Connectがアップデートされてから、1つのアプリのバージョンに対して複数のipaをアップロードできるようになりました。ビルド番号が重複しているとエラーが発生してしまうので、ビルド番号をインクリメントしていく必要があります。ビルド番号にはJenkinsのビルド番号を指定し、リポジトリにはコミットしないことにしてみました。セットアップJenkinsでxcodebuildを実行する前に以下のコマンドを実行するだけです。AdHoc配布用のipaをTestFlightにアップロードし、AppStore用のipaはビルド成果物として保存しています。Connectにアップロードするipaのビルド番号が重複してしまうこともありません。この運用方式は手元でのビルドには対応できないのですが、そもそも手元でビルドする必要がないのでひとまずこれでいいかなあと思いました。