ターゲット塩基配列ファイル/プライマー情報ファイル指定画面プライマーセット生成を行うためのターゲット塩基配列をファイルから読み込ませます。ファイル形式は、以下の塩基配列フォーマットに対応しています。テキスト形式(配列のみ)FASTA形式GenBank形式マルチプルアライメントファイル形式ターゲット配列保存ファイル形式[参照...]ボタンを押し、ターゲット塩基配列ファイルをご指定ください。プライマー設計画面で保存されたターゲット配列保存ファイルを再利用出来ます。ここでは、使用するパラメータセットを以下のタイプから選択出来ます。自動判定ターゲット配列のGC含有量に応じてパラメータの初期設定値を変化させます。GC含有量が45%以下の場合は”ATリッチ”時のパラメータを、60%以上の場合は”GCリッチ”時のパラメータを、それ以外の場合は”通常”時のパラメータを適用します。標準的な設計を行う際のパラメータです。ユーザ指定[参照...]ボタンを押し、パラメータファイルをご指定ください。指定されたパラメータファイルの値を初期設定値とします。プライマー詳細設計画面で保存されたパラメータを再利用出来ます。ターゲット塩基配列ファイルを選択し、[プライマー設計]ボタンを押すと、簡易設計画面へ、ターゲット塩基配列と同時にパラメータファイルを選択し、[プライマー設計]ボタンを押すと、詳細設計画面に遷移します。プライマー設計画面プライマー生成を行うための操作の基本的な流れはこのようになります。[Generate]ボタンを押して、プライマーを生成します。[Display]ボタンを押して、プライマーの一覧表示を行います。各構成部品についてターゲット配列表示エリア塩基は基本的に大文字で表記します。マルチプルアライメントデータで欠損部位がある場合は、その部位の前後の塩基が小文字表記になります。選択操作時に、InternetExplorerではブラウザの制約により「一部の文字をマウスで選択しようとすると自動的に選択範囲が広がる。」という事象があります。InternetExplorerで一文字ずつ選択する場合には、Shiftキーを押しながら、カーソルキーで文字を選択してください。メッセージ表示エリア設計の結果や、エラーメッセージなどを表示します。プライマーセットの生成を行います。生成されたプライマーセットより、簡易用の絞り込みを行うので、最大5件生成されます。プライマーの一覧表示画面をWebブラウザの別画面で表示します。詳細設計画面に遷移します。本ソフトウェアでは突然変異部位と指定した領域を避けてプライマー候補を生成します。塩基配列をマウスで選択し、[Mut/Cons]ボタンをクリックすると、配列の下の[*]表示が[-]に変わります。その[-]の領域が突然変異部分と認識されます。[Clear]ボタンで初期状態に戻ります。任意のプライマー位置を指定し候補を生成します。塩基配列をマウスで選択し、ボタンをクリックすると、プライマー指定位置が表示されます。画面上のターゲット配列や、それに付随する情報を、ファイルとして保存します。保存されたターゲット配列情報を使用して、再設計を行うことが出来ます。共通プライマー/特異プライマーが設計出来るような条件を自動的にセットします。Default通常プライマー設計。Common共通プライマー設計。Specific特異プライマー設計。各構成部品についてターゲット配列表示エリア塩基は基本的に大文字で表記します。マルチプルアライメントデータで欠損部位がある場合は、その部位の前後の塩基が小文字表記になります。選択操作時に、InternetExplorerではブラウザの制約により「一部の文字をマウスで選択しようとすると自動的に選択範囲が広がる。」という事象があります。InternetExplorerで一文字ずつ選択する場合には、Shiftキーを押しながら、カーソルキーで文字を選択してください。メッセージ表示エリア設計の結果や、エラーメッセージなどを表示します。ターゲットレンジ指定の取り扱い(ターゲットレンジについて)。Rangeターゲットレンジ指定を無効にします。F2-B2ターゲットレンジがF2-B2間(F2、B2自身を含む)の範囲に含まれます。F1c-B1cターゲットレンジがF1c-B1c間(F1c、B1c自身を含まない)の範囲に含まれます。プライマーセットの生成を行います。プライマーの一覧表示画面をWebブラウザの別画面で表示します。別画面に表示するプライマー一覧のページを指定します。プライマーセットの出力順序を指定します。Dimerダイマー安定性、ダイマー形成能が低い順。5'positionプライマー位置、F2の5'末端の位置がターゲットの5'末端に近い順。range増幅領域長、F2-B2間の領域(プライマー自身を含む)が短い順。order]突然変異部位を含むプライマーが少ない順。order]突然変異部位を含むプライマーが多い順。stability末端安定性の低い順。