関連サイトCOOTのスクリプティング機能を使うCOOTには強力なスクリプト機能があり、スクリプティングによりCOOTの動作を制御することができます。通常はウィンドウを操作してマップのパラメータなどを変更しますが、スクリプトで制御することでCOOTの起動時などに決まった動作を行わせることも可能です。設定次第ではExtensionsに組み込むこともできると思います。guileインタプリタ)のようです。Linux版でPythonを使うときはインストールにあるようにPython対応版を用意する必要があります。初期化スクリプトCOOT使うときに自分好みのセッティングがあるという人は多いと思います。普通に使っている場合、そのセッティングは保存されませんね(たぶん)。ドキュメントを読んでいたら、COOTにもシェルなどと同じく初期化スクリプトがあるということを知りました。Pythonの場合:ホームディレクトリの.coot.pyファイル(例えば、/home/nobrin/.coot.py)Schemeの場合:ホームディレクトリの.cootファイル(例えば、/home/nobrin/.coot)それぞれの言語で記述すればいいみたいです。私は今のところ初期化スクリプトは使っていませんが、ちょっとSchemeによるスクリプティングを体験してみましたので、そのメモを書いておきます。使ってみたCNSとCOOTを組み合わせるとりあえずCOOTのスクリプト機能を試すためにちょっとしたテストをしてみました。私は普段精密化にCNSを使っているのでrefine.inpを流した後COOTを起動するまでを自動化してみました。動作の流れ一連の動作は以下のようになります。ここでCOOTのスクリプト機能を使いますこれを実装してみました。実際のファイル必要なファイルは実行用シェルスクリプト(refine.inpを流し、ファイルフォーマットを変換)COOT用スクリプトファイルになります。cnsref.scm2行目でCNSを流します。3-14行目でファイルを変換、15行目でCOOTを起動します。この時、refine_ccp4.pdb、2fofc.map、fofc.mapを読み込み、読み込み後にcnsref.scmというCOOTスクリプトを実行します。続いてcnsref.scmファイルの内容を示します。0.24)ファイルを読み込んだ後にこのコマンドが実行されます。2(ここでは2番目に読み込んだfofc.map)をディファレンスマップとします3行目:σ=2.5にセットします4行目:マップの色を緑っぽい色にしますこれで一連の動作は完了します。実はCOOTスクリプトで外部コマンドも実行できるようなので、REFMACを走らせるようにCNSを走らせることも(おそらく)可能だと思います。Pythonで作るかSchemeで作るか、というところですね*1。ドキュメントをざっと見たところ、もっと本気のスクリプトを書けば本格的な機能も作れるみたいです。詳しくは関連サイトのドキュメントを参考にしてみてください。[Scripting...]でスクリプティングウィンドウが開きます。ここで1行ずつコマンドを実行することが可能です。Script...]で作成したスクリプトファイルを実行することができます。COOTに組み込まれている機能はスクリプトとして実装されているものもあり、それらはCOOTインストールディレクトリ/share/coot/python/またはscheme/に格納されているようです。高機能なスクリプトを作成する際の参考になると思います。