押井・神山らシリーズ歴代監督が集結した記念イベント等収録の特典DISCや、豪華スペシャルブックレット、ノーカット完全版シナリオブックを封入!!お前たちは最高の部品(パーツ)だ。いう戦後最大の事件が発生した。被害者の中には草薙素子のかつての上司、501機関のクルツもいた。バトーやトグサたち寄せ集めメンバーと捜査を開始する草薙。事件を捜査する中で掴んだ手がかりは、草薙の秘められた生い立ちにも繋がっていた...。