「緑の地球」は任せとけ「地球が木星からきた蜥蜴と戦争するようになって一年。デビューさせたのがこれまでのお話。・・・」て、リルちゃんの適確な説明で始まる第2話です。かっこいいおもちゃは欲しくなる。優れた戦艦も欲しくなる。そんな訳でナデシコの性能を知った地球連合軍は、それを指揮下に組み入れようと企み、戦艦トビウメを差し向けます。それに呼応してムネタケがナデシコ艦内を制圧してしまいました。ユリカはクルーたちが反対するなか、連合軍との交渉に応じるかの様にトビウメに乗りこみます。実は天川明人の両親のことを尋ねるためでした。活性化したチューリップによって生じた混乱の隙に、ユリカたちはナデシコに帰艦。前後してムネタケらに拘束されていたクルーも自力で艦を取り戻し、明人はエステバリスでユリカを支援します。再起動したナデシコは、チューリップに自ら突入。のみ込まれる寸前にグラビティブラストを発射し、内部からの破壊に成功しました。目的地の火星に向かうのでした。敵を退けたナデシコは、スキャパレリ・プロジェクトに従い火星を目指して発進しようとしますが、地球連合軍はナデシコの戦果を知り、軍に編入しようともくろみます。人間関係を使った説得のため、ユリカの父であるミスマル・コウイチロウ提督とその艦隊をナデシコに向けて派遣します。ナデシコ艦長のユリカは、帰艦した天川明人の部屋に押しかけるのですが、そこで明人の両親の死について問い詰められてしまうのでした。している内に、主要クルーに呼集がかかり、一同は艦橋に集まります。プロスペクターたちからナデシコの目的地が火星であることを知らされるのですが、そこにムネタケが武装した連合軍士官と共に艦橋に押しかけ、ナデシコの指揮権の譲渡を要求するのでした。ユリカは、その要求を呑むかのようにナデシコのマスターキーを抜き、父コウイチロウの艦へと向かいます。それはアキトの両親の死について父に問うためでした。残されたクルーらは食堂に監禁されます。このシチュエーションに一人盛り上がり、皆を励ます(アジる)山田は、なぜかゲキガンガー3の上映を始めます。皆のしらけた雰囲気の中、なぜか明人はゲキガンガーに感化され、「この状況の中どうにかする事が大事ではないか」と考え、監視の兵士を倒してエステバリスで出撃しました。ユリカの方は、ナデシコがネルガルの所有物で軍の下にはつかないことが明確になり、コウイチロウが天河明人の両親の死について知らないことを確認できたことから、ナデシコへの帰艦の途につきます。ナデシコのクルーたちも自力で状況を打破。艦の制御を取り戻すために行動に出ます。外では敵の無人兵器基地「チューリップ」が出現。地球連合軍の艦艇2隻を呑み込んでしまいました。ユリカを迎えに出撃した明人ですが、エステバリスが陸戦用であったため、海面と海中を行ったり来たりするだけ。このまま何も出来ずに海の底?でもユリカは明人が(第一話につづいて)またも自分のために頑張っていると勘違いして感激します。クルーらの活躍でナデシコ艦橋もムネタケらから取り戻されました。ゴート、リルが艦橋に到着するのと時を同じくしてユリカとプロスペクターも到着しました。再起動したナデシコに、ユリカはチューリップに向けての前進を指示します。囮としての任務?を無事に果たした明人は、相変わらず海上と海中を行き来するだけ?と思いきや、ガイ機が登場。彼の空中戦用フレームとの換装で沈没の危機を免れます。チューリップの触手を薙ぎ払い、ナデシコの戦闘準備が整うまでの時間を稼ぐのでした。ナデシコはチューリップに向けて突撃を続行。チューリップに呑み込まれるか?という時に主砲のグラビティ・ブラストで内部から敵を粉砕。地球連合軍を振り切って宇宙へと向かうのでした。話と同じ陸戦用エステバリス。前話ではそれなりに活躍したのですが、海上での行動には無理があるようです。空戦用フレームの装着で機動力の確保はできたのですが、空中換装は・・・運んで来た側のコクピットが犠牲になってしまいました。多用途機なのでしょうが、運用には事前の準備が必要なのですね。