第一シリーズが、遂にクライマックス!学園パズル部に潜んだ大仕掛けの謎。そのダイナミックな物語が壮絶な結末を迎える...。第一シリーズが、遂にクライマックス!学園パズル部に潜んだ大仕掛けの謎。そのダイナミックな物語が壮絶な結末を迎える。「志を継ぐもの」POG総本部・中央システムのセキュリティーを突破したキュービックとソウジは、POGの極秘情報にアクセスを試みる。そのころバロンは、POG本部に幽閉された真方ジンを見つけ出していた。そこに現れ、すべてを明かせと迫るギャモンに対し、オルペウスの腕輪と神のパズルの秘密を話し始めるバロン。それは、ピタゴラス伯爵の野望と戦った、ジンとバロンの物語でもあった......。「遠くに行ってたのはアナのほう、だから描けなかったんだね」フードの男の正体を知って混乱するカイトが訪れたのは、第二美術室。アナが描いた絵を見て、彼の思いを知るカイト。その夜、カイトを訪ねたエレナが、ギャモンのパズルへの招待状を手渡す......。「永遠の存在」1日だけあのころに戻ってみたい――そんなルークからの申し出を怪しみながらも、カイトは待ち合わせ場所へ向かう。待っていたのは、昔のままの、柔和なまなざしのルークだった。答えが見いだせないまま、2人だけの時間は過ぎてゆき......。決戦の地・オルペウス島で皆が見守る中、太陽系を模した巨大な組み木パズルに挑むカイト。このパズルは解かれるのと同時に崩壊し、中心に立つルークは彼の望みどおり死んでしまう。パズルを解いて、ルークも救うと決意するカイト。