「シエンタ」の原動機(エンジン)に不具合があり、エンジンが破損する恐れがあるとして、国土交通省にリコールを届け出た。ハイブリッド車で、エンジンルーム後部に取り付けているカウルルーバの防水構造が不適切なため、集中豪雨など多量の雨水がかかった場合、水がエンジン上部に滴下して、インジェクタ取付部から燃焼室に浸入することがある。そのため、コンロッドが変形して異音が発生し、最悪の場合、エンジンが破損する恐れがある。これまでに不具合が152件、事故はない。