明治19年・188611月27日、東京市牛込区に生まれる。次男で、四人姉弟の末子。大正2年・1913(27)6月、渡仏。大正8年・1919(33)はじめてサロン・ドートンヌに出品。出品した6点が全部入選して、その年に会員に推挙され、パリ画壇における地位の確立に第一歩を踏み出した。大正10年・1921(35)サロン・ドートンヌの審査員に挙げられ、いよいよ黄金時代が展開する。大正13年・1924(38)10月、このころからフェルナンド・バレと別れてユキと暮す。大正14年・1925(39)レジオン・ドヌール五等勲章を贈られる。昭和4年・1929(43)9月、ユキを伴って17年ぶりに帰国。昭和5年・1930(44)1月、北米を経由してパリに帰る。9月、ニューヨークに渡って個展を開き、またグリニッチ・ビレッジにアトリエを借りて3カ月間制作を行ない、さらにシカゴに1カ月滞在する。昭和6年・1931(45)1月、パリに引揚げる。10月、ユキに別離の手紙を残し、マドレーヌを伴ってブラジルに旅立つ。昭和7年・1932(46)3月、アルゼンチンに入り、さらにボリビア、ペルー、キューバなどを回る。11月、メキシコに着き7カ月滞在する。昭和8年・1933(47)ニューメキシコ、アリゾナからカリフォルニアに渡って4カ月を過し、11月、マドレーヌと帰国。昭和11年・1936(50)12月、堀内君代と結婚する。昭和13年・1938(52)10月、海軍省嘱託として中支に派遣され、漢口攻略戦に従軍する。昭和14年・1939(53)4月、渡米。昭和15年・1940(54)5月、第二次大戦の戦火迫るパリを脱出し、帰国。9月、陸軍省嘱託として、ノモンハンの戦闘を主題とする作品を制作するため新京に向い、10月、帰国する。昭和16年・1941(55)1月、父嗣章死去する。7月帝国芸術院会員となる。文化使節として仏印に派遣される。昭和22年・1947(61)9月、ニューヨークのケネディ画廊で近作の展覧会が開催され、好評を博する。10月、第3回日展第2科審査員となる。昭和24年・1949(63)3月、渡米。フランス入国の許可も受けた。「日本画壇も国際的水準に達することを祈る」というのが故国に残す言葉であった。昭和25年・1950(64)2月、英国を経てフランスに着く。昭和30年・1955(69)2月、フランス国籍を取得。フジタは第二の故郷パリの市民となった。昭和34年・1959(73)10月、ランス大寺院で夫妻ともどもカトリックの洗礼を受ける。