九州内を走る新幹線で、鹿児島ルートと長崎ルートがある。鹿児島ルートは博多駅から鹿児島中央駅までを結び、長崎ルートは新鳥栖駅から諫早駅までを結ぶ。2004年に鹿児島ルートの新八千代駅から鹿児島中央駅の間で部分開通しており、2011年3月に博多駅から新八千代駅までが開通し、全面開通する予定となっている。長崎ルートは一部で着工しているが、2010年現在開通区間はない。基づいた計画に定められている整備新幹線のうちのひとつ。ルートは、全面開通後博多〜鹿児島中央間を最速1時間20分で結ぶとしている。つばめと呼ばれる800系の新幹線車両が走っているほか、全面開通後は山陽新幹線と接続し新大阪駅まで乗り入れる予定のさくらと呼ばれるN700系の車両が走ることになっている。長崎ルートは博多〜長崎間を最速1時間19分で結ぶとしている。長崎ルートでは線路の幅にあわせて車両の車輪幅を自動的に変えるフリーゲージトレインの導入が検討されている。