第16使徒アルミサエル戦。エヴァンゲリオン零号機が第16使徒アルミサエルによって侵食されて行く場面。自分の目からこぼれ落ちた涙を見て綾波レイが言った台詞。「多分、私は3人目だと思うから。第16使徒アルミサエルとの戦闘が終了した後、病院での碇シンジとの会話の中で言った綾波レイの台詞。見たはずなのに、初めてじゃないような気がする。私、泣いてるの?なぜ、泣いてるの?」3代目綾波レイが自室にあった碇ゲンドウのメガネ(2代目綾波レイが大切にしていたメガネ)を破壊しようとする場面。メガネを破壊しようとした際にいに目からこぼれ落ちた涙を見て綾波レイが言った台詞。綾波レイが渚カヲルとの初対面時に言った台詞。「私はあなたの人形じゃない。」、「私はあなたじゃないもの。綾波レイが碇ゲンドウへの背信を示すと共に碇ゲンドウに向かって言った台詞。