courseのスライドおよびデータセットを公開してくださっています。ここで勉強しているときに、さりげなくシェルスクリプトのチュートリアルもあることが気になっていました。先日、時間をとってこのチュートリアルを丁寧に見ていったところ、非常に勉強になることが多く、シェルスクリプトの理解が深まりました。Smith教授の承諾を得て、このチュートリアルを翻訳させていただきました。オリジナルのサイト自体は、スライド形式になっており、レクチャーと演習部分にわかれています。翻訳していく段階でこれを完全に模倣するよりは、レクチャーと演習をそれぞれ別の媒体として準備するのも勉強するのには都合がいいかもと考え、それぞれ別のPDFを準備しました。関心のある方は、以下のリンクからPDFをご覧いただけたらと思います。