Studioのバグで、2005,2008ともに治っていないようです。Orcaというツールを使えば問題が解決できるという事がわかりました。試してみたところ、うまくいったので手順を書き留めておきます。Downloadを使用しました。SDKなら良いらしいです)PSDK-Full1.cab~PSDK-Full16.cabまでと、PSDK-Full.exeをダウンロードPSDK-Full.exeを実行すると、PSDK-Full.batとextract.exeが解凍される。タイプすると、sdkフォルダにSDK一式が解凍される。SDKのインストールフォルダ以下のBINにある、Orca.msiをインストール。以上の手順でOrcaが利用可能になります。StudioでSetupプロジェクトを作り、*.msiファイルをビルドするビルドしたmsiファイルを、Orcaを起動して読み込ませる。左のTablesの"Shortcut"をクリックし、Directoryが"SendToFolder"のフィールドの、Targetを"DefaultFeature"から"[TARGETDIR]\<appname>"に置き換える。<appname>とは、プログラムフォルダにある実行ファイル名ですOrcaでmsiを保存する以上で、SendToに正しいショートカットがインストールされます。Orcaの画面めんどくさいですねぇ~。2010で修正されていることを願うばかりです。