BURNING」をBGMに進んでいきます。旗艦の捨て身の体当たりで、敵チューチップのユートピアコロニーの市街部への落下は防がれたのですが、敵無人兵器の襲撃で地下シェルターに避難した人たちは次々と倒されていきます。主人公の天河明人は単身で無人兵器に立ち向かいますが、誰も救えず自身も絶体絶命の危機に陥ります。絶叫する主人公は眩い光に包まれ、次に現れたときは地球でした。舞台は1年後の地球に移ります。敵の支配圏は火星をのみ込み月にまで達します。日々の戦闘が地表で行われる事態に対し、民間企業であるネルガル重工はスキャパレリ・プロジェクトを発動しました。地球でコックをめざしていた天河明人は、偶然から再開した幼なじみのミスマル・ユリカを追って、ネルガル重工の地下ドックに向かい新造戦艦・ナデシコに乗り込むことになるのでした。襲い来る敵を振り払い、新鋭戦艦ナデシコは、癖のあるメンバーを載せ、火星を目指して飛び立つのでした。木星連合の支配地域が月に及び、地球が戦場になる事態。そんな状況下で、ネルガル重工は火星を奪還する為のスキャラパレリプロジェクトを発動。ナデシコ級一番艦ナデシコの建造と並列してクルーの招集を始めます。重役連中からプロジェクトマネージャー役を命じられたゴート・ホーリーとプロスペクター(本名不明)は、マッドメカニックのウリバタケ・セイヤ、元社長秘書のハルカ・ミナト、声優のメグミ・レイヤード、遺伝子操作により生まれた天才少女ホシノ・ルリそして地球連合提督ミスマル・コウイチロウの一人娘で大学における戦略シミュレーションで負けなしのミスマル・ユリカらを集めるのでした。誰も彼も一癖も二癖もあるけど能力は一流の逸材(変わり者)たちでした。1年前の火星会戦に巻き込まれ、どういう訳か、現在サセボの食堂でコックをしている明人。火星における木連側の無人兵器の虐殺を目の当たりにした彼は、上空で行われる戦闘ですら恐怖のため体が震えてしまうのでした。状態に食堂をクビになってしまった彼は、偶然ユリカと出会います。会った時には彼女を思い出せなかった明人ですが、ユリカが落とした幼い頃の写真を見て彼女を思い出します。全力疾走の末、ネルガルの警備員に取り押さえられた明人はプロスペクターからナデシコの厨房で働くよう誘われ、なし崩しにクルーとして乗り込むことになったのでした。新しい職場であるナデシコとドックを散策していた明人は、搭載される機動兵器エステバリスを目にします。パイロットのダイゴウジ・ガイは、はしゃいでエステバリスで暴れた結果、足を骨折してしまいます。ガイからゲキ・ガンガー3の超合金を取ってくれと頼まれた明人はコクピットに入りますが、そこに適の無人兵器・バッタ、ジョロ軍団が襲来します。ナデシコの火力で地表の部隊ごと吹き飛ばすことを主張するウリタケに対し、ユリカはエステバリスを囮とする作戦を立案。明人が乗るエステバリスが敵の包囲網に突入。訳が分からず恐怖に陥る明人でしたが、ユリカの激励で奮起。囮として疾走し、さらにワイヤード・フィストをぶち込んで渡り合うまでに至ります。ナデシコはその雄姿を海上に現し、必殺のグラビティ・ブラストで敵を一掃するのに成功しました。なんとか任務を果たした明人でしたが、その行為から、ユリカに好意を寄せていると勘違いされてしまいます。一癖も二癖もあるクルーとの作戦(生活)が始まろうとしています。明人とそしてナデシコの前途はいかに......?と思ってしまうのでした。