太平洋を航海する豪華客船アフロディーテ号。コナン、蘭、小五郎たち一行は、その処女航海に参加していた。船中には不審な人物が暗躍、ついに殺人事件が発生する。謎の男から依頼を受け、横浜へとやって来た小五郎とコナンたち一行。その男の罠にはまり、蘭や少年探偵団たちが人質にとられてしまう。タイムリミットは12時間。その間に依頼されたある事件の真相を解かないと、蘭たちに取り付けられた爆弾が爆発してしまう。小五郎に連れられ、財宝伝説を持つ太平洋に浮かぶ“神海島”へバカンスに訪れたコナンたち一行。そこでトレジャーハンターの一人がサメの群れに襲われる事故が発生。元世界的ピアニストであり、現在はパイプオルガニストとして活躍する堂本一揮が創設した堂本アカデミーで、アカデミー1期生でプロの音楽家として活躍する3名が死傷する爆破事件が起こった。バイオリニストで絶対音感の持ち主である河辺奏子だけが、かろうじて一命を取り留めるが...。videoプリプリキッズステーション加入者専用サイトを解除する企業様向けキャラクター事業についてキッズコーナー向け視聴について広告出稿について。