神馬耶樹による漫画版が『月刊コミック電撃大王』2010年1月号から2011年8月号まで連載され、後に単行本化された。2011年7月20日初版発行アニメ本編との相違点としては、メインストーリーに関わらないエピソード、台風やジャコットの話は丸ごと、旧世代の亡霊が語るフェリシアの悪夢や、電話番するカナタの話は一部エピソードが割愛されている。他にアーイシャ捕獲時にリオがまだ時告げ砦を去っておらず、第1121小隊の面々とアーイシャが「翼ある天使の化石」を目撃する。クラウスが愛車がサイドカーではなく車である、などがある。限られた話数を生かすべく、一部、アニメ第13話に提示された「各人の夢」に関する要素が、第11話から第12話に当たる物語へ挿入されている。