Protein結構ガシガシ合わせにいきます。リストレインをかけずにフィッティングしているのだと思います。refinementを3残基ごとに実行してくれます。Proteinほど危なげがないです。Restrainsを効かさないと大変なことになるかもしれません。Plotペプチド結合を修正します。一度流すと選択した分子の全ての残基を修正するので注意が必要ですが、側鎖は基本的にはいじらないので(見てたら少し修正されているのもあった)、そんなに大変なことにはならないと思います。修正が始まると終わるまでは何もできませんので大きい分子の場合は注意してください。1残基1秒程度で処理されますが1500残基ほどあると30分ぐらいかかります。Selection指定された残基番号の電子密度を使ってマスク用のマップを作成します。Molecule指定したマップをコピーします。Contourを変えてマップを重ねたいときに便利。Map指定したマップをファイルに書き出します。Maps表示している電子密度の色を一段階明るくします。見にくいなーというときにどうぞ。Map指定したマップをディファレンスマップとして扱います。位相付きMTZファイルで電子密度を描いたときは、Fo-Fcマップをちゃんとディファレンスマップとして認識してくれますが、CNSのマップの場合は認識してくれません(2Fo-FcもFo-Fcもファイル形式に差はありませんしね)。この時、マイナスの電子密度とプラスの電子密度を色分けして表示してくれます。Level指定したマップを複製し、レベルを変えて描画します。Mapしてレベルを変えるのと同じ。Multi-chicken(なぜMulti-chickenと言うのかはわかりませんが)10段階でσレベルの異なったマップを作成してくれます。選択したマップの中身をレベルを変えながら表示させるので電子密度の濃さがなんとなくわかります。マシンパワーの低いPCではつらいかもしれません。Stick指定された残基をボール&スティックで描画します。ID)/(Start)-(End)の形式で入力します。Surface指定された残基の原子にドットで表現された表面を描画します。Stickと同じです。CAs全てのCα原子にラベルを表示します。Zoneで分子を回転させるときの回転中心の位置を設定します。Positions開いたダイアログボックスの位置を記憶します。