統治し、「本能寺の変」で信長が討たれると徳川家康領となる。一説によると、このとき国を任された家康の側近、平岩親吉が築城をはじめたといわれているが定かではない。豊臣秀吉が天下統一を成し遂げると、加藤光泰が甲斐に転封され築城を開始する。引き継がれ、堅牢な城郭が築きあげられた。「関ヶ原の戦い」以降は再び徳川領となり、幕府の直轄地として幕末まで続いた。途中、柳沢吉保によって城の修築が行われているが、享保時代の大火事と、明治時代の廃城令によって主要な建物は姿を消すことになる。城は三重の堀で囲まれた広大な造りで、美しく積み上げられた本丸や天守台の石垣は見事なもの。これらの石垣は現存するものの、天守については実在した記録すら残されていない。本格的な天守が築かれていた可能性が高いとされ、天守再建へ向けて調査が続けられている。