init.tclPyMOLPyMOLは有料サポートになってしまったので、実行ファイルは自分でビルドする必要があります。新版のソースコードは通常ファイルの形式ではダウンロードできなくなってしまったので少々複雑な手順が必要になります(ろくなドキュメントもありません)。pymolで、簡単にインストールできます。バイナリが入手できない方は、以下の手順に従ってソースコードの取得、ビルド、インストールに挑戦してみて下さい。2.6または2.7インストール環境で使用可能なPyMOLのWindows版バイナリを公開しているサイトがあります。2012年3月現在で1.5.0も公開されています。http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymolインストールは簡単。2.7.xを取得ダウンロードしたpython-2.7.x.msiを実行してインストールこのとき、インストールオプションのTcl/Tkは最低限インストールすること(他はインストールしなくてもよい)上記のページからpymol-1.4.1.win32-py2.7.exeをダウンロードダウンロードしたファイルを実行するとインストールが完了しますPyMOL実行ファイルはPythonインストールディレクトリ\PyMOL\PyMOL.exeです。64bit版ソースコードの取得とビルド(Ver.1.4.1)Ver.1.4.1からtar.bz2アーカイブで取得できるようになったみたいです。PyMOLのサイトから取得します。http://sourceforge.net/projects/pymol/1.3以前のようにSubversionなどでの取得は不要になりました。pymol-v1.4.1.tar.bz2ファイルを取得したらビルドを行います。続いてPyMOLをビルドします。ビルドは取得したディレクトリに入ってから作業します。ビルドに必要になるパッケージをapt(Vine)またはyum(CentOS5)でインストールしておいてください。freetype2-devel以外は共通のパッケージ名です。Vineのfreetype2-develに相当しますpython-develtkinterXOrg-gl-develglut-devellibpng-develPyMOLのインストール必要なプログラムをインストールした後、コマンドを実行します。ビルド以降はrootで行います。6.0を使っている場合は後述の理由(distutils.coreがない)があるためpythonは/usr/bin/pythonを明示しましょう。/usr/local/binでPyMOL本体のインストールは完了です。必要なファイルはpymolだけなので、インストールが完了したら使用したpymol-1.2r2ディレクトリごと削除しても問題ないようです。続いて必要なツールキットをインストールします。Megawidgets(Pmw)というツールキットがインストールされてませんのでPmwをインストールします。MegawidgetsこのサイトからPmw.1.3.2.tar.gzを取得します。install以上でPmwがインストールされ、利用可能になります。APBSおよびPDB2PQRのインストール表面電荷の図を書きたい場合はAPBSおよびPDB2PQRをインストールします。PyMOLを使ってみよう/表面電荷を描くCAVERのインストール必要ならキャビティの表示プラグインのCAVERをインストールします。CAVERPyMOLのアンインストールPyMOLをアンインストールしたい場合はスクリプトを使って行います。インストール時のディレクトリが残っていればそこで、存在しない場合はもう一度アーカイブを展開します。uninstallこれでアンインストールされます。"$@"という起動スクリプトに過ぎません。一体、本体はどこにあるのでしょうか?起動スクリプトをよく見てみると/usr/lib/python2.5/site-packages/pymol/__init__.pyというファイルを読み込んでいます。結局のところ、PyMOLはPythonモジュールとしてインストールされているわけですね。1.2r2の場合、関連しているディレクトリは以下のようです。AMBERなどが使えるのか?(調べてないです)プラグインを一般ユーザーでインストールしたい場合はpmg_tk/startup/ディレクトリに書き込み属性を付ければOKです。pymolで起動するはずです。トラブルインストール時に遭遇したトラブルをメモしておきます。installを実行したときに以下のメッセージが出て停止しました。6.1以降なら多分問題なし)と一緒にインストールされたpythonが使用されたため起こると考えられます*1。pythonで、/usr/bin/python以外のファイル名が表示されたら(私の場合は/usr/local/ccp4/ccp4mg-1.1.1/bin/pythonでした)、それが原因です。使用するpythonを指定することで解決します。buildで実行されます。これ以降の操作も/usr/bin/pythonを使用します。fault)が発生するのにはさまざまな要因が絡みますが、nVidiaのグラフィックカードを使用している場合はドライバに問題があるのかもしれません。わたしの環境(たぶんGeForce7600GSあたり)ではバージョン173.14.12では起動しませんでしたが、バージョン169.12をインストールしなおしたところ解消しました。その時の手順を以下に示します。driversの中から必要なバージョンを取得します。そのドライバをインストールします。一度PyMOLのビルドからやり直してインストールしますドライバを入れ替えるだけでなく、PyMOLをビルドし直さなければ適切なバージョンでも解決しません。苦労した〜・・・なお、そのドライバが使用可能かそうでないかは、起動した瞬間にセグメンテーション違反がでるか、一瞬ウィンドウが表示されるかで判断できます。一瞬ウィンドウが表示された後のセグメンテーション違反ならおそらく大丈夫です。PyMOLを再構築しましょう。nVidiaのドライバはこのような問題(OpenGLがらみ)が発生することがあるので覚えておくと、はまらなくていいかもしれませんね(nVidiaのドライババージョン17xを使ったとき、COOTでも同様の事象が発生しました)。GUIが表示されなくなった。/home/fr45/tcltk++/Linux/lib/tcl8.4これは、init.tclファイルをPyMOLが見付けられなかったことが原因のようです。これを解決するには環境変数TCL_LIBRARYをセットします。方法は二つあり1)環境変数としてセットしてしまう、2)PyMOL起動ファイルを書き換える、ということです。TCL_LIBRARY=/usr/share/tcl8.4など)。.cshrcファイルに記述してしまえばいいと思います。CCP4環境ではTclがCCP4パッケージに付属していたものが使われますのでバージョンをあわせるために$CCP4I_TCLTK付属のライブラリにしたほうがいい気がします。PyMOL起動ファイルを書き換えるもし環境変数でいちいち影響されるのがイヤな場合は、起動ファイルである/usr/local/bin/pymolを修正してしまうのも手です。$*こんな感じですね。これならCCP4の環境に影響されないと思います。/usr/share/tcl8.4の場所はシステムによって異なるかもしれませんので確認してください。