バイオインフォマティクス与えられた配列ファイルをプログラムで処理する際に、ファイルのフォーマットを調べておきたいという場合がたまにあります。拡張子で識別するのが簡単で手っ取り早いですが、FASTAファイルのようによく使われる拡張子が複数種類あるものだと、識別が若干面倒です。そこで、拡張子によらずファイルがFASTA形式かどうかを判定する方法を調べることにしました。OverflowのこちらのQ&Aに同じような内容がありましたので、こちらに記載されていたコードをほぼそのまま利用させていただきました。any(record)BiopythonのSeqIO.parseを利用すると簡単に複数種類のファイルを読み込むことができますが、その際に指定したファイルの種類と実際のファイルの種類が異なっていると、戻り値のジェネレータの中身が空になります。これを利用することにより、与えられたファイルがFASTA形式なのかを判定することができる、ということのようです。与えられたディレクトリの中のファイルがFASTA形式なのか、GenBank形式なのか調べるプログラムを作ってみました。複数種類のファイルが混在している場合は例外を発生させることにしました。identify_dirtype(indir)最後までお読みいただきありがとうございました。»プロフィール取り留めのないブログですがお役に立てれば幸いです。(7)月別アーカイブスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。