増やし有害菌を減らす腸内フローラのバランス改善作用の結果、有害菌が作る様々な有害物質の生成も抑制されます。実際に、はっ酵乳や乳酸菌飲料に使われている乳酸桿菌を飲用すると、インディカン、P-クレゾールが、ビフィズス菌を飲用するとアンモニア、インディカンが有意に減少しました。健康成人に乳酸桿菌を1日100億個以上、5週間飲用させたところ、飲用期中の尿中インディカンとP-クレゾールが非飲用期に比べて有意に減少しました。インディカンインドールは、腸内でたんぱく質からつくられる有害物質で、肝臓で解毒されてインディカンになり尿中に排泄されます。尿中インディカン量を測定することにより、腸内インドール量を推定できます。P-クレゾール腸内の有害菌によってたんぱく質からつくられる発がん促進物質です。健康成人にビフィズス菌を1日100億個以上、5週間飲用させたところ、飲用中の糞便中のアンモニアと尿中インディカンが非飲用期に比べて有意に減少しました。アンモニアアミノ酸から腸内菌によってつくられる有害物質です。アンモニアは、血液中に入って脳に達すると、肝性昏睡といった病気を起こすことがあります。