新チームとして再生していく姿を、迫真のドラマとバレーアクションで描いた前編『ハイキュー!!終わりと始まり』。続く本作では、新生・烏野が全国大会出場を目指し、宮城県インターハイ予選に挑む。!それを率いるのは、中学時代の影山の先輩にして、県No.1セッターとの呼び声高い及川徹。洋菓子店「ストレイキャッツ」で、オーナーである姉の乙女と二人暮らし。柔術道場の跡取り息子である幸谷大吾郎などに囲まれ、賑やかながらも平穏な日常を過ごしていた。ここは人間の身体の中。酸素や二酸化炭素を運搬していた赤血球は、ある日、体外から侵入した肺炎球菌に襲われ、白血球(好中球)に助けられる。体という世界を守るため、逃げた肺炎球菌を追う白血球(好中球)。敵は意外な場所に隠れていて──。体内で増殖したインフルエンザウイルスの偵察に向かったナイーブT細胞。一度も敵と戦ったことがないナイーブT細胞は敵に怯えるばかりで、まったく役に立たない。白血球(好中球)や先輩であるキラーT細胞が戦う中、戦場から逃げ出してしまう。自分を責めるナイーブT細胞。そんな彼を見かけた樹状細胞が優しく声をかけて......。現場に駆けつける白血球(好中球)。現場ではすでに白血球の一種である好酸球が応戦していたものの、苦戦を強いられていた。非力な好酸球の姿を見た周囲の細胞たちはあまりの頼りなさに陰口をたたく。白血球(好中球)は「好酸球にしかできない仕事がある」と言うが......。大量のスギ花粉が体内に侵入!スギ花粉を排除をするため、現場へと急行した白血球(好中球)は、そこで“記憶細胞”と居合わせる。記憶細胞は免疫記憶を保持しているリンパ球である。現場の光景を目の当たりにし、なぜかあたふたしている記憶細胞。いつか立派な赤血球になれるように──。それはまだ、赤血球が赤血球になる前、幼い赤芽球だったころの話。方向音痴の赤芽球は、訓練の途中で迷子になることもしばしば。ある日、細菌から逃げる避難訓練をしていた赤芽球は、そこでも迷子になってしまい......。なんと新人赤血球の教育係をすることになった赤血球!先輩らしいトコを見せなきゃ!と気を引き締める彼女だが、道を間違えてしまったり、他の細胞に怒られたり、なかなか上手く行かず......。そんな中、体内世界を揺るがす大きな事件が発生する。ステキな帽子をかぶった謎の細胞が現れる。いたずらを仕掛けようと一般細胞を誘う。日頃のうっぷん晴らしをして楽しむ一般細胞。TVシリーズの最終話で、大激戦の末、階層主との戦いに勝ったベル達。ダンジョンから地上に戻る途中で、温泉のような場所を見つけて、そこで休息をとることに......。乙女が拾ってきた無口な美少女の名前は、霧谷希。事情を尋ねてみるも、希は答えようとせず、あまつさえ口を開けば「迷惑なら、出て行く」と言い出す始末。文乃と乙女の取りなしもあって、希は都築家に同居することになったのだが、巧は困惑を隠しきれない。翌日、試しにとやらせてみたケーキ作りで希は天才的な腕を発揮し、乙女は歓待ムード。照れくさそうに笑う希を見て、巧は何となく安心するのだった。台風の夜、乙女が書き置きをおいて人助けに行ってしまい、二人きりで過ごすことになった巧と希。そこに、状況を心配した文乃が様子を見にきたのだが、停電になり、また雨が強くなったこともあって、結局は三人で一晩を過ごすことに。そのときの態度を見て、文乃の巧に対する気持ちに気づく希。翌日、無事に台風は通過していったのだが、それと同時に、希の姿もストレイキャッツから消えていたのだった......。六人は、梅ノ森家所有の温泉施設にやってきていた。理由は、家康の「お嬢様に見えない」という一言に激した千世が「梅ノ森財閥の実力を見せてやる」とばかりに無理やり巧たちを連れてきたためだ。その後、ひょんなことから山奥で一人ぼっちになってしまう巧。雨も降り出し、不安にかられて山の中を駆けずり回った巧は、そこで和服姿の一人の美少女と出会うのだった......。新しいパティシエール希の評判もあって、連日大賑わいのストレイキャッツ。乙女が人助けで家を空けているため、巧たちは毎日大忙し。そのため、千世の宣言した「サークル活動」は活動を開始する間もなく、いきなり座礁してしまう。一人取り残され、寂しさを感じる千世。そんな彼女の前に、たおやかに微笑む一人の少女が現れた。千世の悩みを聞いた夏帆が、彼女の耳元で囁く。紆余曲折はあったが、いよいよ活動を開始した「迷い猫同好会」。その初代会長を自認する千世は、同好会の名を広く世界に知らしめるため、プロモーションビデオの制作を決定する。キーワードは「ワールドワイド」。家康を監督に開始されたビデオ制作のロケ地は、そのコンセプト通り、日本だけに留まらず世界中を飛び回ることに。過密スケジュールと音楽制作を依頼された文乃と千世の不和。そんな中で、とある事件が彼らに襲いかかり......。スーパーブロックスと呼ばれる立体パズルゲームは、抜いたブロックに書かれている命令を実行しなければならないという過酷なルール。