Anglesなど)モデリングの基本COOT基本のキまずはCOOTの基本的な使い方をまとめてみます。最低限この機能が使えればモデリングはできるはずです。「COOTの使い方」に橋本博氏がまとめたCOOTのチュートリアル(PDF)があります。実際の画面がたくさん使われておりわかりやすいです。座標、マップの読み込みとにかく座標と電子密度がないと始まりません。座標ファイルはPDB形式、電子密度図は位相情報をもつMTZファイル、CCP4形式およびCNS形式のmapファイルに対応しています。位相情報がないMTZファイルでも、モデルを読み込んでいればモデルとMTZから電子密度を計算してくれるようです。Coordinates...]でファイル選択ダイアログが開きますので、読み込みたいPDBファイルを選択します。その他、[File]メニューでは以下の方法でもモデル分子を読み込めます。Monomerモノマー分子をインストールされているCCP4のライブラリから読み込みます。SMILES使ったことはありませんが、WikiPedia.ja:SMILES記法からモノマー分子を作ってくれるような気がします。IDを指定すればPDBサイトからその分子を取得してきます。Map...]で開きます。それぞれのコマンドの違いは以下のようです。MTZMTZを開くときに2Fo-FcとFo-Fcを自動的に割り当ててくれます。phsMTZを開くときにラベルなどの割り当てを指定できます。Refmac?]にチェックを入れる必要があります。mmCIF、fcf、phsは開いたことがないのでわかりません。MapCCP4形式のmapファイル、CNS形式のmapファイルを開きます。CNS形式の場合は自動で変換してから開くので開くのに多少時間がかかります。何度も開くような場合はMAPMANなどであらかじめCCP4形式に変換しておいた方がいいかもしれません。PDBでアップデート、をSHELXPROで行う必要がなさそうです。Occupancyの値がSHELXベース(?)なのでその辺りが不便かも・・・SHELX初心者なのでよく分かってませんが、試していこうと思います。表示する視点の操作はマウスで行います。[Model/Fit/Refine...]を選択します。するとカラフルなボタンが付いたウィンドウが開きます。モデリングの大部分はこのウィンドウのボタンをクリックして行います。それぞれのボタンの意味をまとめておきます。Control...角度のリストレインを指定できます。Zone角度などの制限をきつくした状態で精密化します。