近代的な養豚場で生まれた平均的な子豚のベイブは、幼い頃に母親から引き離され、とある農村で行われた「子豚の体重当てコンテスト」の景品として老農場主のアーサーにもらわれました。アーサーの農場にはたくさんの動物たちが住んでいました。当初アーサーはベイブを農場で育て、丸々太った頃にソーセージやベーコンにして美味しく食べようと考えていました。ベイブはアーサーの考えなど知ることもなく、母親を恋しがって泣いていました。そんなベイブを哀れに思った牧羊犬のフライは、ベイブを自分の子たちと同じように育ててくれ、牧場には様々なルールがあることを教えてくれました。そのうちにベイブは牧羊犬の仕事に興味を持ち始め、フライの真似事をするようになりました。翌朝、アーサーはベイブが鶏を色別に整列させているところを目撃しました。いったことからベイブに一目置くようになったアーサーは、ベイブを史上初の「牧羊豚」として教育するようになりました。フライの夫で同じく牧羊犬のレックスはプライドが高く、ベイブに冷たくあたっていました。牧場の老羊のメーはベイブを気に入り、「羊に対して礼儀正しく接していれば、羊は優しく応えてくれる」とアドバイスをくれました。ある日、メーが野犬に襲われ亡くなってしまいました。異変に気づいたベイブはすぐに野犬を追い払ったのですが、メーの血がついたベイブを見たアーサーは、ベイブを犯人だと思い込み射殺しようとしました。ベイブが犯人だとは思えないフライは、羊たちと会話をして真相を聞きだし、アーサーに伝えようとして大声で吠え、間一髪でベイブは殺されずに済みました。ベイブに期待を寄せたアーサーは、ベイブを家の中へ入れて可愛がるようになりました。それを見たアーサーの妻エズメは、アーサーがおかしくなったと思い込んでしまいました。飼い猫は可愛がられているベイブに嫉妬し、「豚は食べられるために飼われるのだ」と教え込み、ショックを受けたベイブは家出してしまいました。ベイブがいないことに気づいたフライは、レックス、アーサーとともにベイブを捜索しました。林の中で発見されたベイブは憔悴しきっていましたが、それまでベイブを敵視していたレックスに「アーサーのために頑張れ!」とこっそり励まされ、みんなの必死の看病のかいもあってベイブはすっかり元気になりました。エズメが旅行に出かけるタイミングを見計らって、アーサーはベイブを牧羊犬コンテストに出場させました。会場に到着し、コンテストの羊たちと対面したベイブは、見たことのない黒い色の羊に驚きました。ベイブは羊たちに呼びかけましたが、全く相手にされませんでした。心配になったフライが駆け寄ろうとしましたが、レックスは「俺に任せろ」と言い、どこかへ走り出してしまいました。レックスは牧場の羊たちに頭を下げました。全世界の羊に通じる呪文「バーラム・ユー、バーラム・ユー、羊毛を着た仲間達に変わらぬ忠誠を、変わらぬ愛を」をベイブに知らせ、ベイブは呪文を唱えながら黒羊たちにお願いをして、整列してもらい牧羊豚としての技を披露しました。その素晴らしい技を見た審査員たちは、みな満点をつけベイブは優勝しました。