千世・家康のコンビ技に苦戦をしいられる文乃。彼女には、どうしても優勝したいという強い想いがあった......。ある日、『夏のバカンス特集』というテレビ番組を観ていた希が「楽しそう......」と呟きをもらす。それをきっかけに、ストレイキャッツ慰安旅行へと行くことになった巧たち一同。海水浴場についた巧たちは、希の願いを叶えるべく全員で夏のバカンスを満喫する。「楽しかった......」と満足そうな希。「みんなは?」と聞かれ、笑みを浮かべてうなずき返す巧たち。その後、千世の思いつきで巧たちは一泊していくことになったのだが......。夏休みも終わり間際のストレイキャッツに、一人の女の子がやってきた。彼女の名前は、ほのか。乙女が連れてきたのだが、乙女は詳しい事情を話す間もなく用事があるとかですぐに立ち去ってしまう。どことなく冷めているようなほのかの態度に、接し方をはかりかねる文乃。千世は平然とほのかと接し、希は歓迎ムード。頑なだったほのかの態度も軟化していく。ほのかも「迷い猫」の一人なのだと思う文乃たちであったが......。間もなく行われる梅ノ森学園の体育祭。ストレイキャッツでは誰でも参加OKのフリークラス二人三脚で誰が巧とペアを組むのかと大騒ぎ。なる希の「踊ってみた」動画がインターネットで大人気に。千世が梅ノ森学園の体育祭を全世界に配信すると言いだし、いつものごとく文乃と対立。この全く関係ないような事柄が複雑に絡まり合い、梅ノ森学園に「血のブルマ事件」が勃発する。梅ノ森学園を真っ二つにしたブルマ派とスパッツ派の決着をつけるべく、ついに体育祭のリハーサルが開始される。盛り上がっている千世たちとは裏腹に、まだ自分がどちらの味方につくか決めきれていない希。その希に、様子を見に来た文乃が言う。自分の気持ちに素直になればいいんじゃない、と。それを聞いた希は、テーブルの上に並べたブルマとスパッツを見やり、心を決める。競技場に現れた希の穿いていたものは......。二酸化炭素を肺に届け、酸素を体中の細胞たちに届ける、それが赤血球の大切な仕事。相変わらず方向音痴で道に迷ってばかりの赤血球だけど、いつまでも半人前ではいられない。訓練の最中、部下をヘルパーT細胞の部屋に投げ込んでしまったキラーT細胞。正反対なタイプの2人は言い争いを始める。今では立場が違う2人だが、樹状細胞によると、実は「胸腺学校」の同期だという。うだるような暑さに包まれた体内世界。発汗してもうまく体温冷却できない。異常な血流増加、上がり続ける体温......そう、体内世界は「熱中症」になっていた!この隙につけこんで好き勝手暴れ回るセレウス菌。機械帝国にさらわれたさやか、しのぶ、ちづるの三人を助けるため、飛びだしていったブレイブカイザー、ブレイブマッハ、ブレイブドリルの三体。そんな彼らの前に、はづきの乗るビッグバトラーが立ちはだかる。グランブレイバーとビッグバトラーが激突しようとしたそのとき、上空から地球侵略軍司令の機械公爵が姿を現した。さやかたち三人を体内に取り込んだ機械公爵は強大で、カイザーたちは絶体絶命のピンチに陥る。細菌に襲われる赤血球!そんな赤血球のピンチを救ったのは、ガスマスクに防護服をまとったような見た目をした「単球」だった。この単球もまた白血球の一種の免疫細胞だという。気を取り直して鼻腔へと酸素を届けに向かった赤血球だったが、またしても細菌に遭遇してしまう。細菌の名は「黄色ブドウ球菌」。「生命に関わるレベルのダメージを確認!」この緊急事態を受け、現場付近に急行した白血球(好中球)。そこには守るべき血球たちの姿はなかった......!大量出血により、すでにおびただしい数の血球たちが、傷口の外へと飛ばされてしまっていたのだ。今もなお続く出血――過酷さが増す状況下だが、この世界を守るため、仲間たちを救うため、赤血球は後輩赤血球とともに酸素を運び続ける。赤い満月の夜、女子高生の綾月芽衣は、妖しげな奇術師チャーリーのマジックに誘われ箱の中へ。目を覚ますとそこは見知らぬ公園だった。状況が飲み込めない芽衣の前に現れたのは二人の美男子、森鴎外と菱田春草。鹿鳴館で警官の藤田五郎から不審者扱いされた芽衣を、「僕の大事なフィアンセ」だと言い抱き寄せる鴎外。そのまま行き場のない芽衣を連れ帰り、記憶が戻るまでの間、屋敷にいて構わないと言う。鴎外の優しく甘い言葉に翻弄される芽衣。芽衣が物の怪の姿を視ることができる“魂依”であることがわかり、春草の絵から“化ノ神”となって抜け出した黒猫を一緒に探すことに。途中、小泉八雲と泉鏡花に遭遇した二人は、八雲からホテルに現れる物の怪の調査を頼まれる。物の怪は八雲の幼馴染だという。縁談話をもってきた伯母に、芽衣がフィアンセだと言い放つ鴎外。来月開かれる鹿鳴館の夜会で、フィアンセとしてお披露目すると言う。委縮してしまった芽衣を、鴎外は浅草へデートに誘う。明治時代の浅草をエスコートされ、ときめく芽衣。