湖畔で釣りをしていたキリトは、年配のプレイヤー・ニシダに声をかけられる。釣りが趣味だというニシダと意気投合したキリトは、彼に協力して湖に生息するというヌシ釣りに挑むことに。常に最前線で戦いに明け暮れていたキリトとアスナは、ニシダたちとの出会いを通じ、日々を懸命に生きる普通の人々の存在を実感する。トッププレイヤーである自分たちの責任を痛感する2人のもとに、一通のメッセージが届き......。モンスターに襲われていたギルド≪月夜の黒猫団≫を救ったキリト。現実世界でも友人同士だという黒猫団の暖かな雰囲気にひかれ、キリトは自身が《ビーター》であることを伏せたまま団の一員になった。キリトの助けを受け、弱小ギルドの黒猫団は急成長し、最前線で戦う《攻略組》に追いつこうとする。ところがある晩、団の紅一点・サチが不意に姿を消した。サチを見つけ出したキリトは、彼女が“死”に怯えていると知り......。”の究明に取り組むものの、自分たちの目の前で新たな被害者を出してしまう。カインズら被害者の共通点は、すでに解散したギルド《黄金林檎》のメンバーであること。元《黄金林檎》のメンバー・シュミットは、今は亡きリーダーのグリセルダが幽霊となってかつての仲間たちに復讐しているのだという。この電脳世界で幽霊という不確かなものが存在するのか──。間、血盟騎士団から距離を置きたいというアスナ。キリトはアスナの自由を賭け、アインクラッド最強の男と名高い血盟騎士団団長・ヒースクリフとデュエルで決着をつけることに。団長の強さを知るアスナはキリトの身を案じるが、簡単に負ける気はないと、キリトは笑ってみせる。大観衆の中、ユニークスキル≪神聖剣≫の使い手・ヒースクリフと≪二刀流≫使い・キリトの一騎打ちが幕を開ける。ユイの保護者を捜しに≪はじまりの街≫へ向かったキリトとアスナは、≪軍≫の管理者・シンカーが迷宮に置き去りにされたと聞き、彼の救出を引き受ける。依頼者のユリエールと強引についてきたユイとともに、第一層の地下ダンジョンに潜るキリトとアスナ。一行は≪安全エリア≫に避難していたシンカーを発見するが、そこには思わぬ敵が待ち構えていた。適わないと悟ったキリトは、アスナやユイたちだけでも逃がそうとするが......。パーティメンバーと喧嘩別れしたビーストテイマーの少女・シリカは、森で道に迷ったあげくモンスターに遭遇する。通りがかったキリトに一命を救われたシリカだが、使い魔のピナを失ってしまった。大切な仲間を失い、涙ぐむシリカに、キリトは使い魔を蘇生させる方法を教え、さらに無償で協力を申し出る。そこまでして自分を助けてくれるのかと戸惑い気味に尋ねるシリカ。対するキリトの答えは意外なもので──。アスナは《SAO》屈指のギルド≪血盟騎士団≫の副団長として最前線に立ち、攻略は第五十九層まで進んでいた。ンスターが侵入できない町の中《圏内》でカインズという名の男性プレイヤーが死亡した。ところ、デュエルによる《PK(プレイヤーキル)》は不可能な状況だった。事件の調査に乗り出す。鍛冶屋のリズベットが構える武具店に、予算は気にしないで最高の剣を作ってほしいという客がやってきた。見本までにとその客──キリトが差し出したのはレアな魔剣。腕に自信があるリズベットは、試しに自身が制作した最高の剣を差し出すが、耐久力を試したいというキリトに折られてしまう。キリトの何気ない一言に激怒したリズは、思わずレアな金属さえあれば、キリトが満足する剣を鍛えてみせると言い返してしまう。最前線の第七十四層で攻略を終えた帰り道、キリトはS級のレア食材≪ラグー・ラビットの肉≫を手に入れた。料理スキルを上げていないキリトでは宝の持ち腐れ。仕方なくエギルに売ろうしたところ、彼の店でアスナに出会う。料理スキルをコンプリートしたというアスナに、キリトはレア食材を調理してほしいと頼み込む。食材の半分と引き換えに承諾したアスナは、調理器具がいるからとキリトを自分の部屋に招く。アスナとパーティーを組んだキリトは、第74層の迷宮を突破してボス部屋を発見する。2人は攻略情報を得ようとするものの、手強そうなボスの姿を目にするや即座に撤退。引き返した≪安全エリア≫で、≪SAO≫随一の巨大ギルド≪軍≫の一隊と遭遇する。隊を率いる男・コーバッツの要求に応じ、キリトは気前よくボス部屋までの情報を提供。同時に、安易にボスへ挑まないよう忠告するが、コーバッツはキリトの言葉に耳を貸さず......。クラディールが起こした事件をきっかけに、絆を深めたキリトとアスナは≪結婚≫した。