分離する案+**データベースをどのようにスタンザ等で見れたら嬉しいのか?+***EC番号(または遺伝子)を入力すると、EC番号だけでは共通点を見いだせないが反応パターン(RPまたはRCまたはRDM)を共有する他のEC番号(または遺伝子)をリストアップする、とか。準拠した統計情報も理研メタデータベースを対象に作成した。AWS上でコンパイルが通らず、諸々検討しているうちに時間切れ(コンパイルできそうな気配はある)。rdf:typeの情報が含まれていなかったため、これをを含む差分のデータを作成(→山田さん用)。次回の更新時にはこれらを反映したファイルを提供予定。ミスアセンブル等)、残りはマニュアルでは拾えることがわかった(ホワイトリストを作成して更新系に組み込む)。目的:化合物のデータベースでは化学構造式の表現法が異なる(主に、立体化学の表現方法が異なる)ため、化合物をリンクする際に問題点がある。そこで、化合物データをInChIに変換し、この文字列を利用して簡易的な立体情報を無視したマッピングを行い、化合物構造のキュレーションとリンク情報を正しくしていきたい。PubChemはデータが大きいので、PugRESTを利用して検討するための調査。PubChemのWebサイト検索では、InChIの部分文字列”InChI=1S/C6H8O6/c7-1-2(8)5-3(9)4(10)6(11)12-5/h2,5,7-8,10-11H,1H2/”では、hitしなかった。そこで、InChIKey(TYQCGQRIZGCHNB-UHFFFAOYSA-N)の前半部分”TYQCGQRIZGCHNB”で検索したところL-アスコルビン酸が検索された。そこで、InChIKeyを利用する方向で検討する。InChIは複数のレイヤーを用いて記載されているため、これを利用してに、データベース間のIDリンク情報を調査する。レイヤーを除いたInChIの部分文字列の検索で、各DBのID一覧を取得する予定。部分一致させる文字列の最後に"/"が、クエリにはあるが、検索結果において文字列の最後の”/”が含まれないものが含まれていた。Virtuosoの"bif:contains"の仕様みたい。下記日程で開催したいと思います。分離する案データベースをどのようにスタンザ等で見れたら嬉しいのか?EC番号(または遺伝子)を入力すると、EC番号だけでは共通点を見いだせないが反応パターン(RPまたはRCまたはRDM)を共有する他のEC番号(または遺伝子)をリストアップする、とか。準拠した統計情報も理研メタデータベースを対象に作成した。(内藤)AWS上でコンパイルが通らず、諸々検討しているうちに時間切れ(コンパイルできそうな気配はある)。rdf:typeの情報が含まれていなかったため、これをを含む差分のデータを作成(→山田さん用)。次回の更新時にはこれらを反映したファイルを提供予定。ミスアセンブル等)、残りはマニュアルでは拾えることがわかった(ホワイトリストを作成して更新系に組み込む)。今後外部データ(OWLファイル等)の取り込みも含め,メタデータの取り扱いについて,議論が必要(今後の課題)化合物関連データ(山田)目的:化合物のデータベースでは化学構造式の表現法が異なる(主に、立体化学の表現方法が異なる)ため、化合物をリンクする際に問題点がある。そこで、化合物データをInChIに変換し、この文字列を利用して簡易的な立体情報を無視したマッピングを行い、化合物構造のキュレーションとリンク情報を正しくしていきたい。License174628トリプルPubChemはデータが大きいので、PugRESTを利用して検討するための調査。PubChemのWebサイト検索では、InChIの部分文字列”InChI=1S/C6H8O6/c7-1-2(8)5-3(9)4(10)6(11)12-5/h2,5,7-8,10-11H,1H2/”では、hitしなかった。そこで、InChIKey(TYQCGQRIZGCHNB-UHFFFAOYSA-N)の前半部分”TYQCGQRIZGCHNB”で検索したところL-アスコルビン酸が検索された。そこで、InChIKeyを利用する方向で検討する。日化辞のInChIのRDFデータを参考に、KNApSAck,ChEBIのデータをRDF化し、Virtuoso7.1のロードInChIは複数のレイヤーを用いて記載されているため、これを利用してに、データベース間のIDリンク情報を調査する。レイヤーを除いたInChIの部分文字列の検索で、各DBのID一覧を取得する予定。部分一致させる文字列の最後に"/"が、クエリにはあるが、検索結果において文字列の最後の”/”が含まれないものが含まれていた。Virtuosoの"bif:contains"の仕様みたい。このページは29,871回アクセスされました。Unportedのライセンスで利用することができます。プライバシー・ポリシーTogoWikiについて。