R2神聖ブリタニア帝国に支配され「エリア11」と呼ばれた日本は、反ブリタニア勢力「黒の騎士団」主導による独立戦争を起こすが、「黒の騎士団」の指導者ゼロの失踪により大敗を喫してしまう。「ブラックリベリオン」と名づけられた戦争は黒の騎士団幹部の捕縛、日本への更なる圧政、そしてゼロの処刑を招く結果となった。その1年後、学生としての日々を過ごす少年ルルーシュ・ランペルージは黒の騎士団残党の襲撃に巻き込まれ、少女C.C.(シーツー)との邂逅により、自分がゼロであることを思い出す。記憶を取り戻したルルーシュはゼロとして復活しブリタニアを倒すため再び反旗を翻す。...アジール・セッション舞台は文明が発展せず、衰退した未来。沈黙の15分12月のある日、再選を果たした朝倉都知事宛にナゾの脅迫状が届く。“それ”が見えたら、終わり。