記憶を喪失したCIAのトップ・エージェント、ジェイソン・ボーン(マット・デイモン)。連絡を断ったことからCIAに命を狙われる身となった彼は、体で覚えていた戦闘術と抜群の知力を駆使して追っ手をかわし、自分の正体を突き止めていった。audioジェイソン・ボーン(マット・デイモン)が消息を絶ってから何年もの歳月が経過したある日、元同僚であるニッキー(ジュリア・スタイルズ)はボーンを見つけ、彼にある真実を告げる。それはCIAが世界中の情報を監視し、技術開発やテロ活動までをも裏で操作する事を目的とした、恐ろしい極秘プログラムが始動したというものだった。ボーンは再び姿を現すこととなり、追跡を任されたCIAエージェントのリー(アリシア・ヴィキャンデル)は、彼が最も求めているものを提供すれば、再びCIA側に取り込めるのではないかと考え始める。“史上最も危険な兵器”であるボーンは、追跡者が想像すらできない、ある目的を持って動いていた...。