対象に、リュウキュウマツと共生する外生菌根菌であるチチアワタケ(イグチ目ヌメリイグチ科)およびアカハツ(ベニタケ目ベニタケ科)の2種の子実体を集中的にサンプリングした。リュウキュウマツが人為的に移入された先である小笠原諸島の父島および母島においても、同2種のサンプリングを集中的に行なった。サンプリングにおいては子実体が10メートル以上離れて発生している場合に別個体とみなした。最終的にはチチアワタケ200個体以上、アカハツ120個体以上を採集し、解析に用いた。全個体からDNAを抽出し、核ITS領域の塩基配列で同一種であることを確認した後に、RAPD法により近隣に発生していた子実体の個体識別を行った。その結果残ったDNAサンプルをピコグリーンにより定量し、かつバイオアナライザーにより定性した。その結果DNAの質・量が十分であるものを次の解析に用いた。抽出DNAは2種類の制限酵素により断片化し、今回のプロジェクト用に作成したアダプターをライゲーションしたうえでRAD-Seq法により個体群を解析した。Cycle)キットにより計5ランのシーケンシングを行い、2種それぞれの全個体におけるSNPs(一塩基多型)を検出した。それぞれの遺伝子型を基にSTRUCTUREによるクラスター解析を行い、移入元(琉球列島)と移入先(小笠原諸島)における遺伝構造を解析した。琉球列島内では概ね島ごとに遺伝構造が異なること、(2)琉球列島と小笠原諸島では遺伝組成が異なることが示唆された。(段落)28年度が最終年度であるため、記入しない。今後の研究の推進方策28年度が最終年度であるため、記入しない。