アスナは血盟騎士団を一時退団し、キリトとともに第二十二層の湖畔沿いにあるログハウスで暮らしはじめる。戦いとは縁のない地で、穏やかな時間を過ごすキリトとアスナ。そんなある日、幽霊を見たという噂が出ている森へ出かけた2人は、薄暗い森をさまよう少女と遭遇。目の前で倒れた少女を保護するが、彼女の記憶は失われていた。ヒースクリフとの死闘のすえ、キリトこと、桐ヶ谷和人は現実世界へ帰還した。同時にデスゲームを生き残った者たちも生還するものの、アスナをはじめ300人のプレイヤーたちは意識を取り戻さず、眠りつづけている。それから2か月後、アスナ──結城明日奈に会いに病院へ赴いた和人は、同じく見舞いにやってきた明日奈の父・彰三と彼の部下・須郷伸之と遭遇。須郷が昏睡状態の明日奈と1週間後に結婚すると知り──。リーファの正体が直葉だと知った和人は驚愕。直葉の秘めた想いを打ち明けられ、自分の何気ない行動が妹を深く傷つけていたことに気づき、愕然とする。それでも今一度、直葉と向かい合いたいと望んだ和人は《央都アルン》で待つと告げ、再び《ALO》にログインする。直葉も和人を傷つけたことを後悔し、《ALO》にログインするが、キリトに会う勇気が出てこない。すると、そこに思いがけない人物がやってきて......。《ALO》のアップデートに伴い、《新生アインクラッド》の第21~30層が解放されることになった。アインクラッド22層にあったログハウスで、キリトとユイの3人で暮らしていたアスナは、再び3人一緒に暮らす夢がかなうのではと期待に胸を膨らませる。迎えた、アップデート日のクリスマス・イブ。アスナはキリトやいつもの仲間達と共に第21層のボスを倒し、第22層に到達。以前、ログハウスのあった場所に向かう。シノンのプレイヤーは、女子高生の朝田詩乃だった。彼女は下校途中で不良少女たちに路地裏に連れ込まれる。詩乃は不良少女のリーダーである遠藤から金をよこせと迫られるが、毅然と拒否。すると遠藤は手を銃の形にして詩乃に突きつける。それを見た詩乃は突然蒼白になって震え出してしまう。詩乃は幼い頃のある事件が理由で、銃に対してトラウマを抱いていたのだ。《BoB》本戦に《死銃》とボロマントの男が出場していると考えるキリトは、本戦開始までの時間を利用してシノンに情報交換を持ちかけ、参加者を探ろうとする。予選第一回戦の後、様子がおかしくなったキリトを見て何か訳アリだと察していたシノンは、事情を話すようキリトに迫り、彼が《SAO》からの生還者であることを知る。そのような中、いよいよ大会本戦の火蓋が切って落とされ、直径10kmの広大なフィールドを舞台にした、30名のプレイヤーによるバトルロイヤルが始まる。《GGO》には存在しない《SAO》のスキル《スター・スプラッシュ》を模した死銃の剣技を受け、キリトは追い詰められる。銃撃のみならず、剣撃の腕前も高いレベルにあった死銃にキリトは追い詰められ、次第に体力を奪われてしまう。死銃との狙撃戦でスコープを破壊され狙撃が出来なくなってしまったシノンは、キリトと死銃の戦いを見守るしかなかった。シノンは歯がみしながらも、今自分に出来ることがないか必死に考える。世界初の医療用フルダイブ機・メディキュボイドの被験者として、病院からバーチャル世界にダイブしていたユウキ。末期の病で無菌室から一歩も出られない彼女は、もう一度学校へ行ってみたいと願っていた。放課後、ユウキはもう一箇所行ってみたい場所があると言うと、かつて自分と家族が住んでいた場所へと明日奈を案内する。外の世界を体感できるようになってから、ユウキの毎日はこれまでにないほど充実していた。《ALO》では多くのプレイヤーたちとバーベキューをしたり、クエストに行ったりと、賑やかな日々を送っていた。現実世界では、明日奈たちと授業を受けたり、京都へ旅行に行ったりもした。3月が終わりに近づき、桜のつぼみがほころび始めるようになったある日。明日奈の元に、一通のメールが届く。《ルーリッドの村》で育った少年・キリトは、幼馴染のユージオとともに巨大な黒樹・ギガスシダーを倒すという天職を背負っていた。今日も巨木を倒すべく斧を振るっていると、幼馴染のアリスが手作りのパイを差し入れにやってくる。昼食のさなか、3人はおとぎ話にでてきた《果ての山脈》の洞窟へと遠出することを決める。世界の掟である禁忌目録に違反しないか不安がるユージオに、キリトとアリスは大丈夫だと口々に言い、出発の日を迎える。《セントラル・カセドラル》の大図書室に隠遁する少女カーディナルに助けられたキリトとユージオ。