シナリオモードについては開始後にルールの説明がある。最初に流れるプレビューを参考にショットを打ってボムを全て壊せばステージクリアストライク(1発成功)を取れれば改造に必要なビーコインが手に入る。コインはステージにつき一つしか手に入らず、取得した場合は表示がオレンジから緑に変わる。3回ミスした場合、その場所に障害物が出て進行不可能となる。ワールドに入りなおせば、ステージがシャッフルされ障害物も消えるまた、ステージが進めば3連続ステージ等も登場する。ボスステージ:ボスによって対決内容はバラバラ。早撃ちだったり当て合いだったりする。コインによる改造は基本的にこのボス戦を有利に進める手段である。改造はバラバラに振ってもいいが、あるキャラの最強装備を目指す場合、改造はほとんどそのキャラに振らなければ多分無理である。ボスを倒せば次のステージに進める。エンディングについてだが、ビーダマエディットのビー玉でエンディングがもう一つ存在する。