徳3年(997)、因幡の国司橘行平が夢のお告げにより、賀留津(かろつ)の海中から薬師如来の像を引き上げ、祭ったのが起源といわれている。2には海から引き揚げられた如来が大変立派であったので碁盤の上に安置し、行平が都に移した、とある。海に夜々霊光があり、行平が漁師に潜らせてみると薬師如来であった。その後、長保5年(1003)烏丸高辻の行平邸に像が飛来、仏閣を作って安置した。承安元年高倉天皇が勅額を賜い、平等寺と名付けられた。本尊の木像薬師如来(平安時代、重文)は、嵯峨釈迦堂の釈迦如来、善光寺の阿弥陀如来とともに日本三如来の一とされる。