新幹線と特急および急行列車には、グリーン車指定席と普通指定席および自由席があります。「のぞみ」「みずほ」(ともに自由席を含む)を利用することはできません。「ひかり」「さくら」「こだま」「つばめ」をご利用ください。のぞみ号」「みずほ号」を除く)はジャパンレールパスを提示するだけで利用できます。座席予約に追加料金は必要ありません。指定席予約の際にはあらかじめJRの駅の旅行センター、みどりの窓口、またはJR指定旅行会社の店舗にてジャパンレールパスを提示して、座席指定券の交付を受けてください。山陽新幹線(新大阪~博多)「ひかり号」「こだま号」のほとんどの列車および九州新幹線(800系)にはグリーン車が連結されておりません。JRバスの青森~十和田湖間「みずうみ号」、八戸~十和田湖間「おいらせ号」も定員制のため、あらかじめバス指定券の交付を受けてください。”ホームライナー”および他の“ライナー”を利用する場合は追加料金が請求されます。ジャパンレールパスで自動改札は通れません。有人改札をご利用ください。繁忙期、特定の列車ではご希望の座席が予約できないことがあります。下記の時期は特に座席の予約が困難です。年始年末は帰省や休暇旅行で特に混雑します。快適な季節の大型連休に日本中が旅行者であふれます。お盆の時期は帰省客で混み合います。