体外受精で生まれた子どもは、自然妊娠で生まれた子どもに比べて先天異常が1.4倍ほど多くなる、というデータが海外で得られています。残念ながら、この研究では体外受精で生まれた子どもすべてを調べているわけではありませんので、実際の先天異常の発生率が高いか、低いかはわかりません。生まれた時にはわからないような小さな異常が、その後にどの程度見つかるか、ということについては、1歳6ヶ月で見つかっている異常のうち、どの程度が生まれた時に報告されているか、という観点で見ることができます。1歳6ヶ月でなんらかの先天奇形(先天異常症候群)があると言われているこどもは、体外受精で生まれた子どものうち一人のお子さんとして生まれた2026人の49例(2.4%)でした。そのうち、生まれた時にクリニックから産婦人科学会に先天奇形として報告がされている子どもは16例でしたから、1歳6ヶ月で先天異常症と考えられた子どものうち、生まれた時に診断がついたのは約1/3にすぎないということになります。同じ1歳6ヶ月の時点で先天異常と考えられた子どもは、調査に協力していただいた自然妊娠で生まれた子ども671例中の12例(1.8%)、体外受精以外の不妊治療で生まれた子ども725例中の8例(1.1%)であり、すくなくとも調査に協力していただいた方たちの中では、体外受精で生まれたお子さんと自然妊娠で生まれたお子さんの間に異常を持っている率の差は統計学的にはありません。(なお通常、生まれてきた子どもの3-5%が何らかの先天異常を持って生まれてくると言われています。)について検討しましたが、特別に関係している因子は有りませんでした。