オブジェクトを永続化する方が一般的ではないかと思います。使う動機などを書いておきます。大きなところでは「インピーダンス・ミスマッチ」があげられます。入出力する際には「表」形式として扱わなければなりません。そのため双方への変換が必要になってしまいます。「どのクラス」を「どのテーブル」に対応させて、「どのプロパティ」を「どのカラム」に対応させるかといったアレです。手を入れたりするのはバグが入りそうで何か嫌な感じです。利用することで、「インピーダンス・ミスマッチ」からは解放されます。