(広辞苑より)2008年2月28日木曜日しきい値と閾値Tweetしきい値は閾値(いきち)の慣用読み。以前はしきい値と云っていたが、閾はしきいとは読めないので、それからは閾値(いきち)と云うようになった。調べたところ、どちらも普通に使われるようだ。分野によってどちらが良く使われるかは異なるらしい。慣用読みと云えば、「輸出」は正しくは「しゅしゅつ」だし、「消耗」も「しょうこう」が正しい読み方だ。言えば、医学分野では「口腔(こうこう)」を「こうくう」と読む。これは日本解剖学会により定められているらしい。雑記PythonでHTTPの認証Tweet備忘録:PythonでHTTPのDigest認証を行うをほとんどそのまま。Challengeのある問題で大変役立った。分子動力学(MD)計算のSciPyによる主成分分析(PCA)Tweet分子動力学(MD)計算で得られた座標データに対して、SciPyで主成分分析をしてみた。通常、座標のトラジェクトリーに対して最小二乗法によるフィッティングを行ってからPCAを行うのだが、ここで示すPCAの仮引数trjに渡すトラジェクトリーはフィッティングを前提にしてある。実際のコードではフィッティングやら、ARPACKの利用やら、原子の重み付けの方法やらをオプションで引き渡して処理するようになっているのだが、ここでは内容を明確にするために、MDの一般的なPCAに絞ったコードを示す。MD計算により10個の構造が出力される場合、N原子を持つ一構造のXYZ座標のリスト([N][3])をトラジェクトリー([10][N][3])として渡す(trj)。原子量は要素がN個のリストとなる(mass)。(ED)の計算となる。PukiWikiに、より洗練されたPCAのコードが示されていたので、それを参考に修正してみた。ついでに気に入らない部分も変更した。やっていることは同じ。SciPyでARPACKを利用するTweetSciPyで固有値・固有ベクトルを求める場合、scipy.linalg.eigを利用する。SciPy自体、LAPACKを使っており、大抵の場合は問題がない。巨大な行列での固有値問題を解く場合、メモリなどの関係で計算が破綻する場合がある。FORTRANであれば、ARPACKが利用されることが多い。SciPyでは現時点でARPACKの利用はできない。開発バージョンにおいては、既にARPACKのラッパーが提供されており、疎行列演算のモジュール群であるscipy.splinalgのscipy.splinalg.eigenを利用することになる。個人的に、分子動力学(MD)計算によるタンパク質座標データの軌跡に対して主成分分析(PCA)を行いたかったのだが、2GB程度のメモリだと、scipy.linalg.eigではメモリオーバーで破綻してしまった。そこで、scipy.splinalg.eigenを利用したところ、問題なく処理することができた。scipy.splinalg.eigenは、巨大配列の固有値を解く場合には有効だが、開発バージョンであるので問題が出るかもしれない。Engineメッセージボード*当ブログに関する意見や要望などにお使いください。Googleアカウントでログインすることで書き込みができます。Twitterへの送信を同時に行うこともできます。ストリートビューで散歩*Googleマップのストリートビューを利用して散歩をするWebアプリです。ストリートビューとマップを分割してマーカーを視界タイプに変更することで使いやすくしてあります。APIを利用したグラフ・チャート作成ウェブアプリです。クリック一つで簡単にグラフを作成できます。ブログ記事への貼り付けなどにどうぞ。OpenIDテスト*OpenIDによるログインのテストを行います。mixiであればクリック一つで、他のOpenIDアカウントであればそのURLを入力することでテストできます。一言コメント表示機能付きです。HTML文字変換*テキストで使われているHTML特殊文字をウェブで表示できるようにするための文字変換ウェブアプリです。プログラムのソースコードなどをブログ記事に貼り付けるときなどに便利です。短縮URLチェッカー*フィッシングサイト判別機能付き短縮URLチェッカーです。テキストボックスに変換したいURLを入力すればbit.lyの短縮URLが表示され、bit.lyの短縮URLを入力すればもとのURLが表示されます。展開されたURLがリンク付きで表示されますが、もしフィッシングサイトの疑いがある場合は警告が表示されます。Trendsの急上昇ワードをランキング順に表示します。Googleでのキーワード・画像検索やWikipediaによる用語の説明もあります。※GoogleがAPIの提供を終了したため、現在停止中です。自己紹介noxゲームを楽しむだけの余裕と感性は失いたくないnoxです。