迷宮を突破した一護達のもとにチャドと織姫が帰ってくる。ゲームはまだ終わってはいなかった。チャド、織姫の5人の中の1人が蔵人(クロウド)の変身した偽者と入れ替わっているというのだ。時間内に本物を見つけないと一護の学校の生徒をどんどん消していくと脅すりりん。あせって偽者探しをする一護達だったが、誰が偽者かまったくわからない。時間だけが過ぎていき、ついに最初の犠牲者が出る。破面との決戦まで残り数ヶ月。ヴァイザードの平子たちとの特訓を続けている一護だったが、なかなか「ホロウ化保持時間」が延びない。これまででやっと10秒の壁を越えた一護に対して、残された時間の少なさを感じる平子。尸魂界(ソウル・ソサエティ)では、ルキアと織姫もまた過酷な特訓に挑んでいた。そんな二人を楽しげに見つめる浮竹は、複雑な家庭環境にあるルキアにやっと出来た友達の存在をうれしく思っていた。その頃、ウェコムンドでは藍染が十刃(エスパーダ)を召集して不穏な動きを見せていた。三代目風影の砂鉄攻撃を怪力で押し返すサクラ。短時間の戦闘にもかかわらず、早くもサソリの攻撃パターンを見切り始めていた。このままでは時間を食うと判断したサソリは、チャクラ消費を覚悟で広域で標的を捉える「砂鉄界法」を繰り出す。隠し玉の解毒薬にて三代目風影を破壊したサクラ。驚愕のチヨバアにサクラは解毒薬の説明をする。解毒効果が持続する時間は約三分。チヨバアとサクラは何としても制限時間内にサソリを倒そうと決意する。ここにきてサクラの実力を認めざるをえないサソリは、遂に奥の手のカラクリを披露。青ちゃんは海の近くのホテルで行われる学習塾の勉強会にやってきた。受付までに時間があり、会場付近の海辺を散策していると、木嶋たちとばったり。おまけに、海の家でバイトしている雅も登場。受付開始まで一緒に遊ぶことになる青ちゃんだが、初めての経験におろおろ。「忍」に最も必要な「実戦」の経験がない今のナルトたちでは再不斬とともに何度も死線を越えてきた白を倒せないと......。時間をかけられないと悟ったカカシは、再不斬を倒すためにふたたび写輪眼を使う決意を固める。再不斬は、「写輪眼はすでに通用しない」と言い放つ。死神としての力を取り戻す最終試練「絶望の縦穴(シャタードシャフト)」。因果の鎖を断ち切られて肉体から霊体を切り離された状態の一護は、72時間以内に死神の力を取り戻さないとホロウになってしまう。浦原商店地下の特訓場に掘られた深い縦穴の底で冷たい汗を流す一護。そのころ、一護と供に尸魂界に行ってルキアを助けることを決意した織姫とチャドは、自らの力を自在に使いこなせるように夜一(よるいち)の特訓を受けていた。ヨシの猛攻に苦戦するルキア達。追い込まれたルキア達は、蔵人と織姫がオトリになってルキアが強力な鬼道を放つ時間を稼ぐ作戦をたてる。一護は、古賀のドール『ダルク』の攻撃に大きなダメージを受けていた。倒れている一護を見て、古賀は古い記憶を思い出す。それは古賀が人里から離れて静かに暮らしていた時代。ある日、狩矢が古賀の元を訪れて一人の若いバウントを預かって欲しいと頼んできた。狩矢を倒して浄界章を全て封じることに成功して数日、一護達は現世へ帰るための穿界門の準備が整うまで思い思いの場所で体を休めていた。一護は恋次と供に回復の遅いルキアを見舞う為に朽木の屋敷を訪れる。藍染の反乱の際に霊力の大半を失っていたルキアは、回復しないままバウントの戦いに参加していた為に傷の回復に時間がかかっていた。一護たちは狩矢のこだわったバウントの歴史について話し、それぞれに自らの過去へと思いをはせていた。グリムジョーたちを撃退した一護たちだったが、戦いの影では藍染の命を受けたウルキオラが織姫をウェコムンドへ拉致すべく動いていた。