皇暦2017年(革命暦228年)、ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合(E.U.)との戦いは続いている――。作戦を終えワルシャワ駐屯地に合流したアキトたちワイヴァン隊だが、とある人物の嫌がらせによりID登録を抹消され、駐屯地に戻れなくなってしまう。路頭に迷ったアキトたちは、偶然旅の生活をする個性豊かな老婆たちと出会い、思わぬ平和なひとときを過ごす。そこで互いの過去を知るアキトとレイラ。リョウ、ユキヤ、アヤノたちとも次第に打ち解けていく。神聖ブリタニア帝国皇帝シャルルの直属の騎士団、ナイトオブラウンズの一人である枢木スザクを従え、ユーロ・ブリタニアに着任した謎の軍師ジュリアス・キングスレイは、シャルル皇帝の威光の下に対E.U.戦線の全権を掌握する。冷静な目でキングスレイ卿の作戦を見つめるシン・ヒュウガ・シャイングだったが、彼自身もまた、自らの野望を実現するため大きな一歩を踏み出そうとする。