彼女の正体は仮想世界《アンダーワールド》の秩序の維持を司る自律型プログラムだった。アドミニストレータの過去をはじめ、《公理教会》や《禁忌目録》の成り立ちをキリトに語り始めるカーディナル。驚きを隠せないキリトだが、更なる事実――《アンダーワールド》に迫る恐るべき危機を聞かされる。キリトとユージオの《傍付き》であるロニエとティーゼの帰りが遅い。2人を捜そうと部屋の窓から外に飛び出すキリト。それと入れ違いでユージオの元にやってきたフレニーカは、自分がウンベールにされた屈辱的な行為と、その行為についてウンベールたちに抗議に行ったティーゼとロニエがいまだに戻らないことを打ち明ける。嫌な予感に駆られたユージオは、急いでウンベールの部屋へと向かうが、そこでは最悪の事態が今まさに始まろうとしていた。発動し、整合騎士ファナティオとの戦いは決着を迎える。《セントラル・カセドラル》の最上階を目指すキリトとユージオは、奇妙な昇降機の前にたどり着く。《昇降係》の少女の案内によって80階《雲上庭園》まで足を踏み入れた2人の前に現れたのは、ユージオが追い求める少女であり、神器《金木犀の剣》を持つ整合騎士アリス・シンセシス・サーティだった。キリトがふとした会話の中で口にしたセルカという名前。それを聞いたアリスの様子が一変する。その様子を見たキリトは、整合騎士の真実を彼女に告げる。キリトから語られる言葉を受け入れることができないアリスは激しく動揺する。そのころ、ベルクーリとの死闘の最中に意識を失ったユージオは、元老長・チュデルキンの手によって最上階へと連行されていた。そこでユージオを待っていたのは......。数百年にも及ぶ因縁の相手・アドミニストレータと決着をつけるべく《セントラル・カセドラル》の最上階に現れたカーディナル。秩序の維持を司るプログラムである彼女の本懐、アドミニストレータの抹消を果たさんと動き出すが、倒したはずのソードゴーレムが起き上がり行く手を阻む。アドミニストレータの言葉を聞いたカーディナルは、ソードゴーレムに隠された真実に気付き激昂する。《アンダーワールド》人界の中心・央都へ旅立つことを決めたキリト。そのためにはユージオの協力が必要で、彼を天職から解放するためにギガスシダーを倒そうと決意する。交代で斧を振るうキリトとユージオだが、そのさなか、ユージオはかつて北の洞窟で見つけたという青薔薇の剣をキリトに差し出す。この剣なら、ギガスシダーを倒せるかもしれないと考えるキリトだが......。アリスの妹・セルカは、アリスが公理教会に連れ去られて以来笑わなくなってしまったユージオを心配しており、そんな胸の内をキリトへと明かす。キリトとユージオは、地下牢の脱獄に成功するも、アリスの命令により待ち伏せていたエルドリエ・シンセシス・サーティワンに行く手を阻まれる。キリトとユージオは先へ進むため、キリトがエルドリエの操る鞭を防ぎ、その間にユージオが撃ち込むという作戦でエルドリエに挑む。エルドリエの氷の鞭は蛇のようにうごめき、そして分裂して襲い掛かってくる。難敵に苦戦するキリトとユージオ。ユージオは、エルドリエの顔に見覚えがあることに気づく。カーディナルから世界の命運を託され、キリトとユージオは、《セントラル・カセドラル》の最上階を目指す。中途では武具保管庫に置かれた膨大な武器の中から奪われた愛剣を無事に見つけた2人だが、そこに整合騎士デュソルバート・シンセシス・セブンの弓矢が襲い掛かる。彼の操る神器《熾焔弓》から放たれる無数の矢を辛くも弾き切った2人だが、矢を使い切ったはずのデュソルバートの弓にとある変化が起きる。チーム対抗のバトルロイヤル戦《スクワッド・ジャム》が、《ガンゲイル・オンライン》の日本サーバーで開催されることになった。その大会への出場をピトフーイに打診されたレンの心は揺れる。大会には出たいと思うけれど、その日はあこがれのアーティスト・神崎エルザのライブの日だった。結局、チケットを入手できなかった彼女は、大会へ思いをぶつけることに。ピトフーイが紹介した巨漢のエムとともに彼女は戦場へ向かう。チーム対抗のバトルロイヤル戦《スクワッド・ジャム》が開始してまもなく1時間が過ぎようとしていた。レンとエムのふたりはまだ戦場で健在だった。順調な戦況に気を緩めたレンたちのもとに、敵チームが急襲する。銃弾が降り注ぐ中、エムはバックパックから特殊なアイテムを取り出すと、レンに作戦を伝える。その作戦とは、レンが全速力で逃げ回り、敵の目を引き付けるというもの。その間にエムが敵を狙撃するという。その作戦は上手くいくのだろうか......。