一護たちの安全と引き換えにウェコムンド行きを承諾した織姫は、わずかな時間の猶予と一人だけに別れを告げることを許可される。覚悟を決めた織姫は、一人の心に決めた人物に別れを告げるために部屋を出て行く。日番谷たちは、浦原商店に身を寄せて破面から受けた傷を治療していた。バウントの攻撃で負傷した石田は、空座総合病院に入院することになった。敵の狙いがクインシーであることを知った一護達は、石田を守るために病院に留まる。何事もなく時間が過ぎていくかと思われたその時、石田の病室の水道から勢い良く水が流れ出す。水のドール・ギュンターとグールを操る双子のバウント・鵬(ほう)と磐(ばん)が襲ってきたのだ。ギュンターとグールの攻撃から必死に逃げる一護達。2人の猛攻に次第に追い詰められていく。一護の心配をしながら歩いていた夏梨は、うっかり持っていたサッカーボールを車道に向けて転がしてしまう。道路に転がり出る直前、そのボールを止める一人の少年。お礼を言おうとする夏梨を無視して去っていく日番谷。その日の放課後、仲間と合流してフットサル場に向かう夏梨。夏梨たちの使用時間になっても中学生たちが場所を空けようとしない。口論になった夏梨と中学生たちは、フットサルで決着をつけることにするがメンバーが足りない。そこで夏梨が考えた助っ人とは...。空座町に現れた破面と日番谷先遣隊の戦いは続く。No6・ルピの触手の攻撃にそれぞれ苦戦していた。その頃、あと一歩のところまでグリムジョーを追い詰めた一護は、とどめをさそうとした瞬間にホロウ化保持時間が過ぎてしまう。息を吹き返したグリムジョーの反撃を受け、一護は大きなダメージを受けてしまう。倒された鬼鮫とイタチは「象転の術」によって姿と能力を模されたまったくの別人だった。これを時間稼ぎと読むチヨバアとカカシは、既に“暁”は我愛羅から尾獣を引き剥がしにかかっていると推測し、焦りをにじませる。状況が把握できないサクラとナルトに「尾獣」とそれを宿す「人柱力」の関係について語り始めるチヨバア。なんとか制限時間内に倒したものの、傀儡であるサソリは再び蘇ってしまう。集」を口寄せ、対するサソリは「赤秘儀・百機の操演」の構えに入る。解毒剤が切れたサクラも加わり、両勢力は終劇に向けた最後の戦いに突入する。ガイ班の戦闘は続いていた。時間と共に疲労の色を見せる本体とは逆に、出現時の動きをキープし続ける偽者に追い込まれていく。デイダラを追うナルト達。激しい追走の最中でもカカシの新術の準備は着々と進められていた。激闘の末、バウラの強大なパワーの前に敗れた之芭。ボロボロの之芭をかばいながら戦う乱菊とチャド。追い詰められバウラの空間に吸い込まれそうになったとき、之芭が最後の力を振り絞って一同を別の場所に移動させる。なんとかその場を脱出した乱菊たちだったが、このままではバウラにやられるのは時間の問題だった。その時、乱菊はバウントセンサーとしての之芭の力を使ってバウラを釣り上げる方法を思いつく。その頃、瀞霊廷に侵入者が入りこみ偶然通りがかった一角と戦闘になる。幽助たちの二回戦が始まった。試合時間になっても飛影と蔵馬が現れない。ふたりは途中で、相手のDr.イチガキチームの2選手に足止めされていたのだ。三人で戦う事になるが...。いつものようにナギを起こしに部屋に来たハヤテ。今日は、手にナギの制服を持っていた。なんと、ハヤテがナギの送り迎えをすることになったのだ!そんなことで学校に行くようになるかと強気なナギだったが・・・。ハヤテの自転車の後ろに座り、まんざらでもない様子。ナギを学校へ送り、屋敷に戻ったハヤテを待っていたのはタマだった。タマに学生たるもののなんぞやを語られているといつの間にか、ナギの迎えの時間に。いうことで、ナギを迎えに行き、屋敷に戻る。すると、ナギが学校にノートを忘れたことが発覚!ハヤテは夜の学校にナギのノートを取りに行くことなった。