pullで最新版をマージすれば、元通りでした。(1)公開領域がどの程度の公開領域かわかりませんが(クライアントが確認するために公開にしてあるのだとは思いますが)、マージ作業中も公開されていることになりますので、上手く行くかは試してませんがrsyncなどで別のディレクトリと同期する形の方が良いかもしれませんね。12:20公開領域はリポジトリとせず、同期する別のディレクトリをリポジトリとして作業します。hook時のpull先も変更が必要ですね。同期のタイミングなど考えないといけない事は増えるかもしれませんが、ご参考までに。12:27ありがとうございます。おっしゃる通り、公開領域は、クライアントがブラウザで確認するための公開です。rsyncは、使ったことないので、なんとも言えないのですが、レポジトリをブラウザからアクセスできる領域に設置するのはセキュリティ上あまり好ましくないでしょうか?gitのセキュリティについては、不勉強なので、もしよろしければご教示頂けると助かります。.git配下が見えてしまった場合、ローカルの設定(config)にはメールアドレスなど見られたくない情報が含まれている場合がありますね。22:02今回のケースで私が公開領域にリポジトリを置かない方がいいかと思ったのは、そこでマージ作業を行っているためです。マージ中の中途半端な状態やマージに失敗しているような状態でアクセスされると外からは壊れた様に見えるかもしれません。22:07たしかにマージ途中のコンフリクトが見られてしまうのは問題ですね。ご丁寧にいろいろとありがとうございました。11:19ウォッチこの質問への回答やコメントをメールでお知らせします。