COOTCOOTを使ってみようモデル構築界のスター、COOTを使いこなします。COOTは使いやすいユーザーインタフェースと頻繁なバージョンアップにより、すばらしく高機能なモデリングプログラムになって来ました。基本的な使い方は使ってみればわかる!というぐらい簡単なのでここでは使いこなすための解説をしていきたいと思います。バージョン間での差異が大きいのでなるべく最新版を使うようにしましょう。最新版はCOOTのページからダウンロードします。6.1.0をインストールしたときに一緒に導入されるのは0.5ですが、私が使っているのは0.5.2です。0.5.0と0.5.2の間には使える機能にかなりの差がありますのでできる限り0.5.2以上を使うほうがいいでしょう。1716以降を使うことをお勧めします。この手順内でできないことがあれば新しいバージョンを検討して下さい。0.4.1PDBに登録されていない化合物を扱うことは多いと思いますが、それを扱うための手順をまとめておきます。その化合物の座標ファイルがあるという前提です。COOTで分子を扱うためには結合情報およびRestrain情報が必要になります。これはCIFファイルによって提供されています。ここではPRODRGサービスまたはMAKECIFプログラムを使用してCIFファイルを作成する手順を説明します。anglesを実行しようとするとその化合物の結合情報などが定義されたCIFファイルが必要となります。generalコマンドが追加されていますが、ちょっと使いにくいです。そこで、PRODRGサーバを使って座標ファイルからCIFファイルを作成します。PRODRGサーバのWebページを開きます。hereと書かれたフォームが表示されますので、CIFを作成したい化合物の座標をコピーします。PRODRG」をクリックして実行します。下には「最大2分ぐらいかかるぞ」と書いてありますが、30秒もかからずに結果が出力されます。いろいろな形式の出力ができますが、REFMAC5形式のもの(これがCIFです)を選択してファイルにして保存します。これで必要となるCIFファイルが取得できました。MAKECIFでCIFファイルを作成するPRODRGを使わなくてもPDBファイルからCIFを作成することができます。CCP4パッケージのMAKECIFを使います。ここの例ではTRE.pdbというファイルからTRE.cifを作ります。new.libってことでnew.libファイルにRestrain情報を持ったCIFが書き込まれます。その他にもいくつかファイルができるので新しいディレクトリで行う方がいいかもしれません。new.libをTRE.cifとでも名前を変えて保存します。dictionary...を選択するとCIFファイルの選択ダイアログが出てくるので、先ほど保存したCIFファイルを指定して読み込みます。これで読み込ませた化合物に対してRegularizeなどが使えるようになります。0.4.1残基の追加や削除を繰り返すようなモデル構築をしているとき、電子密度に原子が合っているように見えるのに残基がばらばらになってしまうことがあります。refinementを実行すると、右図のように残基が崩れます。見にくいですが、よく見ると残基同士が離れているのに残基番号が続いています(716と717)。refinementを実行するとCOOTは続き番号なので残基をつなごうとして崩れるようです。residuesで残基番号をずらすと、そのようなバイアスから解き放たれるので問題が解決すると思われます。